Le signal fantôme détecté par l'Union de la Terre est en réalité un message provenant d'une autre planète.

Après qu'une erreur dans un téléchargement donne à un sous-marin l'ordre de détruire le monde, l'équipage du seaQuest a pour ordre de l'arrêter.

Alors qu'il effectue une mission exploratrice à la surface de l'océan, le commandant Ford est attaqué par lespectre d'un guerrier grec...

Malgré le traité de paix entre les humanoïdes de la colonie des GELFS et ceux de l'UEO, leur dirigeant Mariah a subi les conséquences de sa participation à la rébellion de la Grande Dague.

L'équipage du seaQuest a une vision d'un ami d'enfance du capitaine Bridger, le commandant Scott Keller, qui lui demande de lui venir en aide.

Le capitaine Hudson est chargé de faire exploser un iceberg qui a été redirigé vers l'Arabie Saoudite par un homme d'affaires corrompu...

Les membres de l'une des colonies les plus retirées de la zone libre disparaissent les uns après les autres. Le SeaQuest tente de découvrir les causes de ces mystérieuses disparitions. Sur place, Hudson retrouve une vieille connaissance...

Lucas, Lonnie Henderson et le commandant Ford, font partie du voyage inaugural de l'Omni-Pacifique, un train se déplaçant à trois fois la vitesse du son dans un tunnel sous-marin. Comme ce train fait concurrence à ses compagnies aériennes, Larry Déon envoie Mason Freeman pour le saboter.

Le lieutenant Henderson tombe dans un piège de l?Alliance en secourant des enfants Spindrift. Elle est arrêtée pour kidnapping et espionnage. Le Secrétaire McGath tente de traiter avec le Président Bourne par la diplomatie.

Un microbe se développe sous l'océan menaçant toute la planète. Wolenczak a trouvé un remède. Bridger arrivé sur un autre navire, conteste son efficacité et pense qu'il y a une autre solution.

L'Ambassadeur Scully est un militant écologiste extrémiste qui a, autrefois, tué 300 personnes en voulant couler un baleinier. Il parvient lors d'un voyage sur le Seaquest à enregistrer des données qui lui permettent de prendre le contrôle du bateau depuis Ecotopia, sa colonie écologiste sous-marine.

Le capitaine Bridger sollicite l'aide du SeaQuest pour plonger dans les eaux de la Macronésie et retrouver des cristaux secrets. Ceux-ci contiennent la preuve d'atrocités commises contre l'humanité vingt ans plus tôt et pourraient bien impliquer Bridger et Ford...

Alors que les principaux leaders mondiaux sont réunis pour une conférence au sommet, plusieurs membres des différentes délégations sont victimes de tentatives d'assassinat...

Le SeaQuest se retrouve au beau milieu d'une zone «neutre» très dangereuse, située à la frontière entre les territoires dominés par les pays d'Europe de l'Ouest et la Macronésie, et un mystérieux territoire resté sous contrôle asiatique...