링컨은 출소한 티백에게서 마이클의 사진이 동봉된 우편물을 받고 고뇌에 빠진다. 죽은 줄 알았던 동생 마이클이 살아 있을지도 모른다는 희망에 무덤을 파헤친 링컨은 충격적인 진실을 목도한다. 한편 마이클의 비밀을 추적하려는 링컨과 새라를 향한 괴한의 습격이 시작되는데...

마이클은 교도소 안에서 감방 동료들과 탈출 계획을 짜지만 밖에서 도와주기로 한 사람이 신호를 보내지 않아 실패한다. 링컨과 시노트는 마이클이 보낸 비밀 메모대로 전력 공사 책임자를 구하러 IS 점령지로 간다. 한편 새라는 켈러맨 요원으로부터 마이클이 사람을 죽이고 신분을 바꾸었다는 말에 혼란스러워하는데...

마이클로 추정되는 남자에 대한 끝없는 의심 속에서 링컨과 씨노트는 탈출 장소를 적은 편지를 받는다. 그들은 마이클을 구하기 위해 도시의 전기를 끊으려고 하고, 마이클은 다른 죄수들의 견제 속에서 탈옥 계획을 성공시키려 노력하지만 뜻대로 되지 않는데...

쉬바와 씨노트는 공항에서 비행기로 예멘을 빠져나가기로 하고 링컨 일행을 기다린다. IS에게 쫓기게 된 마이클과 링컨은 비행기로 탈출할지 기차로 탈출할지를 놓고 의견 충돌을 벌인다. 링컨은 마이클에게 헤어져 있던 7년 동안 벌어진 일에 대해 묻고, 마이클은 과거의 이야기를 털어놓는다.

IS의 추격으로부터 더는 피할 곳이 없어진 마이클 일행. 그들은 마지막 방법으로 쉬바의 친구인 오마르를 찾아간다. 오마르의 배신으로 또 한번 위기에 빠진 마이클 일행은 그를 길잡이로 앞세워 파이샤라는 마을로 향한다. 사막으로 들어간 그들의 뒤로 포세이돈이 고용한 킬러와 IS의 끝없는 추격이 계속되는데...

새라는 마이클이 죽음을 위조해야만 했던 연유를 알게 되고, 동시에 포세이돈의 진짜 존재에 대해서도 밝혀지게 된다.

마이클과 링컨은 포세이돈을 붙잡기 위해 쉬바와 씨노트에게 도움을 청한다. 한편, 윕과 티백 사이의 비밀이 밝혀지게 된다.

보이드 요원과 대치한 마이클은 무사히 목숨을 건지고 새라와 만난다. 그러나 아들 마이크를 제이콥에게 빼앗기고, 링컨은 루카의 총에 맞아 치명적인 부상을 입는다. 절체절명의 위기 속에서 마이클 대 포세이돈의 마지막 두뇌 게임이 펼쳐진다.