A sorozat fináléjában ismerős arcok térnek vissza, hogy segítsenek Michaelnek jó kezekbe juttatni a Scyllát és ezzel egyszer s mindenkorra leszámolni a CÉG-gel, ám ez nem mindenkinek tartogat happy endet.

Michael és Mahone tervet eszelnek ki, hogy túl járjanak Christina és a Tábornok eszén is. Eközben viszont láthatjuk Zsebes régi énjét, miközben Sarát tartja fogva és ismerős arcok is visszatérnek, hogy segítsenek Michael tervének megvalósításában.

A merénylet után kitör a káosz a hotelben, Christina pedig összerakja terve utolsó darabjait. Eközben a Tábornok betartja fenyegetését és Michaelnek döntenie kell, hogy Lincolnt vagy Sarát menti meg.

Michael találkozása kellemetlenre sikeredik Christinával, aki megdöbbentő dolgot közöl vele Lincolnról. Míg Linc az anyja véres tervét próbálja megállítani, addig Zsebesnek bizonyítania kell, hogy tud a CÉG embere lenni.

Michael és Lincoln megegyeznek a Scylláról, közben Christina pedig parancsot ad valaki lelövésére, és elindítja tervét. Sara váratlan hírt tud meg, Zsebes jelenetet rendez az Indiai Nagykövetség előtt, Krantz tábornok üldözési mániája pedig valaki halálához vezet.

Michael és Sara elindulnak Miamiba, Lincoln pedig találkozik az anyjával, Christinával, aki beavatja a CÉG vezetésének átvételére irányuló terveibe. Eközben a Tábornokot új ellensége szorongatja, Zsebes és Self a Scylla keresése közben pedig váratlan dolgot tudnak meg.

Lincoln társaival együtt Miamiba érkezik, hogy visszaszerezzék a Scyllát új, meglepő tulajdonosától. Sara közben az eltűnt Michaelt keresi, aki meglepő dolgokat tud meg a múltjáról. Eközben egy átverés halálhoz és letartóztatáshoz vezet.

Michael a legvalószínűtlenebb helyről kap orvosi segítséget, Charles Westmorelandet pedig újra láthatjuk, aki segít megfejteni Michaelnek, hogy mi is valójában a Scylla. Ezalatt Lincoln és Sucre igyekeznek megállítani Selfet és Gretchent, mielőtt a Scylla örökre elveszne.

Michael és Lincoln megpróbálják visszaszerezni a Scyllát Selftől és Gretchentől, akik pedig a testvéreknél lévő Scylla darabot akarják megszerezni. Eközben Mahone találkozik egy régi kollégájával, aki a barátság és kötelesség között vívódik. Zsebes hűségét pedig próbára teszik, mialatt Gretchen húgát és lányát tartja fogva.

Michaelnek össze kell tartania a csapatot Self árulása után. Zsebes új társra talál, aki megzsarolja Gretchent, hogy találjon vevőt a Scyllára. Self bevonja a szövetségieket is az árulásába, akik erre üldözőbe veszik Michaeléket.

A Scylla keresése megdöbbentő véget ér, mialatt Sara túszul ejti az egyik kártyahordozót. Zsebes és Gretchen elérkeznek az utolsó állomásukra a GATE-nél. Michael és Lincoln szemtől szembe kerülnek a Tábornokkal, a csapat egyik tagja pedig elárulja őket.

Michael versenyt fut az idővel és az életét kockáztatja, hogy megszerezze a Scyllát, de ez a többieken is múlik. Gretchen találkára készül a Tábornokkal az utolsó kártya megszerzése érdekében. Zsebesnek pedig olyan döntést kell hoznia, amivel véglegesen letér a bűnös útról.

Michael egészségi állapota még súlyosabbra fordul, ezért Sara kénytelen kórházba vinni. Sucre és Lincoln robbanékony helyzetbe kerülnek. Mahone a Cég volt építészét próbálja meggyőzni, hogy segítsen nekik, Self ügynök pedig meglepő szövetségessel találkozik.

Wyatt saját módszereiből kap ízelítőt Mahone által. Zsebest a rendőrség az eltűnt munkatársa nyomán kikérdezi, Gretchen pedig komolyabb kapcsolatba kerül a Tábornokkal. Michael állapota súlyosabbra fordul, a csapat pedig újabb embert veszít, miközben a földalatti bejutást tervezik a Scyllához.

Sucre és Lincoln a Tábornokot veszi célba az utolsó, hatodik kártya megszerzése érdekében. Michael közli Sarával, hogy Gretchen életben van. Miután találkoznak, Gretchen felajánlja az egyenlítést a Panamában történtekért. Michael és Roland két különböző ördöggel köt egyezséget, eközben pedig a csapat egyik tagja a golyó rossz oldalán találja magát.

Lincoln a csapat egy részét Las Vegasba viszi az ötödik kártya tartalmának megszerzése érdekében, ahol Sucre egy szokatlan szexuális ajánlatot kap. Sara megtudja, hogy Michael anyja agytumor miatt halt meg, Rolandtól elveszik a készülékét a nyerőgépeknél. Gretchen szövetséget köt Zsebessel, aki olyan ajánlatot tesz Michaelnek, amit nem utasíthat vissza. Eközben a Whistler könyvében rejlő vonalakból egy épület tervrajza áll össze.

Michael és a többiek egy lóversenypályára követik a negyedik kártyaőrt, de ennek következtében Mahone-t elkapják. Gretchen meglátogatja testvérét. Wyatt Self ügynököt veszi célba, Zsebes pedig kezdi összerakni a dolgokat Whistler könyvének segítségével.

A következő kártyahordozó keresése a Pénzügyminisztériumhoz vezeti Michaelt és Lincolnt. Sucre és Bellick követi Zsebest, aki egy kellemetlen szövetséget köt az új munkahelyén. Gretchen megszökik.

Michael, Lincoln és Mahone rendőri körökbe szivárog, hogy hozzájussanak a következő kártyához. Egy újabb halálesettől felkavarva Sara visszatér egy régi rossz szokásához, Zsebes pedig gyanút kelt és „régi” barátokba botlik az első munkanapján.

Michaelék megpróbálják megtalálni a következő kulcsfigurát, hogy elkerüljék a börtönt. Wyatt új információkra bukkan Sara hollétével kapcsolatban. Zsebes új személyazonosságot vesz fel, hogy új életet kezdjen.

Michael és a csapat megkezdi bosszúhadjáratát a Cég ellen, ám ez egyre inkább kezd bonyolulttá válni. Zsebes Whistler madaras könyve alapján próbál Michael nyomára bukkanni, ám az életben maradásáért brutális dologhoz folyamodik. Wyatt egyre közelebb jut a fivérekhez. Ebben az epizódban ismerhetjük meg Roland Glennt, aki szintén csatlakozik az akcióhoz, hogy lebuktassák a Céget.

Michael egészen Los Angelesig követi Gretchent és Whistlert, hogy leszámoljon velük Sara haláláért, de közben hihetetlen dolgot tud meg. Lincoln és Michael olyan ajánlatot kapnak egy Nemzetbiztonsági ügynöktől, amit nem utasíthatnak vissza. Mahone szörnyű veszteséget szenved és Zsebest pedig cserbenhagyják a szabadság felé vezető útja során. A Cég lebuktatására összejött bandához csatlakozik Sara, Mahone, Sucre és Bellick is.