殺されたサラの敵を討つため、グレッチェンとウィスラーの後を追いLAへとやってきたマイケル。組織の秘密を握る人物との取引に現れた2人を尾行し、彼らに銃口を突きつけるマイケルだったが、そこで衝撃的事実を告げられる。「サラは生きている」と…。

ローランドの参加をメンバーたちは快く思わず、リンカーンとマホーンの間にも険悪な空気が流れる。だが、マイケルの呼びかけで計画を優先。マホーンが見たスキュラの番人の運転手を手がかりに、番人がスペクトリアム社の最高責任者タクスホンだということを突き止める。

スキュラ”は6枚のカードから構成されると聞いたセルフは、「全部を集めないと刑務所へ戻す」とマイケルに圧力をかける。しかし、セルフは上司から作戦続行が危険すぎるとして中止を言い渡されていた。

マイケルが撮影した番人の密会映像から次にターゲットとすべき人物がトルコ領事であることが判明。監視をするうちに本当の番人は妻のリサの方であることがわかり、彼女が出席する警官の追悼式典へマイケルたちは変装して潜入する。

マイケルたちが次に狙いを定めた番人はセルフと同じ連邦ビルで働く財務省の役人。初めはセルフに接近させるがスキュラは厳重な金庫の中に入っていてデータのコピーもままならない。そこで計画を変更し、目指す番人の隣のオフィスへ潜入し壁の裏側からドリルで金庫に穴を開けてデータを奪取する。

4番目の番人は競馬場にいた。無事にデータのコピーに成功するが装置回収の際にマホーンが警官を殴ってしまい逮捕され装置も押収されるも装置のみ回収する。 マイケルはマホーン救出をあきらめて5枚目のスキュラ捜索に乗り出そうと言う。

マイケル一行は5番目の番人を追ってラスベガスへ行く計画をしていた。そんな矢先、「金と引き換えにティーバッグの場所を教える」という電話が。マイケルたちが待ち合わせ場所に行くと実はティーバッグが待ち伏せしていて、マイケルとベリックは捕まってしまう。

ティーバッグを影で操っていたのはグレッチェンだった！　彼女はスキュラが巨額で取引される価値を持っていることを知り、セルフに協力するフリをして取引を持ちかける。

グレッチェンと組んでいるティーバッグは、コールという偽の身分証でゲート社のセールスマンに成りすましていた。「鳥の本」によると、スキュラを手に入れるためにはこのゲート社のコールの部屋から地下へ下り、トンネルを通っていくと組織の司令部へと通じているらしい。しかし、目指す地点の手前を巨大な水道管が横切っていた。

スキュラまであと一歩と迫ったマイケルたち。「鳥の本」の最後のページを解読したところ、設計者からのメッセージがでてくる。早速マホーンが会いに行くが、そこにも組織の手が伸びており、間一髪でスキュラの設計説明書を手に逃れる。

マホーンの機転でなんとか危機を脱すると、いよいよスキュラの保管庫が目前に。慎重に壁に穴を開け、スキュラを囲うガラスケースの前まで「橋」をかける。その「橋」を伝ってマイケルはガラスの壁まで到達するとカッターを使って中に入り、ついにスキュラを収納する黒い物体に手をかける。

将軍は侵入者を始末すべく、ガードマンを引き連れ保管庫にかけつけるが、逆にマイケルたちに銃を突きつけられる。侵入が将軍にわかるようにしたのは、保管庫におびき寄せるための作戦だったのだ。最後のカードを脅し取り、6枚揃えて黒いボックスに挿入するマイケル。すると、ついにスキュラが姿を現すが……。

自由を手に入れるため、やっとの思いで手に入れたスキュラだったが、セルフの裏切りにより振り出しに戻ったマイケルたち。セルフは自分も部下もリンカーンに殺されたように偽装してスキュラを奪うと、それと引き換えに大金を手に入れようと画策していた。マイケルは何とかセルフを探そうとするが、リンカーンが捕まってしまう。

スキュラを完璧な形にして金に換えたいセルフはグレッチェンと組むことに。そしてマイケルが隠している最後のチップを奪おうと攻撃をしかけてくる。一度はスキュラを手にしたマイケルだったが、逃走中に頭痛に襲われセルフに再び奪われてしまう。そして、そのまま路上に倒れてしまったマイケルを組織が連れ去る。

将軍はスキュラ奪還のために働くなら、マイケルに最先端の手術を施して助けてやるとリンカーンに交換条件を出す。選択の余地のないリンカーンは、不本意ながらも組織と協力してセルフとグレッチェンの居所を突き止めるが肝心のスキュラは、持ち出された後だった。

組織による手術で一命を取り留めたマイケルだったが、仲間から隔離され街から遠く離れた山中の別荘に軟禁される。そこには組織が手配した精神分析医もいて「母上は生きていて組織のために働いている」と聞かされる。

スキュラを将軍に返してマイケルと共に自由になろうとするリンカーンと、将軍を消して組織を変えれば自由になれるという母クリスティーナ。マイケルはその両方と対立し、三者三様の戦いとなっていた。

インド首相の息子ナヴィーンが出席するエネルギー会議が開かれた。彼はそこでスキュラの技術について講演をするはずだったが、クリスティーナは彼を暗殺して世界規模の紛争を引き起こそうとしていた。

暗殺犯に仕立て上げられたリンカーンはマイケルと共に警察に包囲されるが、逮捕寸前というところへ将軍の部下がやってきて、将軍のロフトへと連れ戻される。クリスティーナにしてやられたことで怒りが頂点に達した将軍は、マイケルらに「なんとしてもスキュラを手に入れなければ家族の安全はない」と本気の脅しをかける。

クリスティーナは人質に取ったリンカーンの腹を撃ち、スキュラを返さなければこのまま見殺しにするとマイケルを脅す。一方、マイケルが素直に従うはずはないと思っていた将軍は、サラを人質にして一刻も早くスキュラを持ってこなければ殺す、と迫る。

ついに長年にわたる因縁に決着をつける時が来た！将軍とクリスティーナ、スキュラはどちらの手に!?瀕死のリンカーンは助かるのか！Tバッグ、スクレ、マホーン、セルフそれぞれの決着とは？そして、サラとマイケルに未来はあるのか……