Michael heeft Gretchen, Whistler en Mahone naar L.A. achtervolgt. In SONA ontstaat chaos terwijl T-Bag, Bellick en Sucre vermist raken.

Michael, Lincoln en de anderen krijgen er een nieuw teamlid bij, Roland. Samen proberen ze de datakaart te kopiëren. Wyatt blijft zoeken naar de broers terwijl T-Bag zijn weg richting het noorden maakt.

Michael probeert de eigenaar van de kaart te vinden. Wyatt vindt nieuwe informatie over de verblijfplaats van Sara. T-Bag gebruikt een nieuwe identiteit om een nieuw leven te beginnen.

Michael, Lincoln en Sucre moeten een politiefeestje infiltreren om de volgende keycard te verkrijgen. Sarah valt terug in een oude gewoonte. T-Bag wekt achterdocht en loopt enkele oude vrienden tegen het lijf op zijn eerste dag van zijn nieuwe baan.

Self vindt een nieuwe kaart in een kluis van een federaal gebouw. Mahone is nog steeds op zoek naar wraak. Ondertussen loopt T-Bag's nieuwe leven gevaar.

De hele operatie loopt gevaar wanneer Mahone in aanraking komt met de politie. Gretchen's zus ontvangt een verrassende bezoeker. The Company weet misschien meer over Self's plannen en T-Bag blijft zich verdacht gedragen.

Lincoln neemt de leden van het team mee naar Las Vegas, waar Sucre een voorstel krijgt. Gretchen werkt samen met T-Bag, die Michael een voorstel doet dat hij niet kan weigeren. Ondertussen worden de geheimen over de Bird's Guide van Whistler eindelijk onthuld.

Lincoln gaat op zoek naar de laatste kaart, die eigendom is van de General. Michael en Self moeten samenwerken met Gretchen. Roland wordt nog steeds gestraft voor het verliezen van het ontcijferingsapparaat.

Wyatt krijgt een koekje van eigen deeg. T-Bag begeeft zich op glad ijs als de politie zijn vermiste collega blijft zoeken. Ondertussen blijft Michael's staat verslechteren. Één van de teamleden maakt het ultieme offer tijdens de planning van de ondergrondse inbraak in Scylla.

Sara heeft geen andere keus dan Michael naar het ziekenhuis te brengen. Sucre en Lincoln moeten de operatie verder zien te leiden. Ondertussen maakt Self een verrassende vriend.

Michael vecht tegen de klok en zijn kwakkelende gezondheid om in te kunnen breken in het hoofdkantoor. Het succes van de inbraak ligt in handen van Sucre. Gretchen maakt zich klaar voor een ontmoeting met de General. T-Bag moet beslissen om zijn criminele verleden voorgoed achter zich te laten.

Michael moet de groep bij elkaar zien te houden nadat ze door één van hun eigen leden verraden zijn. Ondertussen wordt Gretchen gechanteerd door T-Bag's nieuwe partner.

Terwijl zijn conditie nog steeds verslechterd belandt hij in de handen van The Company, die Lincoln beloven dat ze Michael's leven kunnen redden inruil voor een gunst. Gretchen en Self vinden een koper voor Scylla.

Michael krijgt onverwachts medische hulp. Charles Westmoreland keert terug om de waarheid achter Scylla te ontrafelen. Ondertussen moeten Lincoln en Sucre Gretchen zien te stoppen voordat Scylla voor altijd onvindbaar zal zijn.

Lincoln en zijn partners arriveren in Miami om Scylla terug te krijgen. Sara zoekt naar de vermiste Michael en ontdekt interessante informatie over Michael's verleden. Ondertussen leidt in Florida verraad tot een sterfgeval en een arrestatie.

Michael en Sara reizen naar Miami terwijl Lincoln zijn moeder bezoekt. T-Bag's en Self's missie om Scylla terug te vinden neemt een dramatische wending. De General komt onder druk te staan.

Michael en Lincoln krijgen stevige ruzie om Scylla terwijl Christina haar plan opzet. Ondertussen krijgt Sara zeer belangrijk nieuws. De General raakt steeds meer paranoïde.

Christina vertelt Michael schokkend nieuws over Lincoln. T-Bag is vastbesloten te bewijzen dat hij een waardevolle toevoeging zou zijn aan The Company.

Chaos ontstaat in het hotel waar de moord heeft plaatsgevonden. Christina zet de laatste puntjes op de i wat betreft haar plan. Ondertussen moet Michael besluiten of hij Lincoln of Sara redt.

Oude bekenden arriveren om Michael te helpen met het neerhalen van The Company.

Michael probeert voor eens en altijd The Company te vernietigen