Майкл следит за Уистлером, который с Гретхен и Махоуни приезжает на светский раут, чтобы встретиться с продавцом. Уистлер убивает продавца, забирает у него карту-ключ и копирует её. Гретхен под угрозой смерти признается, что Сара жива и сбежала. Уистлер просит Майкла о помощи в уничтожении Компании. Люди Компании убивают Уистлера, забирают оригинал «Сциллы» и начинают охоту на Майкла, Линка и Махоуни. ФБР предлагает Майклу найти «Сциллу» в обмен на свободу всем членам команды. Майкл встречается с Сарой. После покушения на них Майкл соглашается на сотрудничество с ФБР. Гретхен передает ключ-карту генералу. Генерал обвиняет Гретхен в том, то она провалила задание, так как карта всего лишь копия, а не оригинал. Генерал передает Гретхен в руки киллера. Ти-Бэг, сбежав из «Соны», по книге Уистлера направляется в Сан Диего. Но по дороге его обчищают его же сообщники и бросают полуживого в мексиканской пустыне.

Сара, Майкл, Сукре, Беллик, Махоуни и Линкольн работают под началом агента ФБР Дона Селфа в режиме строгой секретности. К команде присоединяется хакер Роланд Глен. Задание команды — достать «Сциллу». С помощью дистанционного устройства Роланда команде удается скопировать информацию с ключа-карты, но выясняется что это всего лишь 1/6 часть всей информации. Начинается охота за остальными ключами. В этой же серии выясняется, что Гретхен жива.

Команда узнает о встрече всех хранителей «Сциллы». Киллер «Компании» пытает Брюса Беннета и узнаёт, где находится Сара. Правительство решает закрыть проект, а команду отправить в тюрьму. Сукре успевает предупредить Линка, и им удается скрыться. Майкл снимает на видео встречу хранителей «Сциллы», чтобы убедить ФБР продолжить операцию. Линкольн узнает подробности о гибели сына Махоуни и обещает свою помощь в поиске убийцы

Команда замечает Ти-Бэга в городе. Линкольн пытается заставить его отдать книгу Уистлера, но Теодор сбегает. Генерал подозревает, что один из бывших людей Компании интересуется «Сциллой». Ти-Бэг, следуя указанием книги, приходит в здание «Гейт» и выдается себя за некого Коула Пфайфера. Команда во главе с Майклом добывает информацию о Лизе Табак, которая является одним из хранителей «Сциллы». На мероприятие «Орлы и ангелы», где присутствует Лиза, Линкольн, Майкл и Махоуни приходят под видом полицейских. Гретхен готовит план побега. У Майкла снова идет кровь из носа. Махоуни начинает собственные поиски убийцы сына. Киллер выходит на след Сары.

Сара замечает киллера и сбегает от него. Команда проворачивает операцию по копированию второй карты «Сциллы». Во время копирования карты Майкл слышит, как Генерал говорит о новом плане «Компании» в Лаосе. Гретхен сбегает из плена. Ти-Бэг находит скрытые рисунки в книге Уистлера. Ему наносит визит некий азиат и угрожает смертью, если Тедди не достанет ему «Сциллу».

Команда копирует третью карту «Сциллы» на ипподроме во время скачек. Но Махоуни попадает в лапы копов. Киллер находит Алекса в полицейском участке и следует за ним в зал суда. Команда спасает Махоуни прямо из зала суда вместе с его досье. У Ти-Бэга проблемы в офисе «Гейт»: один коллега подозревает его в финансовых махинациях и мошенничестве. Грэтхен приходит в дом к своей сестре и дочери, а затем приходит в «Гейт» и находит там Ти-Бэга вместо Уистлера. Линк беспокоится о здоровье брата.

Гретхен объединяется с Ти-Бэгом для поисков «Сциллы». Генерал приказывает убить Дона Селфа. Линкольн, Роланд, Сукре и Сара едут в Вегас за 5-й частью карты. В это время остальные участники команды во главе со Скофилдом едут на встречу с секретаршей в «Гейт» по поводу Бэгвела. Но это оказывается ловушкой — Майкл, Беллик и Тришейн попадают в плен к Ти-Бегу и Гретхен. Под угрозой расправы Майкл соглашается помочь им найти «Сциллу». Сукре по предложению «5-го хранителя» приходит к нему в комнату и благополучно копирует карту и получает предложение хорошо заработать. Линк рассказывает Саре о болезни, от которой умерла их мать. Селф приходит к Генералу и предупреждает его о возможных последствиях, если на него откроют охоту. В офисе «Гейт» Майкл находит люк в подвал в шкафу Тедди, где уже с помощью подоспевшего Алекса запирает Бэгвела. Роланда ловят в казино за мошенничество и отнимают устройство для скачивания информации. Гретхен предлагает Майклу сделку.

Команда решает протаранить на полном ходу машину генерала, усыпить его и скачать инфу с карты на ноут. Но Роланд выходит на связь с киллером и, преследуя личные цели, сдает ему план братьев. Киллер ранит Сукре. Киллер догадывается, что цель братьев не убить генерала, а что-то другое. Генерал принимает решение перевести «Сциллу» в бункер в другой штат. Роланд выдает местонахождение команды киллеру. Киллер убивает Роланда, но сам попадает в плен. В офисе «Гейт» появляется мистер Фэн (парень, который угрожал Ти-Бэгу, требуя принести ему Сциллу). Гретхен узнает в нём своего давнего партнера и обещает достать «Сциллу» за 125 миллионов. Гретхен обещает 25 миллионов Ти-Бегу. Она также говорит, что «Сцилла» это нечто большее, чем просто чёрный список «Компании». Ти-Бэг ищет партнера в лице Тришейн против Гретхен. Они разрабатывают план, как достать отпечаток Гретхен на случай, если она вздумает удрать с долей Ти-Бега. Гретхен приглашает на встречу Сару, чтобы выяснить отношения. Сара сначала отказывается, но потом приходит. Она отказывается избить Гретхен, но обещает ей отомстить после завершения дела.

Линк пытается заставить киллера позвонить генералу и сообщить о смерти братьев. Путем обмана они записывают нужные слова и звонят генералу. Махоуни удовлетворяет свою жажду мести и убивает киллера. С помощью карты из книги Уистлера Майкл понимает, что люк в подсобке кабинета Тедди ведет в тоннель, который в конечном счете приведет их в здание Компании к «Сцилле». В офисе «Гейт» появляются служители закона, расследующие исчезновение одного из сотрудников, который копал под Тедди и погиб от рук Гретхен. Тэдди приходиться крутиться между следователем, владельцем компании, шумом из люка и толпой народа, выходящей из его подсобки. Тедди убеждает мистера Уайта избавиться от полиции, так как если выяснится, что в отчётах по продажам ошибки, то у них будут неприятности с налоговой службой. Состояние Майкла резко ухудшается. Бред Беллик погибает в потоке воды, успев помочь ребятам протолкнуть трубу.

Команда подавлена смертью Белика и заставляет Селфа передать тело матери Бреда. Лиза готовит «Сциллу» к перевозке. Генерал требует привлечь к транспортировке Девида Бейкера — разработчика «Сциллы». Майкл получает оставшиеся листки карты из книги Уистлера и расшифровывает имя создателя Сциллы. Махоуни отправляется к Бейкеру, но того перехватывает Компания. Жена Бейкера передает Алексу листок с символьными обозначениями, которые помогут обойти систему защиты помещения, где хранится «Сцилла». Майкл теряет сознание. Сара везет его в больницу. Там ему делают обследование и находят опухоль мозга, которую необходимо срочно оперировать. Тришейн находит личное дело Гретхен и в разговоре с Ти-Бэгом случайно произносит имя Джеймса Уистлера, чем настораживает Теодора. Ти-Бэг запрашивает её резюме и звонит по указанному в папке номеру. Трубку берет Селф. Ти-Бэг понимает, что Тришейн не та, за кого себя выдает. Сукре с Линкольном исследуют последний этап тоннеля и попадают в ловушку — Сукре наступает на мину. Алекс успевает вовремя и отключает мину.

Шантажируя генерала Лизой, команда покидает здание Компании с «Сциллой». Благодаря хитрости Майкла охрана всё же упускает их. Грэтхен и Ти-Бэг, не дождавшись команды в «Гейт», захватывают заложников. Тришейн и Селф разбираются с Фенгом и его дружками. Тришейн спешит на помощь заложникам в «Гейт». Гретхен и Ти-Бэг открывают стрельбу и скрываются. Тришайн удается захватить Ти-Бэга. «Сцилла» передана Селфу. В ходе ожидания оформления о полном освобождении и скорой для Майкла главные герои понимают, что Селф их кинул. Селф убивает Тришейн на глазах Ти-Бэга.

Дон объединяется с Бэгвелом и берет в заложники сестру и дочь Гретхен, и заставляет её найти нового покупателя на «Сцилу». Скофилд решает позвонить Хербу Стентаду в МВД, но в самый последний момент сбросил трубку. Майкл назначает встречу Гретхен, но на встречу приезжают агенты МВД и захватывают Бероуза. Херб предлагает сделку Майклу, чтоб тот дал показания против Селфа, но передумав решает убить братьев. Во время продажи Дон Селф узнает, что Майк не отдал одну часть «Сциллы» — B.O.G

Майкл, Фернандо, Сара и Линк устраивают охоту на Гретхен и Дона и у них получается вернуть «Сциллу», но попытавшись скрыться, Скофилд падает в обморок. Селф забирает «Сциллу» и вместе с Гретхен уезжает от подоспевших агентов Компании. Которые забирают Майкла и отвозят в здание Компании. При передаче «Сциллы» Дон убивает посредников. Генерал предлагает Линкольну жизнь Скофилда в обмен на «Сциллу» — B.O.G

В здании Компании Майклу делают обследования и готовят к операции на мозге. Генерал обещает ему жизнь, если Линкольн вернет «Сциллу». Генерал дает Линкольну какое-то досье. Под пытками Ти-Бег признается Линкольну, что у него встреча с Гретхен на причале Арлингтон в три. Селф и Гретхен ждут покупателя на причале. Махоуни везут в машине в тюрьму. Алекс требует выпустить его в туалет. После недолгих уговоров Ленг и её начальник соглашаются и предупреждают его: если он побежит, то они имеют право стрелять ему прямо в голову.

Операционная. Врач рассказывает о ходе операции Саре. Майкл в это время вспоминает своё пребывание в Фокс Ривер. Внезапно он оказывается в своей камере, и в ней же оказывается Чарльз Вестморленд. Они беседуют, и Чарльз сообщает, что Майкл ещё не умер, Майкл хочет узнать, зачем же он здесь.

Агенты проверяют помещение туалета и дают Алексу 15 секунд — он выходит, и мы видим, что от одной из раковин оторвана сливная труба. Выходя, Алекс упрекает Ленг в том, что она должна была ему поверить. Врач говорит Майклу, что они готовы начать удалять опухоль, для этого им нужно, чтобы он начал медленно читать алфавит. Майкл начинает читать и снова оказывается в камере с Чарльзом. Он извиняется перед ним, но тот говорит, что всё решат высшие силы. Майкл продолжает говорить, что ему тяжело поверить в то, что они проиграли и когда он поворачивается, перед ним на стене камеры появляются все заметки и бумаги, которые он готовил перед тем, как сесть в Фокс Ривер. Чарльз говорит Майклу, что у Майкла есть ответы на все вопросы. Сукре и Линкольн едут на причал, чтобы успеть встретить Селфа и Гретхен. Те все ещё ждут покупателя. Гретхен просит Селфа показать ей телефон покупателя, но тот отказывается. Внезапно звонит Рита. Она сообщает Гретхен, что Ти-Бэг отпустил их, и потом его забрали двое мужчин. Также Рита просит Гретхен оставить их с дочерью и больше не приезжать. После разговора Гретхен сообщает Селфу, что Компания уже наверняка знает, где происходит обмен, раз они забрали Ти-Бэга.

Майкл просыпается в загородном доме. К нему приходит психиатр, цель которого заставить Майкла работать на Компанию. Из бесед Майкл узнает, что его мать жива и уже много лет работает на Компанию. Вербовка не получается и генерал приказывает применить к Скофилду химические препараты (типа химической лоботомии). Сару выманивают смской на встречу, а потом похищают. Лиза, дочь генерала, рассказывает Саре, где прячут Майкла и советует ей поспешить со спасением. Ти-Бег информирует генерала, что Сара отправилась за Майклом. Майклу удается сбежать из загородного дома. Линкольн, Гретхен, Селф и Ти-Бэг приезжают в Майами за «Сциллой». Они безуспешно пытаются выйти на след посредника. Гретхен считает, что это кто-то «из своих». В команду возвращается Махоуни. Гретхен находит посредника. В результате перестрелки посредник погибает, а Гретхен ранена. Жива остается только при заступничестве Ти-Бэга. Линкольн отвечает на звонок телефона, который он забрал у убитого посредника. На том конце провода мать братьев.

Линкольн, Селф, Махоуни и Ти-Бэг получают пакеты с фотографиями своих родных от генерала в качестве «стимулирующего инструмента». Кранц сообщает Линку, что к поискам «Сциллы» подключился и Майкл, и если его найдут, то будут стрелять на поражение. Сара и Майкл в бегах. За ними идет охота. Линк отказывается принимать сторону Майкла и продолжает поиски «Сциллы» для генерала, веря что тот сдержит слово и все получать свободу. Майкл и Сара, скрываясь от преследователей, направляются в фуре в Майами. Фуру перехватывает человек Кристины. Махоуни находит базу данных ключей с адресами. Им удается установить два адреса. По одному адресу отправляются Селф и Теодор, а по другому — Линк и Махоуни. В особняке Барроуз находит фото своей беременной матери с маленьким Линком. Махоуни предполагает, что скорее всего мать Линка как раз и является покупателем «Сциллы». Фото является зашифрованным посланием, и Линк отправляется на встречу с матерью. Кристина хочет встать во главе Компании и просит Линка прекратить поиски и дать ей два дня на решение всех проблем. По второму адресу команда находит ящик с оружием и пропуска на энергетическую конференцию. Орэн (один из хранителей карты) взрывает Кранца в его же машине. Но попытка оказывается неудачной и Кристина приказывает убрать и Орэна. Кранц выходит на связь с Кристиной и подозревает её в измене. Кристина приказывает убрать Линкольна.

Снайпер целится в Линкольна, но теряет его из виду. Селф, стоящий на той же улице, смотрит в бинокль, и замечает снайпера, о чём сообщает Махоуни. Алекс взбирается на крышу здания, где сидит снайпер. Завязывается перестрелка, снайпер убегает от Махоуни вниз по лестнице, но внизу его уже ждет Линкольн. Он спрашивает у снайпера, где Кристина, а тот, пользуясь моментом, ранит Линка ножом в руку. Снайпер пытается убежать, но его сбивает машина. Махоуни забирает у него телефон, и они все вместе скрываются в машине, на которой подъехал Ти-Бэг. Сара с Майклом приезжают в Майами — они заходят в квартиру подруги Сары, с которой они вместе учились. Она рассказывает, что здесь можно некоторое время переждать, так как подруга вместе с семьей переезжает сюда только на время отпуска. Сара заходит в ванну и находит в шкафчике с лекарствами тест на беременность.

Сара беременна. Линкольн, Махоуни и Селф взяли в аэропорту Винсента Сандинского. Майкл и Сара взяли Кристину в заложники. Кристина рассказывает историю семьи. Генерал допрашивает Сандинского, после чего Ти-Бэг его убивает. Сына премьер-министра Индии убивают на конференции. Линкольна и команду подставляют

Майкл с Линком пытаются уйти с отеля, где был убит сын премьер-министра Индии. Полиция идёт по пятам. Сам премьер хочет мести, соглашаясь на сделку с Кристиной. Генерал приказывает убить жену Селфа, из-за проваленной операции. Селф прыгает в воду, так как уже всё потеряно. Кристина снимает $10 000 в банке со счёта в Люксембурге, куда перевёл деньги Премьер Индии. Майкл с Линком и Махоуни инсценируют ограбление банка, в котором Кристина сняла деньги и забирают у неё сциллу. Бэгвелл берёт Сару в заложники по приказу генерала, Кристина в это время в перестрелке, забирает Линка в заложники. Майклу нужно сделать выбор жизнь Линка или беременной Сары.

Майкл придумывает план спасения обоих. Селфа допрашивают в больнице. Генерал не собирался отпускать Майкла с Сарой. Кристина не собиралась отпускать Линка. Махоуни идёт на фальшивую сделку с Кристиной по плану Майкла, чтобы спасти Линка. Майкл оставляет пустой кейс генералу, а сам вручную по балконам спасает Сару. Си-Ноут находит Сукре и предлагает помощь от лица Келлермана. Он так же хочет помочь Майклу, Линку и Махоуну.

Вся оставшаяся команда вместе с Полом подписывает документы на освобождение. В конце Линк, Сукре, Махоуни, Сара и сын Майкла и Сары встречаются у могилы Майкла, чтобы в последний раз попрощаться с человеком, который на протяжении всего побега пытался помочь всем и каждому.