Michael Scofield w poszukiwaniu zemsty za swoją ukochaną (dr Sarą Tancredii) postanawia posunąć się nawet do zabójstwa. Sytuacja komplikuje się gdy Michael dowiaduje się, że Sara żyje. Niedługo potem odnajduje ją. Sona została spalona podczas zamieszek, więc Bellick, Sucre i T-Bag są na wolności. Lincoln za morderstwo zostaje sprowadzony do USA. Wszyscy spotykają się w jednym celu, ich zadaniem jest rozpracowanie i zniszczenie Firmy.

Drużyna Michaela wykrada dane z dysku, który zawiera informacje o firmie. Okazuje się, iż potrzebne jest jeszcze 5 innych nośników by odczytać całość.

Przełożony agenta odpowiedzialnego za prowadzenie misji nakazuje sprowadzenie Michaela i jego drużyny z powrotem do więzienia. Uciekając Michael zdobywa dowody na temat posiadaczy dysków. Jednym z nich jest człowiek naciskający na przerwanie misji. Drużyna Michaela otrzymuje zgodę na kontynuować poszukiwania (przełożeni przełożonych interweniują).

Drużyna Michaela dowiaduję się, że kolejnym dyskobolem jest turecki konsul Erol Tabak. Agent Self przekazuje Sarze informację o zamordowaniu Bruce'a Bennetta. Drużyna przypadkowo spotyka T-Baga jednak braciom nie udaje się odzyskać przewodnika ornitologicznego, bo zostają zauważeni przez ochroniarza i muszą ratować się ucieczką.

Agent Self rozpoznaje na zdjęciu kolejnego dyskobola, który okazuje się być naczelnikiem agencji Ministerstwa Finansów. Mahone spotyka się z żoną, która rozpoznaje ze zdjęć zabójcę ich syna. Sara odkrywa, że jest śledzona, ale udaje jej się uciec i powiadomić o wszystkim Michaela.

Drużyna Michaela przeprowadza akcję w czasie wyścigów konnych. Podczas gdy Bellick i Sara robią zamieszanie i odwracają uwagę ochrony Lincoln dostaje się do bramek startowych i montuje urządzenie blokujące jedną z nich a Mahone i Michael montują urządzenie ściągające dane ze Scylli w biurze kierownika wyścigów.

T-Bag siedzi w pokoju hotelowym przywiązany do krzesła, a Gretchen próbuje wyciągnąć z niego informacje o Scylli. Drużyna Michaela planuje zdobycie danych z kolejnego dysku. Mahone radzi agentowi Selfowi, aby przestał uciekać i zaczął dokładniej rozpracowywać gen. Krantza, tymczasem generał sugeruje Wyattowi pozbycie się Selfa.

Drużyna układa plan wykradnięcia danych z ostatniego dysku, który jest w posiadaniu gen. Kranza. Michael razem z agentem Selfem spotyka się z Gretchen, z którą zamierza współpracować. Sara rozmawia z Michaelem o jego zdrowiu. Podczas rozmowy Scofield zdradza jej, że Gretchen żyje.

Wyatt jest przetrzymywany i torturowany przez drużynę. Nie chcą także dopuścić, aby wpadł w ręce Mahone'a żądnego zemsty za zabójstwo syna. Pad Man wraz z Lisą omawiają plan przeniesienia Scylli. Tymczasem generał dowiaduje się, że Wyatt nie daje żadnych oznak życia. Drużyna kontynuuje omawianie planu zdobycia Scylli.

Drużyna opłakuje śmierć Bellicka. Kiedy dowiadują się, że jego ciało nie zostanie oddane jego matce wybucha bójka pomiędzy Selfem i Sucre. W ostateczności udaje się zmusić Dona Selfa do godnego traktowania zmarłego Bellicka. Michael spotyka się z Gretchen w celu przekazania mu brakujących stron szkicu drogi do Scylli.

Poszukiwanie Scylli prowadzi do zaskakującego końca, ponieważ Sara bierze za zakładnika Lisę, T-Bag i Gretchen czekają w GATE na powrót drużyny ze Scyllą, a Michael i Lincoln spotykają się twarzą w twarz z Generałem. Drużyna zostaje zdradzona przez Dona.

Michael musi utrzymać drużynę w komplecie po zdradzie Dona. T-Bag poznaje nowego partnera, który szantażuje Gretchen znalezionym klientem na Scyllę.

Michael i Lincoln spieszą się, ponieważ chcą odzyskać Scyllę od Gretchen i jej nowego partnera. Chcą oni bowiem zabrać braciom brakującą część układanki. Tymczasem, Mahone spotyka się ze starym kolegą, który jest rozdarty pomiędzy przyjaźnią a obowiązkiem. T-Bag jest poddany próbie wiary, w trakcie przetrzymywania rodziny Gretchen jako zakładników.

Michael dostaje medyczną opiekę w najmniej oczekiwanym miejscu, a Charles Westmorland powraca aby pomóc odkryć prawdziwe znaczenie Scylli. Tymczasem Lincoln i Sucre próbują powstrzymać Gretchen zanim Scylla przepadnie na zawsze.

Scofield został odizolowany i uwięziony w domu przez Firmę. Firma próbuje zwerbować Michaela różnymi metodami. Uświadamiają mu, że jego matka, Christina Rose Scofield wciąż żyje i pracuje dla nich. Tymczasem Lincoln i jego ekipa szukają biznesmena, który ukradł Scyllę.

Ekipa znalazła klucze przy ciele zabitego biznesmena. Okazuje się, że jeden z nich to klucz do posiadłości Christiny Rose Scofield. Michael i Sara poznają niebezpieczeństwo jazdy autostopem w drodze do Miami, a Lincoln spotyka się z Christiną, która informuje go o jej planach przejęcia Firmy.

Michael i Lincoln szykują się do pojedynku o Scyllę, gdy Christina rozkazuje strzelać i wcielić jej plan w życie. Sara otrzymuje niespodziewane informacje, a T-Bag urządza scenę przed indyjską ambasadą.

Michael ma niespokojne spotkanie z Christiną, która wyjawia mu tajemnicę, dotyczącą Lincolna. Tymczasem grupa Lincolna działając pod presją czasu, którą narzucił Generał, wpada w pułapkę.

W hotelu, w którym popełniono morderstwo na konferencji światowej energii, wybuchają zamieszki. Złapani w pułapkę Michael i Lincoln znajdują drogę ucieczki, w czym pomaga im Generał, stawiając pewne ultimatum. Obaj odbijają Scyllę Christinie, która zdoła jednak schwytać Lincolna. Scofield staje przed wyborem, czy pomóc mu, czy uratować Sarę.

Michael i Mahone przygotowują plan odbicia Sary z rąk Krantza i Lincolna z rąk z Christiny. Tymczasem T-Bag pilnuje Sarę i zaczyna się do niej dobierać. W międzyczasie Self jest torturowany przez agentów FBI, którzy chcą by zdradził im gdzie znajdują się obecnie bracia. W Chicago Sucre nieoczekiwanie spotyka C-Note'a, który chce pomóc braciom w walce z Firmą...

Podczas gdy Mahone znajduje się w pułapce Christiny, Sucre i C-Note usiłują wydobyć od T-Baga informację o miejscu pobytu braci. Michael postanawia zniszczyć Scyllę. Nieoczekiwanie otrzymuje pomoc od Paula Kellermana. W międzyczasie Self ostatecznie odmawia pomocy agentom FBI. Akcje odbicia Lincolna i Sary dochodzą zaś ostatecznie do skutku...