새라에 대한 복수를 하기 위해 휘슬러와 그레첸을 쫓아 LA에 온 마이클은 두 사람으로부터 새라가 살아 있다는 말을 듣고 반신반의한다. 휘슬러와 마혼은 컴퍼니의 비밀 기록이 담겨 있는 데이터 카드 실라를 손에 넣고, 실라의 암호를 풀기 위해 마이클에게 함께 컴퍼니에 잠입하자고 설득한다.
마이클과 일행은 실라를 찾기 위해 LA로 간다. 실라를 얻는 유일한 방법은 카드홀더의 집으로 침입해 컴퓨터 천재인 롤랜드의 기기로 실라를 복사해 오는 것뿐이다. 카드홀더의 집에 드나드는 가정부를 이용해 실라의 정보를 복사하는 데 성공하지만, 가정부는 기기를 카드홀더의 집에 두고 나온다.
갱들과 함께 실라의 행방을 쫓던 마이클은 마침내 실라가 하나가 아닌 6개의 카드로 이뤄져 있다는 사실을 알아내지만, 셀프 요원으로부터 하나가 아닌 전부를 오늘 안에 가져오지 않으면 다시 철창행이라는 대답만 돌아온다. 한편, 마혼은 랭 요원에게 전화해 아들의 죽음에 대해 묻고, 링컨은 이 대화를 엿듣는다.
마이클 일행은 두 번째 카드 홀더를 찾아내고, 경찰로 위장해 카드 홀더에게 접근한다. 티백은 게이트 사에서 일하게 되고 새라는 브루스의 사망 소식을 듣고 죄책감에 시달리다 술집으로 향한다. 새라가 한눈을 판 사이 곁에 있던 남자가 새라의 신용카드를 훔치고, 와이어트는 새라의 뒤를 쫓는다.
마이클이 찾은 다음 카드 홀더는 재무부에 근무하는 사람으로, 세 번째 카드도 복사하는 데 성공한다. 장군은 카드 홀더들에게 항상 카드를 소지하라는 명령을 내린다. 링컨은 마이클의 코피에 대해 알게 되고 새라는 와이어트를 따돌리는 데 성공한다. 수크레와 벨릭은 휘슬러의 책을 회수하기 위해 티백을 찾는다.
네 번째 카드를 목표로 마이클 일행이 경마장을 찾았다. 작전이 계획대로 진행되던 가운데 갑자기 일어난 싸움에 경찰들이 몰려와 발각될 위험에 처하고 혼자서 롤랜드의 기기를 되찾으러 간 마혼은 결국 경찰에게 붙잡혀 유치장에 갇히게 된다. 와이어트는 셀프를 뒤를 쫓다 마혼을 만나게 된다.
마이클은 어쩔 수 없이 그레첸과 협력하게 되고, 마지막 카드를 얻기 위해 장군을 노리지만 실패하고, 수크레는 총에 맞는다. 장군은 마이클 일행이 실라를 노리는 것을 알고, 실라를 옮기라고 지시한다. 와이어트는 마이클 일행의 위치를 알아낸 뒤 롤랜드에게 총을 쏘지만 그때 마이클 일행이 와이어트를 잡는다.
링컨은 와이어트를 협박해 장군에게 자신들이 죽었다고 보고하라고 한다. 하지만 와이어트는 호락호락하게 넘어가지 않고 계속 버틴다. 그런 와이어트를 보면서 죽은 아들이 떠올라 상당히 괴로워하는 머혼. 마이클과 수크레, 벨릭, 링컨은 지하 통로를 통해 크렌츠 장군이 있는 곳으로 가려 한다.
장군은 실라를 옮기는 작전에 박차를 가한다. 크레첸과 손잡고 휘슬러의 책에서 도면을 찾아낸 마이클 일행은 실라가 보관된 장소의 내부 구조를 파악하려 하고, 데이빗 베이커라는 이름의 실라 설계자를 발견하게 된다. 수크레는 컴퍼니 건물 지하에서 실수로 지뢰를 밟아 버리게 된다.
컴퍼니 지하 기지 침입에 성공한 마이클 일행. 이를 알게 된 장군을 서둘러 실라가 있는 방에 내려오고 결국 실라는 마이클의 손에 들어간다. 새라가 밖에서 장군의 딸인 리사를 붙잡아 이들의 탈출을 돕는다. 마이클은 실라를 셀프에게 넘기지만 셀프는 마이클 일행과 연락을 끊은 채 사라져 버린다.
셀프에게 뒤통수를 맞은 스코필드 일행은 그레첸과 힘을 합쳐 셀프를 잡으려 한다. 하지만 셀프가 리타와 에밀리를 인질로 삼아 그레첸을 협박해 자기 쪽으로 끌어들이고, 실라를 살 새로운 구매자를 찾아줄 것을 요구한다. 셀프는 스코필드 일행과 그레첸이 만나기로 했던 장소를 신고한다.
셀프는 나머지 실라 조각을 찾다가 마이클 일행에게 잡힌다. 한편 티백이 그레첸의 가족을 인질로 잡고 있던 와중에 성경책 판매원으로 위장한 컴퍼니 요원이 찾아온다. 티백은 자신이 요원에게 잡히기 전에 그레첸의 가족을 풀어 주고 마혼은 랭과 윌러를 만나 법무부 장관을 만나려 하지만 실패한다.
링컨은 마이클의 수술을 컴퍼니 측에 맡기고, 장군의 명령에 따라 그레첸과 돈 셀프를 쫓아 실라를 찾으러 간다. 수술을 받는 마이클은 컴퍼니 측에서 집도하는 수술임을 모른 채 마취에 들어가고 수술을 하는 동안 찰스의 환영과 마주치게 된다. 찰스는 보이는 것이 전부가 아니라는 알아들을 수 없는 말을 한다.
마이애미로 간 링컨은 새라에게 연락해 마이클의 안부를 물으며 자신은 실라를 되찾기 위해 그레첸, 티백, 셀프와 손잡았다고 말한다. 한편 마이클은 컴퍼니 경호원이 철통 감시를 하는 숲속의 외딴 집에서 감금된 채 깨어난다. 그리고 죽은 줄로만 알았던 어머니가 살아 있다는 뜻밖의 소식을 듣게 되는데...
크리스티나는 장군의 차를 폭파해 장군을 죽이려 하지만 실패하고, 마이애미에 있던 링컨은 크리스티나가 살아있음을 알고 찾아가지만, 크리스티나는 링컨에게 이틀 동안 잠적해 있으라고 말한다. 한편 마이클과 새라는 마이애미로 가는 도중 컴퍼니 요원으로 보이는 사람에게 쫓기게 된다.
자신을 죽이려던 저격범을 통해 링컨 일행은 크리스티나의 다음 행보를 추적해 간다. 마이클은 자신을 막았던 사람이 가지고 있던 쪽지에서 자신 말고 VS라는 이니셜의 사람의 존재를 알게 된다. 링컨에게 만나자 연락하지만 링컨은 연락을 받지 않고 마혼이 약속 장소에 나타나 크리스티나의 존재를 알린다.
마이클은 크리스티나와 재회하지만 크리스티나는 마이클과 링컨이 친형제가 아니라고 말한다. 하지만 인질로 잡혀 있던 크리스티나는 극적으로 탈출하고 마이클과 링컨 일행은 함정인지도 모른 채 혁신 에너지 학회가 열리는 곳으로 향한다. 결국 링컨은 인도 총리의 아들을 암살했다는 누명을 쓴다.
나빈 배너지의 암살범으로 몰린 링컨 얘기가 언론사를 점령하고, 마이클과 링컨은 호텔에서 탈출할 방법을 모색한다. 환기구를 통해 탈출할 계획을 세운 이들은 옥상으로 올라가려 하지만 발빠른 경찰 대응에 호텔에 갇히게 된다. 크리스티나의 계략으로 암살 사건은 인도와 중국의 분쟁 문제로 변할 조짐을 보인다.
마이클은 장군에게 붙잡혀 있는 새라와 크리스티나에게 잡혀 있는 링컨 중 누구를 먼저 구해야 할지 고민에 빠지게 된다. 마혼은 마이클에게 총에 맞은 링컨 먼저 구하라고 하지만 마이클은 누구 하나를 고를 수가 없다며 고뇌한다. 마이클은 크리스티나를 불러내 실라를 건네주는 척하며 폭탄으로 처리하려 한다.
새라와 마혼은 링컨 치료를 위해 병원에 잠입하지만, 마혼이 FBI에게 체포당하고, 새라와 마이클, 링컨도 장군의 수하들에게 끌려간다. 장군은 소피아를 인질로 실라를 내놓으라고 협박한다. 링컨의 상태가 점점 나빠지고, 꼼짝없이 붙잡힌 상황에서 수크레와 씨노트가 나타나 이들을 구해 준다.
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