Michael hat Gretchen/Susan, Whistler und Mahone nach L.A. verfolgt. Chaos regiert in SONA, während T-Bag, Bellick und Sucre verschwinden. Lincoln und L.J. bleiben weiterhin bei Sofia.

Die Bande muss in das gut bewachte Haus des Firmengründers Stuart Tuxhorn einbrechen. Anderswo muss T-Bag auf die Spitze gehen, um zu überleben.

Michael versucht, den Karteninhaber zu verfolgen und zu vermeiden, ins Gefängnis zurückzukehren. Wyatt findet neue Informationen über Saras Aufenthaltsort. Anderswo benutzt T-Bag eine neue Identität, um sich ein neues Leben aufzubauen.

Michael, Lincoln und Sucre müssen einen Polizistenvorteil abstürzen, um den nächsten Kartenschlüssel zu erhalten. Sarah, die von einem weiteren Tod überrascht ist, fällt in eine alte Gewohnheit zurück. T-Bag erregt Verdacht und trifft an seinem ersten Arbeitstag auf einige alte "Freunde".

Self findet eine weitere Karte, die in einem Safe in einem sicheren Bundesgebäude versteckt ist, während Mahone seine Suche nach Rache fortsetzt. In der Zwischenzeit könnte T-Bags neues Leben in Gefahr sein.

Die gesamte Operation kann in Gefahr sein, wenn Mahone in Schwierigkeiten mit dem Gesetz gerät. Gretchens Schwester erhält einen Überraschungsbesuch. Die Firma kann auf Selbst sein. T-Bag erregt weiterhin Verdacht bei Gate.

Lincoln bringt Mitglieder des Teams nach Las Vegas, wo Sucre einen unanständigen Vorschlag bekommt. Sarah erfährt von Michaels Zustand, und Roland treibt sein Glück zu weit. Gretchen schließt sich mit T-Bag zusammen, der Michael ein Angebot macht, das er nicht ablehnen kann. In der Zwischenzeit werden die Geheimnisse in Whistlers Vogelbuch endlich gelüftet.

Lincoln arbeitet daran, die letzte Karte zurückzuholen, die vom General gehalten wird. Michael und Self sind gezwungen, mit Gretchen zu arbeiten. In der Zwischenzeit wird Roland weiterhin beschimpft, weil er das Transkriptionsgerät in Las Vegas verloren hat.

Wyatt bekommt einen Vorgeschmack auf seine eigene Medizin, und Mahone findet eine Lösung. T-Bag krabbelt, als die Polizei seinen vermissten Kollegen untersucht, während Gretchen sich mit einem Firmenmann wohnt. In der Zwischenzeit verschlechtert sich Michaels Zustand weiter, und ein Teammitglied bringt das größte Opfer bei der Planung des Einbruchs in den Untergrund für Scylla.

Sara bleibt keine andere Wahl, als Michael ins Krankenhaus zu bringen, da sich seine Verfassung schnell verschlechtert. Sucre und Lincoln stehen vor unbekanntem Terrain, da sie die Verantwortung für die Operation tragen. Anderswo macht Agent Self einen überraschenden Verbündeten.

Sara nimmt eine Geisel, um Scylla zu beschützen. In der Zwischenzeit treffen Michael und Lincoln schließlich den General, während eines ihrer Mitglieder die Loyalität wechselt.

Es liegt an Michael, die Bande zusammenzuhalten, nachdem sie erfahren haben, dass sie von einem ihrer eigenen Leute verraten wurden. In der Zwischenzeit wird Gretchen von dem neuen Partner von T-Bag erpresst.

Michael, dessen Zustand sich verschlechtert, landet in den Händen der Firma, die Lincoln versprechen, dass sie Michaels Leben im Austausch für einen Gefallen retten können. Anderswo enden Gretchen und Self mit Scylla und einem Käufer.

Michael bekommt medizinische Hilfe von den unwahrscheinlichsten Orten, und Charles Westmoreland kehrt zurück, um die wahre Bedeutung von Scylla aufzudecken. In der Zwischenzeit rennen Lincoln und Sucre, um Gretchen aufzuhalten, bevor Scylla für immer verloren ist.

Lincoln und seine neuen Partner kommen nach Miami, um Scylla von seinem schockierenden neuen Besitzer zu retten, und Sara sucht nach einem vermissten Michael, der einige überraschende Informationen über seine Vergangenheit erfährt. In der Zwischenzeit führt eine Doppelkreuzung zu einem Tod und einer Verhaftung im "The Sunshine State".

Michael und Sara reisen nach Miami, während Lincoln sich mit seiner Mutter trifft. T-Bag and Self's Mission, Scylla zu finden, nimmt eine dramatische Wendung. Der General gerät unter Druck.

Michael und Lincoln kommen zu Schlägen über Scylla, als Christina die Räder für ihren Plan in Bewegung setzt. In der Zwischenzeit erhält Sara lebensverändernde Nachrichten. T-Bag kommt in der indischen Botschaft an. Der General wird immer paranoider.

Michaels Wiedersehen mit Christina ist gesäuert, als sie eine Bombe über Lincoln fallen lässt, und T-Bag wächst entschlossen, zu beweisen, dass er es wert ist, Mitglied der Firma zu sein.

Nach dem Attentat bricht im Hotel die Hölle los, und Christina stellt die letzten Teile ihres Plans zusammen. In der Zwischenzeit macht der General seine Drohung gut, und Michael ist gezwungen, sich zwischen der Rettung von Lincoln oder Sara zu entscheiden.

Vertraute Gesichter kehren zurück, um Michael zu helfen, sein Bestreben, das Unternehmen ein für alle Mal zu Fall zu bringen, zu beenden.

Michael versucht, das Unternehmen ein für alle Mal zu Fall zu bringen. Nachdem der General die Brüder erwischt und den Einsatz erhöht hat, indem er mehr ihrer Verwandten entführt hat, entkommt Michael mit Scylla.