Michael falder over utrolige nyheder, da han søger hævn over Saras død. Michael og Lincoln får et uimodståeligt tilbud fra Homeland Security. Mahone lider et frygteligt tab.

Майкл следит за Уистлером, который с Гретхен и Махоуни приезжает на светский раут, чтобы встретиться с продавцом. Уистлер убивает продавца, забирает у него карту-ключ и копирует её. Гретхен под угрозой смерти признается, что Сара жива и сбежала. Уистлер просит Майкла о помощи в уничтожении Компании. Люди Компании убивают Уистлера, забирают оригинал «Сциллы» и начинают охоту на Майкла, Линка и Махоуни. ФБР предлагает Майклу найти «Сциллу» в обмен на свободу всем членам команды. Майкл встречается с Сарой. После покушения на них Майкл соглашается на сотрудничество с ФБР. Гретхен передает ключ-карту генералу. Генерал обвиняет Гретхен в том, то она провалила задание, так как карта всего лишь копия, а не оригинал. Генерал передает Гретхен в руки киллера. Ти-Бэг, сбежав из «Соны», по книге Уистлера направляется в Сан Диего. Но по дороге его обчищают его же сообщники и бросают полуживого в мексиканской пустыне.

Michael egészen Los Angelesig követi Gretchent és Whistlert, hogy leszámoljon velük Sara haláláért, de közben hihetetlen dolgot tud meg. Lincoln és Michael olyan ajánlatot kapnak egy Nemzetbiztonsági ügynöktől, amit nem utasíthatnak vissza. Mahone szörnyű veszteséget szenved és Zsebest pedig cserbenhagyják a szabadság felé vezető útja során. A Cég lebuktatására összejött bandához csatlakozik Sara, Mahone, Sucre és Bellick is.

עונה רביעית לדרמת המתח. אחרי שהנדסו בריחה מהכלא הסיוטי "סונה" בפנמה, האחים מייקל סקופילד ולינקולן בורוז נחושים לנקום בארגון הצללים "החברה", הארגון שאחראי להרס חייהם.

Michael hat Gretchen/Susan, Whistler und Mahone nach L.A. verfolgt. Chaos regiert in SONA, während T-Bag, Bellick und Sucre verschwinden. Lincoln und L.J. bleiben weiterhin bei Sofia.

Tre settimane dopo la fuga da Sona, Michael va in cerca di Whistler e Gretchen/Susan per vendicarsi della morte di Sara. Whistler, per conto della Compagnia, deve recuperare una scheda, con l'aiuto di Gretchen e Mahone, che si finge un autista. Fingendo di volerla acquistare per 50 milioni $, Whistler riesce a recuperarla ed uccide coloro che l'avevano sottratta alla Compagnia. Michael, dopo aver elaborato un piano e lasciato le sue memorie, trova Whistler nell'intento di fare una copia della scheda all'insaputa di Gretchen. Quando la donna compare, Michael cerca di ucciderla, ma si ferma quando scopre che Sara è ancora viva.

Alcuni giorni prima, il carcere di Sona ha preso fuoco e tra i detenuti che sono riusciti a fuggire vi sono T-Bag, Bellick e Sucre. Sucre e Bellick riescono a passare il confine e viaggiano insieme fino a casa, ma quando Fernando si reca all'ospedale per vedere sua figlia appena nata viene catturato dalla polizia assieme all'ex guardia carceraria.

T-Bag, tramite un contatto panamense, assolda degli uomini per attraversare il confine ed andare in cerca di Michael per vendicarsi di lui, ma viene tradito e lasciato nel deserto assieme all'uomo che gli aveva organizzato il viaggio. Pur ferito, il suo pensiero è quello di non farsi scappare il libretto sugli uccelli di Whistler che, ne è certo, o lo condurrà da Michael o condurrà Michael a lui.

Il generale della Compagnia scopre che la scheda non è quella originale ed, incolpando Gretchen, ordina che venga uccisa. Sarà un nuovo killer ad eseguire l'ordine: Wyatt Mathewson, che dovrà ritrovare la scheda originale e spazzare via tutti coloro che hanno avuto a che fare con Whistler. Mahone convince Michael a parlare con Whistler per sapere dov'è Sara. Whistler gli rivela che questa ha acquistato un biglietto per Chicago e che, in realtà, egli lavora per l'FBI per smantellare la Compagnia e per farlo deve accedere alla scheda, chiamata Scylla, che contiene il libro nero della Compagnia. Michael deve aiutarlo a trovare il luogo dove viene tenuto il computer in grado di decriptarlo e nel libretto sugli uccelli vi erano importanti informazioni che lo avrebbero aiutato a trovare tale luogo, ma in quel mentre Whistler viene colpito a morte da Wyatt. Mahone e Michael sono costretti alla fuga e Scylla torna nelle mani del generale. Lincoln, che si trova a Panama con Sofia e L.J., viene arrestato per aver ucciso un membro della Compagnia che, a sua volta, lo stava inseguendo per ucciderlo.

Wyatt si reca a casa dell'ex moglie di Mahone e, per farlo uscire allo scoperto, uccide suo figlio. Quando l'ex agente dell'FBI ritorna dalla sua famiglia viene fermato dai poliziotti che gli impediscono di entrare e viene arrestato in quanto ricercato. Anche Michael viene arrestato, l'agente della Sicurezza Nazionale Donald Self, tuttavia, gli propone un'alternativa a 15 anni in prigione: lavorare per lui per smantellare la Compagnia. Per questo occorrerà recuperare e decriptare Scylla, progetto a cui stava lavorando da anni anche suo padre, Aldo Burrows. Lincoln potrà aiutarlo perché l'FBI ha stretto un accordo con le autorità panamensi per fargli scontare la pena negli Stati Uniti.

Bruce Bennett, l'amico di famiglia di Sara, che già aveva aiutato Michael in passato, paga la cauzione per i fratelli e li porta da Sara, che si era rifugiata da lui. Sara e Michael sono felicemente riuniti e la donna mostra al compagno gli abusi subiti a causa della Compagnia. All'inizio Micheal e Lincoln non accettano la proposta di Don Self, ma quando Wyatt prova nuovamente ad ucciderli, i due fratelli si ricredono perché in ballo c'è anche la loro vita. Viene così formata una squadra formata da Michael, Lincoln, Sara, Mahone, Bellick e Sucre. A tutti vengono date nuove identità, rammentandoli di non provare a scappare, e Michael, conscio che non tutto si può nascondere, si sottopone al trattamento laser per rimuovere il suo peculiare tatuaggio.

Lincoln se dostává opět do potíží se zákonem, zatímco Michael vyhledává Gretchen, aby vykonal svou pomstu.

殺されたサラの敵を討つため、グレッチェンとウィスラーの後を追いLAへとやってきたマイケル。組織の秘密を握る人物との取引に現れた2人を尾行し、彼らに銃口を突きつけるマイケルだったが、そこで衝撃的事実を告げられる。「サラは生きている」と…。

새라에 대한 복수를 하기 위해 휘슬러와 그레첸을 쫓아 LA에 온 마이클은 두 사람으로부터 새라가 살아 있다는 말을 듣고 반신반의한다. 휘슬러와 마혼은 컴퍼니의 비밀 기록이 담겨 있는 데이터 카드 실라를 손에 넣고, 실라의 암호를 풀기 위해 마이클에게 함께 컴퍼니에 잠입하자고 설득한다.

迈克尔在洛杉矶发现了令人难以置信的消息，他想为萨拉的死报复惠斯勒和格雷琴。马宏遭受了毁灭性的损失。迈克尔和林肯与同伴们重聚，并接到了一个他们无法拒绝的国土安全局特工的邀请。

施米高得到了難以置信的消息，他想為譚莎拉的死報復惠斯勒和格雷琴。

Alors qu'il cherche à se venger de la mort de Sara, Michael apprend quelque chose d'inimaginable. Pendant ce temps, T-Bag, en fuite, est abandonné dans le désert.

Michael Scofield w poszukiwaniu zemsty za swoją ukochaną (dr Sarą Tancredii) postanawia posunąć się nawet do zabójstwa. Sytuacja komplikuje się gdy Michael dowiaduje się, że Sara żyje. Niedługo potem odnajduje ją. Sona została spalona podczas zamieszek, więc Bellick, Sucre i T-Bag są na wolności. Lincoln za morderstwo zostaje sprowadzony do USA. Wszyscy spotykają się w jednym celu, ich zadaniem jest rozpracowanie i zniszczenie Firmy.

Ο Μάικλ μαθαίνει απίστευτα νέα όταν αναζητά εκδίκηση για τον θάνατο της Σάρα. Ο Τι-Μπαγκ μένει μόνος του στο Μεξικό ενώ προσπαθεί να ελευθερωθεί.

Michael ska hämnas Saras död. Michael och Lincoln får ett erbjudande som de inte kan motstå. Mahone drabbas av en förlust och T-bag blir övergiven.

Căutând să răzbune moartea Sarei, Michael primește vești incredibile. T-Bag este abandonat în Mexic în timpul fugii sale pentru a-și găsi libertatea.

Michael has trailed Gretchen/Susan, Whistler and Mahone to L.A. Chaos reigns in SONA while T-Bag, Bellick and Sucre go missing. Lincoln and L.J. continue to stay with Sofia.

Michael heeft Gretchen, Whistler en Mahone naar L.A. achtervolgt. In SONA ontstaat chaos terwijl T-Bag, Bellick en Sucre vermist raken.

Michael recebe novidades inacreditáveis quando procura vingar a morte de Sara. Entretanto, T-Bag é abandonado no México durante o seu voo para a liberdade.

Michael carrega Gretchen/Susan, Whistler e Mahone para Los Angeles. O caos impera em SONA quando T-Bag, Bellick e Sucre desaparecem. Lincoln e L.J. continuam com Sofia.

Michael venga la muerte de Sara, pero recibe una noticia inesperada. Michael y Lincoln reciben una oferta.

Michael nhận được tin không thể tin được khi anh tìm cách trả thù cho cái chết của Sara. Trong khi đó, T-Bag bị bỏ lại một mình ở Mexico trong chuyến bay đến với tự do.