パナマで逮捕されたマイケルは刑務官のいない“SONA”に収容される。出入り口が厳重に管理された建物は、24時間の監視付きで囚人だけで社会が構成されている特殊な場所だった。

謎の人物スーザンにLJとサラを人質にとられたマイケルとリンカーン。やむなく脱獄の条件であるウィスラーという人物についてたずねると、SONAの囚人皆がさがしていることをマイケルは知る。パナマ市長の息子を殺したためウィスラーを殺した囚人は釈放、という条件があるという。

ホテルのドアに差し込まれた封筒を見つけたリンカーン。そこにはその日の新聞を持ったサラとLJが写っていた。彼女の安全を確認するため、と偽ってサラとの電話を手配させたマイケルは暗号を使って会話し、サラの監禁場所を突き止める。

SONAの周りに張り巡らされている「高電圧」の札がかかるフェンスに、実際には電流が流れていないことを知ったマイケル。所内を停電にみせかけ、修理が必要な状況をつくる。特別に許可をもらって塀の外の電線を修理したマイケルは、本当に電流が流れるように修理する。

見張りが厳しい夜間ではなく、午後の時間帯を脱獄に選んだマイケルは双眼鏡を手に入れ監視塔の監視員を観察し始める。彼らが隙を見せる瞬間を見極めフェンスの穴をくぐろうという計画だ。しかし、双眼鏡のレンズが反射したのを見咎めた監視員から威嚇射撃を受ける。

脱獄決行は午後3時13分。マイケルは真昼間に行動することを決断する。サッカーの試合が始まり囚人が全員中庭へ行く時に、監視員も眠らせる計画だった。

マイケルがウィスラーに決闘を申し込んだ! が、実はこれは、囚人達を中庭にひきつけておいてその間に脱獄する為の作戦だった。荷物整理のフリをして房に戻ると用意していたはしごで外へと出るのだが……。

脱獄騒ぎのせいでSONAではすべての窓格子が強化された。新たに脱獄メンバーに加わったルチェロの手引きで、秘密の地下トンネルの存在を知ったマイケルはそこから地上へ穴を掘って脱出する計画を思いつく。

いつまでもマイケルに甘い対応を見せるボス、ルチェロに業を煮やしたサミーはついに反旗を翻す。新しいボスの座に着いたサミーは、さっそく囚人達に向かってマイケルと引き換えにラム一箱を渡すと宣言する。

突然の大雨で、脱出用のトンネルが陥没寸前になってしまった！　急遽今夜の決行に向け急ピッチで作業を進めるようにマイケルは指示する。マイケルたちが脱獄を企てていると感づいたマクグレディは仲間に入れて欲しいと懇願する。

いよいよ、決行の時。予定通り敷地内が停電すると、ルチェロ、ティーバッグ、ベリックは我先にと脱出用の穴から飛び出しフェンスをめがけて走り出した。しかし、発電機が作動し電力はあっという間に回復、3人は捕まってしまう。

無事にSONAの外へ脱出したマイケルだったが、ウィスラーが組織の関係者であることを確信すると人質にする。LJとの人質交換にスーザンを博物館に呼び出すのだが……。