În penitenciarul Sona, Michael se pune rău cu regele închisorii. Căutarea Sarei de către Lincoln are repercusiuni grave.

Michael încearcă să îl apere pe James Whistler, coleg de suferință, care îi poate deschide calea către libertate lui Michael. Între timp, Lincoln o verifică pe Sofia.

Mahone începe să aibă halucinații, iar T-Bag urcă în ierarhia închisorii. Michael pune în mișcare planul de evadare.

Michael încearcă să evadeze ca la carte. În penitenciar sosește un nou deținut care ar putea ști câte ceva despre trecutul lui Whistler.

Whistler e acuzat de crimă exact înainte de evadare. Mahone primește o ofertă mai bună, iar Lincoln și Sofia trebuie să-l adoarmă pe gardian.

Loialitatea nu e eternă, iar Michael și Whistler sunt nevoiți să lupte până la moarte. Puterea lui Lechero este compromisă.

Susan face o încercare disperată de a-l scoate pe Whistler din Sona cât mai curând, iar planul îi face pe toți ceilalți dispensabili.

Noul director de la Sona îl bagă pe Michael la carceră, însă îi oferă și o rază de speranță. Mahone și T-Bag se alătură grupului care vrea să evadeze prin tunel.

Michael, Mahone, Whistler și Lechero încearcă să scape prin tunel. Sofia descoperă un portofel ascuns în geanta lui Whistler.

Michael aduce ultimele retușuri planului de evadare, însă camarazii săi încep să dea înapoi. Whistler ia în calcul o trădare când Sofia este amenințată.

Michael, Whistler și McGrady evadează din închisoare, însă planul ia o turnură proastă, iar schimbul este compromis.

În finalul sezonului al treilea, LJ și Whistler sunt schimbați, însă surprizele se țin lanț. Uneltirile lui T-Bag dau în sfârșit roade.