Preso em SONA, Michael luta pela sua sobrevivência. Entretanto, a procura de Lincoln por Sara tem graves repercussões.

Michael chega a uma série de impasses, mas sabe mais sobre Whistler, que lhe conta a verdade. Entretanto, Lincoln tenta resgatar Sara e LJ.

Mahone começa a alucinar e T-Bag continua a subir na hierarquia da prisão. Michael dá início a um plano de fuga.

Michael tenta levar a cabo uma fuga bem sucedida. Entretanto, chega um novo prisioneiro que pode saber algo sobre o passado de Whistler.

Whistler é acusado de homicídio mesmo antes da fuga. Mais tarde, Mahone recebe uma proposta melhor, e Lincoln e Sofia têm de drogar o guarda.

As lealdades são postas em causa quando Michael e Whistler são obrigados a lutar até à morte. Entretanto, o poder de Lechero fica comprometido.

Susan faz um esforço derradeiro para tirar Whistler de SONA imediatamente, e o seu plano torna todos os outros dispensáveis.

O novo diretor de Sona coloca Michael na solitária mas acaba por lhe dar esperança. Mais tarde, Mahone e T-Bag juntam-se ao grupo de fuga pelo túnel.

Michael, Mahone, Whistler e Lechero tentam fugir através do túnel. Entretanto, Sofia descobre uma carteira escondida na mala de Whistler.

Enquanto Michael finaliza o plano de fuga, os seus companheiros viram-se contra ele. Entretanto, Whistler pondera uma traição quando Sofia é ameaçada.

Michael, Whistler e McGrady fogem de Sona, mas nem tudo corre como planeado e a troca fica comprometida.

Com a terceira temporada a terminar, faz-se a troca entre LJ e Whistler, mas há mais surpresas. Entretanto, T-Bag tem finalmente de ajustar contas.