Dopo un inseguimento, i fratelli riescono a catturare James e combinare lo scambio in un museo locale, un posto pubblico e dotato di metal detector. Sucre intanto continua ad essere torturato ma non tradisce l'amico neanche davanti alle minacce di morte. T-Bag truffa Lechero facendogli credere di poter corrompere una guardia per farli evadere da Sona ma in realtà lo soffoca con un cuscino, con la promessa di Lechero di farlo in fretta. Prima di venire ucciso, Lechero accetta e si fa consegnare dei soldi dalla prostituta che lo visitava in carcere, ed a cui T-Bag si era affezionato, donandone una parte ai detenuti di Sona come dono per diventarne, indirettamente, il nuovo capo. Sucre, dopo aver ricevuto una telefonata da Michael a cui dice addio di fronte alle guardie, viene richiuso nel carcere di Sona. Il piano di Michael riesce ed I fratelli riabbracciano LJ mentre Sofia, venuta a conoscenza dell'inesistenza delle fantomatiche coordinate, abbandona Whistler aggregandosi a Lincoln; Per uscire dal museo senza venire uccisi, Michael fa scattare l'allarme nascondendo dei souvenir nella tasca di Whistler che, una volta perquisito, viene fermato dalle guardie. Susan, stanca delle perdite di tempo, ordina ai suoi uomini di eliminare le guardie, dando vita così ad una sparatoria in cui l'unica a rimanere ferita è Sofia. Michael è pronto ad eliminare Susan sparandole alle spalle ma viene anticipato da una guardia che, sparando al suo furgone, la fa fuggire assieme a Whistler. Mahone si rilassa in un bar proprio di fronte ad una banca. Luis, ovvero McGrady, grazie ad uno stratagemma del padre, riesce a riabbracciare la sua famiglia in Colombia, dove viene accolto con una grande festa. Sofia viene portata in ospedale dove viene medicata senza problemi e riferisce a Michael di una valigetta di Whistler nel suo appartamento; Michael vi si reca immediatamente trovando dei documenti di un certo Jason Lief, residente a Scottsdale Arizona. Lincoln tenta di dissuadere il fratello dal vendicarsi di Susan ma l'uomo ha già deciso ed i due si separano, con Michael diretto ad uccidere la donna e Lincoln dedito a curare Sofia. Bellick e Sucre sono distrutti dall'essere stati incarcerati a Sona e soprattutto il portoricano in quanto sa di non poter mai più rivedere la sua donna. Mahone viene raggiunto al bar da Whistler a cui si allea nel suo progetto con Susan, avvertendolo della sicura vendetta di Michael.

Michael and Lincoln are left with no choice but to hand Whistler over in exchange to save LJ and Sofia. A familiar face enters Sona while another inmate leaves.

Майк и Линк са на път за срещата си в Панама със Сюзън, но без Уистлър. Махоун чака за назначение в Панамската кръчма. Сукре завършва в "Сона", за разлика от МакГрейди, който не се връща там.Стар познат ще се появи в епизода.

Michael und Lincoln haben keine andere Wahl, als Whistler zu übergeben, um LJ und Sofia zu retten. Ein vertrautes Gesicht kommt nach Sona, während ein anderer Häftling geht.

LJ og Whistler bliver endelig udvekslet, men der er flere overraskelser i vente. T-bags planer giver endelig pote.

Tegen het einde van het derde seizoen worden LJ en Whistler uitgewisseld, maar meer verrassingen volgen. Ondertussen begint T-Bags gekonkel zijn vruchten af te werpen.

Egy ismerős arc a Sona rabja lesz, míg egy másik örökre eltűnik. Michael és Lincoln elfogják, majd kicserélik Whistlert LJ-re, ám Gretchen emberei lövöldözni kezdenek és Sofia megsebesül. Mahone Whistler és Gretchen szolgálatába áll. Michael elindul, hogy bosszút álljon Saráért.

Mùa ba kết thúc với việc LJ và Whistler được trao đổi, nhưng còn nhiều bất ngờ hơn đang chờ đón. Trong khi đó, âm mưu của T-Bag cuối cùng cũng được đền đáp.

Καθώς η τρίτη σεζόν πλησιάζει προς το τέλος, η ανταλλαγή του Ελ Τζέι και του Γουίστλερ ολοκληρώνεται με εκπλήξεις. Το σχέδιο του Τι-Μπαγκ τελικά αποδίδει καρπούς.

無事にSONAの外へ脱出したマイケルだったが、ウィスラーが組織の関係者であることを確信すると人質にする。LJとの人質交換にスーザンを博物館に呼び出すのだが……。

为了救LJ和索非亚的命，迈克尔和林肯必须将惠斯勒交给苏珊。马宏抓住了千载难逢的机会； T-Bag在索纳展示了谁才是老大；熟悉的面孔回到索纳，而另一人则被装进尸体袋而离开。

LJ y Whistler son intercambiados, pero abundan más sorpresas. T-Bag se convierte en el nuevo jefe de Sona.

בפרק סיום העונה, מייקל ולינק תופסים את ויסלר ומשנים את מקום הפגישה עם סוזן. הסוהרים מענים את סוכרה ומנסים להוציא ממנו מידע בנוגע למיקומו של מייקל. טי-באג מנסה לנצל את מצבו של לוצ'רו.

Michael i Lincoln wymieniają Whistlera na LJ-a i Sofię. W Sonie zostaje zamordowany Lechero. Władzę w więzieniu przejmuje T-Bag. Mahone otrzymuje zaskakującą propozycję. Do panamskiego zakładu trafia Sucre.

Com a terceira temporada a terminar, faz-se a troca entre LJ e Whistler, mas há mais surpresas. Entretanto, T-Bag tem finalmente de ajustar contas.

Michael e Lincoln devem entregar Whistler para salvar a vida de LJ e Sofia. Mahone aproveita uma grande oportunidade. T-Bag vira o novo chefe de Sona. Um novo rosto entra em Sona e outro sai sem vida.

Whistler nechce být předán mafiánům, ukradne auto a ujíždí pryč. Po krátké honičce se ...

Parmi les rebondissements du dernier épisode de la troisième saison, L.J. et Whistler sont échangés, et les machinations de T-Bag finissent par porter leurs fruits.

LJ와 소피아, 휘슬러를 서로 맞바꾸기로 한 마이클 일행과 수잔은 고고학 박물관에서 인질 교환을 한 후, 경보 장치를 울려 무사히 그곳을 빠져나가지만, 소피아는 휘슬러의 실체를 알게 되고 건물 밖에서의 총격으로 총상까지 입는다. 한편 티백은 부상 당한 루체로를 속여 거금 5만 달러를 챙긴 뒤 루체로를 살해한다.

În finalul sezonului al treilea, LJ și Whistler sunt schimbați, însă surprizele se țin lanț. Uneltirile lui T-Bag dau în sfârșit roade.

Майкл догоняет Уистлера. Майкл назначает встречу с Гретхен в людном месте, но не для обмена, а для того чтобы убедиться что София и Эл-Джей живы. Следующая встреча проходит в фойе музея античности, на входе которого стоят металлодетекторы. Обмен состоялся. При выходе Софию ранят. Сукре пытают чтобы выяснить где Майкл Скофилд и после этого сажают в «Сону». Там Ти-Бэг с помощью Лечеро и его подруги достает деньги, а затем убивает Лечеро, захватывая власть в «Соне». София сказала, что у неё дома под кроватью есть кое-что, связанное с Уистлером. Майкл решает добраться до Уистлера.

När tredje säsongen går mot sitt slut sker en utväxling mellan LJ och Whistler, men fler överraskningar väntar strax. Samtidigt ger T-Bags intrigerande lön för mödan.