Tại nhà tù Sona, Michael chống lại luật lệ của trùm tội phạm trong tù. Ở một diễn biến khác, việc tìm kiếm Sara của Lincoln có kết quả thật kinh khủng.

Michael cố gắng bảo đảm sự an toàn của gã bạn tù James Whistler, người nắm giữ chìa khóa cho sự tự do của Michael. Trong khi đó, Lincoln điều tra Sofia.

Michael thấy trước mắt toàn là ngõ cụt nhưng tìm hiểu thêm được nhiều điều về Whistler, người nói với Michael sự thật. Trong khi đó, Lincoln cố gắng giải cứu Sara và LJ.

Khi Mahone bắt đầu gặp ảo giác và T-Bag leo lên vị trí cao hơn trong nhà tù, Michael bắt đầu thực hiện kế hoạch vượt ngục.

Michael cố gắng thực hiện một cuộc vượt ngục thành công. Trong khi đó, một tù nhân mới đến có thể biết điều gì đó về quá khứ của Whistler.

Whistler bị buộc tội giết người ngay trước cuộc vượt ngục. Sau đó, Mahone được đề nghị một thỏa thuận tốt hơn còn Lincoln và Sofia phải chuốc thuốc gã lính canh.

Lòng dạ thay đổi rất nhiều khi Michael và Whistler bị buộc phải chiến đấu đến chết. Trong khi đó, sức mạnh của Lechero bị tổn hại.

Susan thực hiện nỗ lực một mất một còn để đưa Whistler ra khỏi Sona ngay lập tức – và kế hoạch này khiến mọi người khác phải thí mạng.

Một cai ngục mới ở Sona tống Michael vào khu biệt giam nhưng cuối cùng lại mang đến cho anh hy vọng. Sau đó, Mahone và T-Bag tham gia vào nhóm vượt ngục qua đường hầm.

Michael, Mahone, Whistler và Lechero cố gắng tẩu thoát qua đường hầm. Trong khi đó, Sofia phát hiện ra một chiếc ví được giấu trong túi của Whistler.

Michael, Whistler và McGrady trốn thoát khỏi Sona – nhưng không phải mọi thứ đều diễn ra theo kế hoạch, và vụ trao đổi có nguy cơ xôi hỏng bỏng không.

Mùa ba kết thúc với việc LJ và Whistler được trao đổi, nhưng còn nhiều bất ngờ hơn đang chờ đón. Trong khi đó, âm mưu của T-Bag cuối cùng cũng được đền đáp.