Michael kämpar för att överleva i Sona-fängelset där han kommit i lag med fängelsets Kingpin, Lechero, och Lincolns sökande efter Sara får förfärliga konsekvenser.

Michael försöker se till att Whistler är trygg och Lincoln utreder Sofia.

Michael kör fast, men får mer information av Whistler, som berättar allt. Lincoln försöker rädda Sara och LJ.

När Mahone börjar hallucinera och T-Bag stiger allt högre i fängelsehierarkin, sätter Michael sin plan i verket.

Michaels flyktplan fungerar nästan, men allt går fel i sista ögonblicket. Samtidigt anländer en ny fånge som kanske sitter på information om Whistlers bakgrund.

Precis innan flykten anklagas Whistler för mord. Lite senare får Mahone ett bättre erbjudande och Lincoln och Sofia tvingas droga vakten.

Det myllrar av sviktande lojaliteter när Michael och Whistler tvingas till en kamp på liv och död, och även Lecheros makt är i fara.

Susan gör ett sista försök att få ut Whistler från Sona omedelbart, en plan som gör alla andra utbytbara.

En ny vakt sätter Michael i isolering, men ger honom också något att hoppas på. Senare ansluter Mahone och T-Bag sig till rymningsgruppen.

När Michael lägger sista handen vid flyktplanen, börjar hans kamrater vända sig emot honom. Whistler överväger ett svek när Sofia blir hotad.

Michael, Whistler och McGrady rymmer från Sona – men allt går inte enligt planerna och utväxlingen äventyras.

När tredje säsongen går mot sitt slut sker en utväxling mellan LJ och Whistler, men fler överraskningar väntar strax. Samtidigt ger T-Bags intrigerande lön för mödan.