Michael kæmper for overlevelse i Sona-fængslet, da han kommer på kant med fængslets herre, Lechero. Lincolns søgen efter Sara får store konsekvenser.

Michael forsøger at beskytte Whistler, og Lincoln efterforsker Sophia.

Michael forfølger en masse døde spor, men lærer mere om Whistler, og Lincoln forsøger at redde Sara og LJ.

Da Mahone begynder at hallucinere, og T-Bag stiger i graderne i fængslets hierarki, sætter Michael gang i sin flugtplan.

Michaels flugtplan virker fint, men bliver ødelagt i sidste øjeblik. En ny indsat kender noget til Whistlers fortid, og T-Bag mister status hos Lechero, da han forsvarer Søster Mary Francis.

Whistler bliver anklaget for mord umiddelbart før flugten, Mahone får et godt tilbud, og Lincoln og Sofia bliver nødt til at bedøve vagten.

Michael og Whistler bliver tvunget til at kæmpe til døden. Lecheros magt bliver undermineret. Lincoln og Sofia prøver at redde deres kære, og Susans mystiske arbejdsgiver bliver afsløret.

Susan gør et sidste forsøg på at få Whistler ud fra Sona, og planen bringer alle andre i fare.

En ny fængselsbetjent i Sona sender Michael i isolation, men ender alligevel med at give ham håb.

Mens Michael lægger sidste hånd på flugtplanen, begynder hans flugtgruppe at vende sig mod ham, og da Sofia bliver truet, begynder Whistler at overveje forræderi.

Michael, Whistler og McGrady flygter fra Sona, men ikke alt går efter planen, og udvekslingen kommer i fare.

LJ og Whistler bliver endelig udvekslet, men der er flere overraskelser i vente. T-bags planer giver endelig pote.