Michael, Lincoln, Sucre, C-Note und Abruzzi sind noch immer auf der Flucht vor der Polizei, allerdings gelingt es ihnen zu entkommen und die Polizei auf eine falsche Fährte zu führen. Veronica allerdings hat weniger Glück, denn obwohl sie Terrence Steadman gefunden hat, wird sie keine Gelegenheit mehr haben, es zu beweisen.

Lincoln will LJ auf jeden Fall aus der Untersuchungshaft holen, was Michael nicht gerade in Begeisterungsstürme versetzt. Während die anderen Flüchtlinge sich alle ihren eigenen Weg nach Utah suchen, werden Warden Pope und Brad Bellick verhört.

Bellick hat einen neuen Verbündeten, während C-Note und Sucre alles riskieren, um wieder mit ihren Familien zusammen zu sein. Michael und Lincoln bekommen immer mehr Probleme auf ihrer Flucht vor Mahone.

Bevor er nach Italien fliehen will, beschließt Abruzzi ein letzten Mal auf Fibonacci zu treffen. T-Bag fährt derweil als Anhalter bei einem Mann und seiner kleinen Tochter mit und verfällt in alte Gewohnheiten.

Michael und Lincoln wollen die Double K Ranch finden, auf der Westmoreland seine Millionen versteckt hat, während Sucre sich nach Las Vegas aufmacht, um zu verhindern, dass Maricruz Hector heiratet. Derweil erhält Mahone ein wichtiges Paket.

Mahone interessiert sich für die Geschichte von DB Cooper, während Sucre auf einen alten Bekannten trifft. Unterdessen ziehen Michael und die anderen in Utah von Haus zu Haus und versuchen, Westmorlands Geld aufzustöbern.

Lincoln verlässt Michael, um in Arizona nach LJ zu suchen, während sein Bruder zusammen mit Sucre, C-Note und T-Bag endlich Westmorelands Geld findet. Sara und ihr Vater werden unterdessen Zielscheibe der "Company", während Mahone alles versucht, um von Tweener die Wahrheit zu erfahren.

Sucre versucht, sich das gesamte Geld unter den Nagel zu reißen, trifft dabei aber auf ungeahnte Probleme, während Mahone von der Aufsichtsbehörde für innere Angelegenheiten zu Tweeners Tod befragt wird. Unterdessen nehmen Bellick und seine Partner die Suche nach den ehemaligen Insassen wieder auf.

Michael macht eine Entdeckung bezüglich Mahone, während Sara seine codierten Nachrichten endlich entschlüsseln kann. Leider gelingt dies auch Kellerman und Mahone. Unterdessen muss sich C-Notes Frau zwischen ihrem Ehemann und ihrer Tochter entscheiden.

Michael und Sara treffen sich in New Mexico wieder, doch sowohl Hellerman als auch Mahone sind ihnen dicht auf den Fersen. Während Lincoln auf der Fahrt mit LJ auf seinen Vater trifft, versucht Sucre Maricruz in Nebraska zu erreichen. Bellick und Geary haben derweil T-Bag aufgespürt und foltern ihn.

Lincoln beschließt, LJ wieder zu verlassen, während T-Bag entkommen kann und sich nun an Geary rächen will. Unterdessen treffen Kellerman und Sara aufeinander, während Mahone das Bolshoi Booze ausfindig machen kann. Michael hat derweil Probleme mit seinem Fluchtplan.

Michael erkennt seinen Vater wieder, obwohl er diesen eigentlich noch nie gesehen hat. C-Note und seine Frau müssen derweil Medikamente für ihre Tochter besorgen und Bellick wird des Mordes beschuldigt.

Michael und Lincoln werden festgenommen. Mahone bekommt den Auftrag die beiden zu töten, bevor sie mit dem Transporter in River Fox ankommen. Da er es alleine nicht schaffen könnte, wird auch Kellerman dieser Auftrag gegeben.

Michael, Lincoln und Kellerman begeben sich nach Montana, um Terrence Steadman zu finden, während Bellick Ärger mit den Gefangenen in Fox River bekommt. C-Note setzt seine Reise alleine mit seiner Tochter fort, während T-Bag die Hollender-Familie infiltriert.

Lincoln und Michael haben sich, mit Hilfe eines Kameramannes, den sie entführt haben, an die Öffentlichkeit gewandt. Dort nehmen sie Stellung zu den Anschuldigungen, die gegen sie gemacht worden sind, und Michael wendet sich an Sarah und gibt ihr eine verschlüsselte Botschaft.

C-Note gerät in einen bewaffneten Raubüberfall, während Michael, Lincoln und Kellerman der Verschwörung mit Hilfe von Sara immer mehr auf die Spur kommen. Unterdessen findet Mahone in Bellick einen neuen Verbündeten. Zusammen treiben sie Haywire in die Ecke.

C-Notes Tochter schwebt in Lebensgefahr und er sieht nur noch einen Ausweg, um ihr Leben zu retten. Michael kontaktiert währenddessen den ehemaligen Gefängnisdirektor Pope, um seine Hilfe zu bekommen.

Lincoln, Michael und Sara finden die Beweise, mit denen sie die Verschwörung endlich beweisen können, während Kellerman sich darauf vorbereitet, den Präsidenten aus dem Verkehr zu ziehen. T-Bag stiehlt unterdessen die Identität eines Psychiaters, während Bellick sich nach Mexico aufmacht, um Sucre zu finden.

Michael schafft es zur Präsidentin vorzudringen und er verlangt von ihr, Lincoln zu entlasten. Mahone hat derweil Sara aufgespürt und C-Notes Selbstmordversuch wurde verhindert.

Sara wird vom FBI verfolgt und beschließt sich selbst zu opfern, um Lincoln und Michael zu retten. Währenddessen ist Sucre gezwungen mit Bellick zusammen zu arbeiten und T-Bag hat die fünf Millionen in seinen Besitz gebracht.

Als Michael in Panama City eintrifft, wird ihm klar, dass Sucre ihn nie kontaktiert hat. Er willigt jedoch ein, gemeinsam mit ihm und Bellick zu arbeiten, um Maricruz zu retten.

Kellerman sagt im Prozess gegen Sara aus. Dadurch wird nicht nur sie, sondern auch Lincoln freigesprochen. Michael geht derweil einen Deal mit Mahone ein, um Lincoln zu retten und läuft dabei direkt in eine Falle.