Firardan 8 saat sonra Michael, Lincoln, Sucre, C-Note ve Abruzzi Oswego'ya doğru yoldayken FBI Özel Ajanı Alexander Mahone firarileri arama grubunun başına getirilmiştir. T-Bag kopan eli için gereken yardımı bulur.

Ajan Mahone yakalanan L.J.'i hedef göstererek tuzak kurma planları yaparken Michael ve Lincoln başka kaçış planları peşindedirler. Abruzzi, C-Note, ve Sucre tek başlarına kaçmaya çalışırken, Tweener bunun için gereken arabayı bulmuştur bile. Diğer yandan Bellick ve Pope firardan dolayı soruşturma geçirirler.

Michael ve Lincoln, için Nika yardıma gider. Sucre Maricruz' u ararken, C-Note takip edilmesine rağmen ailesine kavuşur. Sara, kaçışa yardım ettiği düşünüldüğünden tutuklanır.Bellick ve Geary, kaçakların üzerine konan ödülün peşine düşerler.

Bellick ve Geary; Michael, Lincoln ve Nika' yı yakalarlar. Abruzzi Fibonacci'den intikamını almakta kararlıdır ama Mahone'un gözü Abruzzi'nin üstündedir. Kellerman Sara'ya yaklaşarak takibe alır. Diğer yandan, T-Bag bir yabancıdan yardım alır. Sekiz suçludan biri ele geçirilir.

Mahone, D.B. Cooper'ın saklı hazinesi ile ilgilenirken Michael ve Lincoln Westmoreland'ın sakladığı paraları gömdüğü Utah'daki Double K ranch çiftliğini bulabilmek için diğerleri ile yarışırlar. Sucre Las Vegas' da olacak olan Maricruz'un düğününü engellemekte kararlıdır.

Michael, Lincoln, T-Bag ve Tweener Westmoreland'in parasını ararlar, bu sırada da Ajan Mahone onlara iyice yaklaşmıştır. Haywire, Winconsin'de ortaya çıkar. Vali Tancredi ise Beyaz Saray'da Kellerman'ı görür.

Lincoln, oğlu LJ'i Arizona'da aramak için Michael'dan ayrılır. Michael, C-Note, Sucre ve T-Bag; Westmoreland'in parasının yerini bulmuşlardır. Sara ve babası, "Şirket" tarafından hedef olarak seçilirler. Mahone, Tweener ile anlaşma yapmaya çalışır.

Kaçaklar tekrar ayrılırlar. Mahone ise Abruzzi ve Tweener'ın ölümüyle ilgili sorguya çekilir. Lincoln, LJ'i bulmak için Arizona'ya gider. Sara "Şirket"in saldırısına uğrar. Bellick ve Geary takibe devam ederler.

Kardeşler buluşmaya giderlerken diğer kaçaklar da sevdikleriyle buluşmaya çalışırlar. Michael ise Mahone hakkında bazı keşifler yapar. Sara, Michael'ın şifreli mesajını çözer. Ancak aynı mesajı Kellerman ve Mahone da çözmüştür.

Michael ve Sara New Mexico'da buluştukları sırada Mahone çıkagelir. Lincoln ve LJ polisten kurtulurken, Sucre, Nebraska'dan Maricruz'a telefonla ulaşmaya çalışaktadır. Bellick ve Geary ise T-Bag'e işkence etmektedirler.

Michael'ın, kaçış uçağını sağlama alabilmesi için coyote çetesini punduna getirmesi gereklidir bu esnada Lincoln ile LJ' tekrar ayrılırlar. T-Bag kaçmayı başarır ve Geary'yi bulur. Mahone'nun Bolshoi Booze'un anlamını çözdüğü sırada, Kellerman, Sara'ya işkence yapmaktadır.

Mahone, Micheal'ın kaçacağı uçağı araştırken Michael babasıyla bir araya gelir. Sara, Kellerman'ın elinden kurtulur. Kellerman, bu yüzden Ajan Kim'in gazabına uğrar. C-Note risk alarak halkın arasına karışır. Bellick kendini Roy Geary cinayetinin içinde bulur.

T-Bag, Susan'ın kaldığı yeri aramaya devam eder. Michael ve Lincoln, sınırda tutuklandıktan sonra ulusal güvenlik birimlerince Fox River'a geri yollanmak üzere nezarete alınırken, Bellick de aynı yere bu defa bir mahkûm olarak döner. Sucre kaçış uçağından paraşütle atlamak zorunda kalır. Kellerman bir plan tasarlamaktadır.

Michael, Lincoln ve Kellerman, Terrence Steadman'ı bulmak için Montana'ya gider. Bellick'in başı diğer Fox River mahkûmlarıyla belaya girer. C-Note yolculuğuna kızıyla birlikte tek başına devam eder ve T-Bag, Hollander ailesinin evine baskın yapar.

Michael, Lincoln ve Kellerman; Sara'ya televizyon yayını vasıtasıyla mesaj yollamak için bir kameramanı kaçırırlar. Bellick revire gönderilir. Haywire, iki gence bira satın alır. Bu esnada Sucre Meksika'da bir araba çalar.

Michael ve Sara, Lincoln ve Kellerman ile Chicago'ya doğru gittikleri trenin içinde sıcak anlar yaşarlar. T-Bag ziyaretçilerden ötürü Hollander ailesini taşınmaya zorlar. Bir kaçak daha alaşağı edilir.

Michael, Lincoln ve Sara en sonunda komployu ifşa edecek kanıtı ele geçirir. Mahone, kaçaklardan birini, Lincoln ve Michael'ı ortaya çıkarması için zorlar. T-Bag bir psikiyatristi ziyaret eder. Bellick Meksika'ya gider. Kellerman'ın namlusunun ucunda Birleşik Devletler başkanı vardır.

Micheal Birleşik Devletler başkanının gizli sırlarını ortaya çıkaran ses kaydını yayımlatmaya kararlıdır. Bu esnada Mahone Sara'yı bulur. Bellick ce Sucre, T-Bag'i yakalamak için iş birliği yaparlar.

Michael ve Lincoln, Chicago'dan bir yük gemisine binerek Panama'ya doğru yola çıkarlar ama Sara maalesef bu gemiye binemez. C-Note, Mahone'un aleyhinde tanıklık etmek üzere FBI ile anlaşma yapar. Bellick ve Sucre, Meksika'da T-Bag'i enselemek ve 5 Milyon doları ele geçirmek için isteksizce partner olurlar

Michael, Bellick ve Sucre; her biri farklı amaçlı üç kişi, T-Bag'i yakalamak için seferber olurlar. Bu esnada Lincoln ve Mahone hesaplaşırlar. Sara Chicago'da duruşmaya çıkarken Kellerman kendi kaderini belirler.

Michael Lincoln'ü Mahone'un elinden kurtaracak hamlenin peşindedir. Sucre Maricruz'u bulup kurtarma telaşı içindedir. Bellick ve T-Bag arasında yüzleşme gerçekleşir