Oito horas se passaram desde a fuga, Michael, Lincoln, Sucre, C-Note e Abruzzi ainda tenta despistar os policiais. Bellick é obrigado a renunciar ao comando das buscas, quando o Agente Especial do FBI Alexander Mahone tem uma abordagem engenhosa e faz Michael parecer um fugitivo perigoso, e assim assume o comando das buscas. Como resultado da overdose, Dr. Tancredi está em condições críticas.

Mahone usa LJ como isco para apanhar Lincoln e Michael. Mais tarde, uma desesperada operação de resgate na cadeia coloca os irmãos cara a cara com o homem que os persegue.

O bem mais precioso de Michael cai nas mãos de Mahone. Entretanto, Bellick arranja um parceiro para ajudar a levar os fugitivos novamente para a prisão.

Bellick captura Michael e a sua equipa, mas não é a recompensa da polícia o que ele quer. Entretanto, T-Bag escapa à risca à polícia no Nebraska.

Os irmãos chegam finalmente a Utah, mas descobrem que não estão sozinhos. Entretanto, a incauta Sara convida Kellerman a ir ao seu apartamento.

Com os milhões enterrados algures sob uma urbanização, Michael tem de conseguir que T-Bag se lembre do mapa enquanto Mahone se aproxima da sua presa.

Os fugitivos encontram o tesouro, mas Sucre tem outros planos. Lincoln arrisca tudo para ir buscar LJ e Sara acaba na lista negra da Companhia.

Sem dinheiro e com a polícia a aproximar-se, a única hipótese de fuga para Michael e Sucre é atravessar o rio. Mas a água oculta uma armadilha mortal.

Michael visita a ex-mulher de Mahone e deduz o terrível segredo do agente. Enquanto isso, Kellerman vai no encalço de Sara.

Enquanto Bellick tenta convencer T-Bag a revelar o seu segredo, à força, Michael e Sara voltam a juntar-se, mas a união é interrompida por Mahone.

Para voltar a ver Michael, Lincoln tem de deixar LJ para trás. Entretanto, T-Bag foge à polícia, mas paga um preço alto. Kellerman tortura Sara.

C-Note procura cuidados médicos para a sua filha. Bellick torna-se o centro de uma investigação. Aldo faz as pazes com Michael, mas paga o derradeiro preço.

Michael e Lincoln estão a caminho de Fox River, mas Mahone e Kellerman fazem tudo o que lhes é possível para garantirem que os irmãos estão mortos à chegada.

Kellerman coloca Michael e Lincoln frente a frente com Steadman, mas os seus planos são revelados. Entretanto, Bellick cruza-se com o prisioneiro errado em Fox River.

Em fuga com Kellerman, Michael e Lincoln revelam a sua história na televisão, e Michael faz chegar uma mensagem codificada a Sara.

Durante o assalto a um restaurante, C-Note tem de pesar a saúde da sua filha e a vida de uma empregada. Enquanto isso, Kellerman resolve o enigma da chave de Sara.

Michael, Lincoln e Sara ouvem finalmente a prova que pode libertar Lincoln, mas vão precisar de outro aliado no interior para que a verdade seja revelada.

Michael finalmente vê-se frente a frente com o presidente. Entretanto, é dada uma hipótese a C-Note mas apenas se ele trair Mahone.

Com os irmãos a caminho da liberdade, Sara é obrigada a sacrificar-se para garantir a sua segurança.

Michael está determinado em conseguir os 5 milhões de dólares para acabar com o reinado de terror de T-Bag. Entretanto, Sara vai a julgamento.

Michael tenta salvar Lincoln e ele próprio da armadilha de Mahone. Uma testemunha surpresa no julgamento de Sara provoca uma reviravolta. Sucre coloca a vida em risco para encontrar Maricruz. T-Bag escolhe o lado errado.