Агент ФБР Александр Махоун руководит поисками сбежавшей восьмерки и через ТВ объявляет беглецов самыми разыскиваемыми преступниками США. Следуя татуированному плану Майкла, беглецы извлекают из пустой могилы документы и одежду. Беллик и Махоун следуют за ними по пятам, им тоже удалось разгадать следующий шаг Майкла. Сара пришла в себя после передозировки наркотиков, она подозревается в помощи беглецам. Вероника нашла на ранчо в Монтане живого Стедмана Теренса (в убийстве которого обвиняют Линкольна), она вызывает полицию, но приезжают агенты Компании и убивают её. Ти-Бэг находит ветеринара и заставляет его пришить ему отрубленную руку.

Майкл и Линкольн пытаются освободить Эл-Джея прямо в здании суда, но Махоуну удаётся помешать им. Сукре, Абруцци и Си-Ноут уходят своими дорогами. Беллика выгоняют со службы после показаний Гэри. Начальник Поуп в знак протеста подаёт в отставку. Ти-Бэг убивает ветеринара. Тем временем, Изгой присоединяется к студентке колледжа, направляющейся на весенние каникулы в Юту.

Майкл инсценирует собственную смерть и смерть брата, использовав очередной фрагмент своей татуировки и обращается за помощью к своей жене Нике. Сару арестовывают по обвинению в содействии побегу. Сукре, узнав о свадьбе Марикруз с Гектором, мчится домой… и узнает, что свадьба будет в Вегасе. Си-Ноут отправляется на встречу со своей семьей. Беллик и Гэри отправляются на охоту за беглецами.

Беллику и Гэри удаётся поймать Майкла, Линкольна и Нику. Келлерман присматривает за Сарой, которая получает долгожданный звонок. После встречи с семьей, Абруцци решает отомстить Фибонначи, ещё не зная, что его подставили. Махоун хладнокровно убивает Абруцци, как оказавшего сопротивление при аресте.

Махоун заинтересовался украденными миллионами Д. Б. Купера и пускается в погоню за Майклом и Линкольном в Юту. Сукре едет в Лас-Вегас, чтобы помешать свадьбе Мэрикруз. Братья пытаются раздобыть старый план застройки города, чтобы узнать место нахождение ранчо K&K и натыкаются на Изгоя и Ти-Бэга, которые тоже ищут деньги Вестморленда. Чтобы остаться в «команде», Ти-Бэг съедает карту, оставив её в своей фотографической памяти.

Майкл, Линкольн, Ти-Бэг и Изгой, чтобы проникнуть в дом под которым закопаны деньги Весморланда, представляются рабочими-электриками, посланными устранять аварию. К их «раскопкам» присоединяются неожиданно появившиеся Сукре и Си-Ноут. Махоун отправляется в Юту за беглецами и ему удаётся схватить Изгоя. Отец предупреждает Сару об опасности Келлермана.

Линкольн отправляется на встречу со своим сыном Эл-Джеем, которого только что выпустили из под ареста в Аризоне. Остальные беглецы обнаруживают под фундаментом дома пять миллионов. Сукре забирает деньги себе, угрожая оружием. Изгой пытается направить Махоуна по ложному следу. Оставшись наедине с Изгоем, Махоун убивает Изгоя. Кандидатуру отца Сары отзывают с должности вице-президента. Сара находит своего отца (губернатора Танкреди) повешенным в его кабинете. В его карманах она находит ключ.

Оказывается, что отобрать клад у Си-Ноута и Ти-Бэга было идеей Майкла. Сукре и Майкл обнаруживают, что им достался пустой рюкзак. Деньги украл Ти-Бэг. Линкольну удаётся скрыться от преследования вместе с Эл-Джеем. Компания пытается инсценировать самоубийство Сары.

Саре удаётся разгадать ребус из оригами, и она отправляется на встречу с Майклом в Нью-Мехико, но её преследуют Келлерман и Махоун. Майкл встречается с бывшей женой Махоуна, чтобы узнать о судьбе Оскара Шейлза. Линкольна и Эл-Джея арестовывает полиция. Беллик и Гэри ловят и пытают Ти-Бэга.

Майкл и Сара встречаются в условленном месте в Нью-Мехико, а Махоун следит за ними. Линкольна и Эл-Джея освобождают от полиции друзья отца и привозят их к нему. Сукре пытается связаться с Марикруз по телефону. Беллик и Гэри пытками отбирают у Ти-Бэга ключи от ячейки с деньгами. Когда они забирают деньги, Гэри избивает Беллика и убегает с деньгами. Махоун предупреждает Майкла, что будет преследовать его, пока не убьёт, даже в Панаме.

Майкл встречается с людьми, которые должны помочь ему пересечь границу, в месте, координаты которого были зашифрованы в татуировке «Большой Буз». Ти-Бэгу удаётся сбежать, для этого ему приходится отказаться от левой руки. Келлерман ловит Сару и пытает её, чтобы выяснить что ей передал отец. Махоун разгадывает тайну координат «Большого Буза». Отец рассказывает Линкольну о записи разговора президента, и предлагает присоединится к заговору против «Компании». Линкольн оставляет Эл-Джея с Джейн (помощницей отца) и едет с отцом к Майклу. Ти-Бэг находит Гэри и убивает его, подставив Беллика.

Пока Махоун пытается разгадать план Майкла, Майкл встречается с отцом. Саре удается сбежать от Келлермана, ранив его утюгом. Компания приговаривает его к смерти. Беллика обвиняют в убийстве Гэри, зарезанного Ти-Бэгом. Жену Си-Ноута арестовывают за помощь беглому преступнику. Махоуни смертельно ранит отца братьев, перед смертью тот направляет их на поиски Сары, у которой должна быть запись разговора президента. Братья решают начать борьбу против «Компании». Сукре улетает в Панаму один.

Махоун догоняет братьев и врезается в их машину. В этот момент появляются пограничники и арестовывают братьев, помешав Махоуни убить их. Ти-Бэг продолжает поиски Сьюзи Холлэндер. Беллик возвращается в тюрьму Фокс Ривер как заключённый. Сукре и пилот прыгают из самолёта с парашютом над территорией Мексики. Махоун получает приказ убрать братьев любой ценой. Келлерман, оставшись «за бортом», решается на игру против «Компании», для чего устраивает побег Линкольна и Майкла во время их транспортировки в Фокс Ривер и предлагает им сотрудничать.

Майкл, Линкольн и Келлерман похищают оператора канала новостей и с его помощью записывают и предают на телевидение обращение, где говорят о своей невиновности и о преступлениях «Компании». В этом обращении Майкл зашифровывает послание для Сары. Беллик попадет в лазарет после ночного избиения. Махоун приезжает в Фокс Ривер к Бэллику и просит помочь с расшифровкой послания. Двое несовершеннолетних подростков просят Психа купить им пива в ближайшем магазине, а Сукре угоняет машину, чтобы добраться до Мэрикруз. Псих убивает отца одного из подростков. Сара расшифровывает послание Майкла. Понимая, что она не успеет приехать на место встречи вовремя, Сара связывается с Майклом по телефону.

Сара встречается с братьями. Её ждет сюрприз в лице Келлермана. Майкл, Сара, Линкольн и Келлерман направляются в Чикаго. По дороге Сара не справляется с эмоциями и делает попытку убить Келлермана. Ти-Бэг держит Сьюзи и её детей в заложниках. Си-Ноут с дочерью становятся свидетелями ограбления в придорожном кафе, им чудом удается избежать встречи с полицией. Бил Ким пытается манипулировать Келлерманом, играя на его личной привязанности к президенту Рейнолдс. Махоун вытаскивает Бэллика из тюрьмы, чтобы тот помог ему найти всех оставшихся беглецов и сделать «грязную работу». Бэллик находит Психа и загоняет его в угол. Приехавший Махоун подговаривает Психа совершить самоубийство. Сара и Майкл признаются в любви друг другу.

Ти-Бэг вместе с Сьюзен и её детьми едет в дом своего детства. Он мечтает обрести семью и начать новую счастливую жизнь, но его мечтам не суждено сбыться. Майкл и Сара обращаются за помощью к Генри Поупу — бывшему начальнику тюрьмы Фокс Ривер. Они просят его помочь получить то, что оставил Саре её отец перед смертью. В их планы вмешивается вездесущий Бил Ким, который задерживает Поупа с «посылкой». Братья перехватывают Поупа, заодно они освобождаются от «опеки» Келлермана. Си-Ноут, с больной дочерью на руках, в отчаянии решает сдаться. Он заключает сделку с Махоуном — в обмен на свободу жены и надлежащий медицинский уход за дочерью он обязуется помочь найти Майкла и Линкольна. Сукре наконец-то встречается с Марикруз.

Линкольн, Майкл и Сара прослушивают запись, которую оставил Саре отец перед смертью. Линкольн узнает номер бывшего заместителя генерального прокурора Купера Грина. Он всегда был союзником отца братьев. Майкл назначает встречу с ним в парке. Братья решают отдать запись ему, они ещё не знают, что секретарша соединила их с человеком «Компании». Махоун получает приказ избавиться от Си-Ноута, а Беллик добывает информацию о возможном местонахождении Сукрэ и отправляется в Мексику на его поиски. Сукрэ приезжает к своей тёте вместе с Марикруз. Ти-Бэг приходит к психотерапевту, очень похожему на него внешне, рассказывает ему историю своей жизни и убивает. Майкл проверяет человека, пришедшего на встречу с ним и понимает, что это не Купер Грин. В это время Сара идёт на могилу отца и встречает там его бывшего помощника Брюса, которого она подозревала в предательстве. Вместе они идут в офис и встречаются с настоящим Купером Грином. В номере гостиницы он изучает запись и говорит, что это копия и точную дату разговора установить нельзя. В суде запись будет бесполезна. Братья решают шантажировать записью президента Рейнолдс, чтобы получить президентское помилование. Махоун вычисляет место, откуда Линкольн следил за встречей в парке, и он устремляется в гостиницу. Келлерман готовится совершить покушение на президента Рейнолдс. Ти-Бэг по документам психотерапевта летит в Мексику в том же самолёте, что и Беллик. А тем временем, доведённый до отчаяния Си-Ноут в тюремной камере встает на кровать, надевает петлю на шею и делает шаг вперёд…

Президент Рейнолдс готовится к выступлению в Чикаго. В толпе фанатов Майкл передает ей записку, в которой сообщает, что нашёл «запись». Тем временем Линкольн через своего старого друга достаёт для них билеты на грузовое судно до Панамы. Майкл даёт поймать себя людям президента и идёт с ней на переговоры. Беллик находит Сукре и собирается сдать его властям за вознаграждение. Сукре говорит, что видел по телевизору Ти-Бэга и знает, где искать его и деньги Вестморленда. Беллик, под угрозой расправы над Марикруз, заставляет Сукре отправится с ним на поиски Ти-Бэга. Прослушав запись, Рейнольдс идёт на соглашение и обещает дать официальное помилование братьям, если они не обнародуют её. Майкла отпускают. Агент Ким тоже начинает шантажировать Кэролайн, с целью не допустить амнистии. Рейнолдс оказывается меж двух огней, и принимает мудрое решение — уйти в отставку. «Запись» теперь оказывается бесполезной.

Сара сдается ФБР, чтобы позволить Линкольну и Майклу скрыться в Панаме. Си-Ноут жив. Он соглашается дать показания в деле против Махоуна. Статус последнего в ФБР резко меняется. Ким предлагает Махоуну последний вариант спасения его карьеры и жизни — отправится в Панаму на поиски братьев и вовлечь их в новый план «Компании», который не предполагает смерти братьев, так как для него нужны все «действующие лица». Ти-Бэга ловит полиция, и по приказу «Компании» он отправляется в Панаму. Беллик и Сукре идут по его следу. Махоун связывается с Майклом через форум europeangoldfinch.net, притворившись Сукре, и предлагает приехать в отель в столице Панамы, в котором уже поселился Ти-Бэг. Майкл поддаётся на уловку. Он бросает Линкольна одного и отправляется в Панама-Сити с целью поймать Ти-Бэга и сдать его властям, чтобы хотя бы частично очистить свою совесть.

В США над Сарой Танкреди идет суд. Её обвиняют в помощи организации побега и содействии беглым преступникам. Саре грозит 12 лет в тюрьме строго режима. Пол Келлерман тщательно готовится к самоубийству, но его пистолет даёт осечку. Он принимает неожиданное решение дать показания по делу Сары. Сара и Линкольн полностью оправданы. Сару освобождаю в зале суда, а Келлермана берут под стражу. А тем временем в Панама-Сити Майкл сталкивается с Белликом и Сукре, а затем замечает наблюдающих за отелем агентов. Махоун присоединяется к преследованию Ти-Бэга, но на него нападает Линкольн. В завязавшейся драке Махоуну удаётся победить и он приковывает Бэроуза наручниками к трубе. Ти-Бэг действует по плану «Компании» и заманивает Майкла в ловушку. Приехавшая полиция арестовывает Бэллика, а Ти-Бэгу удается скрыться. Майкл и Сукре следуют за ним. Им удаётся поймать Ти-Бэга, но по дороге в полицию, в машине, Ти-Бэг втыкает Сукре отвёртку в плечо и автомобиль переворачивается. Майкл вызывает скорую помощь для Сукре, а сам спешит в лес за Ти-Бэгом. В заброшенном доме между Майклом и Ти-Бэгом происходит схватка. Майкл одерживает верх и скрывается с пятью миллионами в рюкзаке. Ти-Бэга арестовывает полиция. Махоун звонит Майклу и предлагает сделку — 5 миллионов и яхту в обмен на Линкольна. Майкл должен сделать непростой выбор.

Майклу удается вытащить Линкольна из рук Махоуна и подставить его. Махоуна обвиняют в контрабанде наркотиков, что по панамским законам очень серьёзное преступление. Сукре сбегает из больницы, чтобы найти Беллика и узнать, где тот держит Марикруз, но по дороге он теряет сознание и падает на асфальте, истекая кровью. Келлермана перевозят в тюрьму, по дороге водитель останавливается и заднюю дверь микроавтобуса распахивают люди в масках. Слышны выстрелы, но судьба Келлермана не ясна. Майкл и Линкольн встречаются с приехавшей в Панаму Сарой и втроём готовятся уплыть подальше из этих мест, но появляется агент Ким и рушит хэппи-энд всей истории, который был так близок. Ким скидывает рюкзак с пятью миллионами в воду и, целясь в Линкольна, говорит, что «Компания» нуждается только в одном из братьев. Сара стреляет в Кима. В этот момент приезжает полиция. Линкольну удается сбежать. Не видя другого выхода из ситуации, Майкл берет вину Сары на себя и отправляется в тюрьму. Линкольн теряет след Сары. Майкла и Махоуна привозят в самую гадкую тюрьму Панамы «Сона». В коридоре Майкл натыкается на избитого до полусмерти Беллика. Тем временем в США представители «Компании» ведут разговор о том, что побег Майкла из «Соны» — это как раз то, что им теперь нужно.