8명의 죄수가 탈옥한 사건으로 온 나라가 떠들썩한 가운데 FBI 소속의 수사 팀이 꾸려지고 팀장인 마혼은 기자회견을 한다. 포프 소장과 벨릭은 마혼의 행동을 주제 넘게 여기며 달가워하지 않는다. 벨릭은 마이클의 신용카드 사용 내역을 바탕으로 오스위고의 개인 창고를 덮치지만 이는 마이클의 함정이었다.

탈옥에 성공한 탈주범들은 자기 갈길을 향해 뿔뿔히 흩어지고 마이클과 링컨은 LJ를 빼내기 위해 법원으로 향한다. FBI요원 마혼이 LJ에게 링컨을 잡게 도와달라며 협상을 요청하고 링컨은 LJ에게 전화해 뜻모를 암호를 남긴다. 손목 치료를 받은 티백은 구닷을 죽인 뒤 그의 차를 타고 유유히 사라진다.

부상을 당한 링컨 때문에 마이클은 니카를 찾아가 도움을 요청하고 수크레는 경찰의 눈을 피해 마리크루즈를 만나려고 친구인 피티에게 연락한다. 씨노트는 아내에게 자신을 믿는다는 확신을 받기 위해 위험을 무릅쓰고 전화한다. 이 모든 일이 일어나는 가운데 마혼은 탈주범들의 뒤를 집요하게 쫓는다.

마이클 일행을 추적하는 데 성공한 벨릭은 마이클에게 500만 달러가 있는 곳으로 안내하라고 마이클을 위협한다. 니카는 고작 자신에게 만 달러만 주기로 한 마이클에게 분노한 척하며 벨릭과 손을 잡는 척한다. 티백은 휴게소에서 경찰들의 검문에 걸리고 해병대 상이용사인 척하고 무사히 빠져나온다.

우여곡절 끝에 투엘에 도착한 마이클과 링컨은 더블 K 목장을 찾아보지만 아는 사람이 없다. 마이클은 토지 및 건물 도면이 보관된 시청으로 들어가자고 링컨을 설득하고, 그곳에서 마침내 목장을 발견하지만 지도가 뜯겨나가고 없는 상태. 마이클과 링컨은 시청에서 빠져나가는 티백을 발견하고 경악한다.

티백과 마이클, 링컨은 웨스트모어랜드의 돈이 자넷의 집 차고 아래에 묻혀 있다는 것을 알아내고, 전기 회사 직원으로 위장할 도구를 챙기고 차에 기름을 넣기 위해 트위너를 시내에 보낸다. 자넷의 집안으로 들어가는 데 성공한 마이클 일행은 차고의 바닥을 파기 시작하고, 뒤늦게 수크레와 씨노트가 합류한다.

마이클 일행의 정체를 눈치챈 여주인이 비명을 지르려는 찰나 여자 경찰이 집으로 다가오는데, 그녀는 여주인의 딸이었다. 어쩔 수 없이 둘 모두를 묶어 놓고, 마이클 일행은 계속해서 바닥을 판다. 여자 경찰은 수크레의 여자 친구가 임신 중이라는 사실을 알고 계속해서 수크레를 회유하려 한다.

수크레가 돈을 갖고 달아나 버린 후, 티백 역시 행방이 묘연해진다. 스코필드는 결국 씨노트와 갈라지고 숲으로 향하는데, 그곳에는 돈가방과 함께 수크레가 기다리고 있었다. 알고 보니 둘이 작당하고 돈을 빼돌리려 했던 것. 하지만 한수 위인 티백이 그 돈을 모두 빼돌려 버리고, 수크레와 마이클은 파나마로 가려 한다.

마이클은 식물원에 잠입하지만, FBI들이 깔려 있음을 파악하고 도망친다. 마혼이 자신의 하드를 복구해 자신의 계획을 상당 부분 파악하고 있음을 안 마이클은 마혼에 대해 뒷조사를 한다. FBI 조사원으로 위장한 마이클은 이혼한 마혼의 아내를 찾아가 마혼과 쉐일즈의 관계에 대해 탐문한다.

벨릭와 기어리는 티백을 계속 고문하며 5백만 달러의 행방을 알아내려 한다. 한차례의 몸싸움 끝에 티백이 양말에 숨겨 두었던 보관함 열쇠를 삼키자 벨릭과 기어리는 티백을 화장실에 앉혀 놓고 열쇠를 받으려 한다. 보관함 열쇠를 손에 넣은 벨릭은 티백을 묶어 둔채로 떠나며 911에 신고한다.

티백은 홀랜더 부인의 집을 빠져나와 GPS 장치를 이용해 기어리가 가져간 돈을 찾으러 간다. 벨릭은 병원에서 조사를 받게 되자 그를 공격한 사람은 20대 초반의 흑인 남성이라고 말한 뒤 기어리의 음성 사서함에 협박 메시지를 남긴다. 마이클은 뉴멕시코의 가게에서 물건을 산 뒤, GPS를 훔쳐 달아난다.

마이클은 링컨과 함께 온 아버지의 모습을 보고 경악한다. 어린 시절 자신을 학대하던 양아버지를 죽이고 자신을 구해 줬던 사람이 아버지였다는 사실에 마이클은 분노와 원망을 쏟아내지만 이내 아버지를 받아들인다. 아버지는 엉켜 있는 실타래를 풀 해결의 열쇠를 새라가 가지고 있다고 말한다.

씨노트가 딸 디디와 마운드 시티에 숨어 있는 동안 씨노트의 아내 케이시는 재판을 받는다. 하지만 보석 신청은 기각되고 탈옥범 방조죄로 무거운 벌을 받게 되자 씨노트는 자수를 결심한다. 티백은 수잔 홀랜더의 집에 수잔의 아이들과 잠시 행복한 시간을 갖지만, 총을 꺼내려는 수잔을 보고 화를 낸다.

테렌스의 자살로 스코필드 일행은 또 다른 위기를 맞게 된다. 세 사람은 카메라맨을 인질로 삼아 모텔을 포위한 지역 경찰들을 따돌리고 달아난다. 테렌스의 죽음으로 모든 것이 물거품이 된 상황에서 세 사람은 또 다른 계획을 세우고 납치한 카메라맨의 카메라로 방송국으로 보낼 비디오 테이프를 제작한다.

탈주범들을 쫓는 마혼은 혼자의 힘으론 절대 범인들을 쫓을 수 없다는 걸 깨닫고, 폭스 리버 교도소에 있는 벨릭을 찾아가 인신 보호 영장을 발부해 풀어 줄 테니 탈주범들을 찾는 걸 도와달라고 한다. 이를 흔쾌히 받아들인 벨릭은 감옥을 나가 패토식을 쫓는다. 패토식은 벨릭의

추격에 결국 궁지에 몰린다.

딸의 병이 악화되자, 씨노트는 마혼에게 전화해 아내를 풀어달라고 말한 뒤 자수한다. 수크레는 마리크루즈와 재회하고, 티백은 어린 시절에 살던 집으로 돌아온다. 한편 마이클과 새라는 헨리 포프를 찾아가 컴퍼니를 무너뜨릴 수 있는 정보를 손에 넣을 수 있게 도와달라고 한다.

링컨과 마이클, 새라는 쿠퍼 그린에게 연락해 링컨의 무죄를 밝힐 수 있게 도와달라고 한다. 그린은 대통령과 스테드먼의 대화가 스테드먼이 죽었다고 알려진 시점 이후에 녹음된 것이란 걸 증명할 수 없다면 쓸모가 없다고 말하지만, 대신 녹화 내용을 대통령의 사면을 요구할 도구로 쓰기로 한다.

씨노트는 자살에 실패하고, 윌러 요원은 마혼에게 불리한 증언을 하면 씨노트에게 자유를 주겠다고 제안한다. 마이클은 음성 파일로 레이놀즈 대통령을 협박해 링컨과 마이클을 사면하겠다는 약속을 받아낸다. 하지만 컴퍼니도 대통령을 협박하고, 결국 대통령은 사임하겠다고 발표한다.

티백은 돈을 되찾지만, 벨릭과 수크레가 티백의 뒤를 쫓는다. 벨릭은 수크레에게 마리크루즈를 인질로 잡고 돈을 찾는 것을 도와주면 풀어주겠다고 한다. 마이클과 링컨이 파나마로 가지만 새라는 FBI에 잡힌다. 씨노트는 자유를 대가로 마혼에게 불리한 증언을 하기로 결심하고, 가족과 재회한다.

마이클과 수크레, 벨릭은 티백을 잡기로 한다. 링컨은 마이클을 잡으려는 마혼은 방해하지만, 오히려 마혼에게 당하고 만다. 한편 시카고에서 새라가 재판을 받는 동안, 켈러맨이 증인으로 나선다. 티백은 경찰에 체포되고, 마이클은 돈 가방을 가지고 보트로 돌아온다. 마혼은 마이클에게 전화해 돈과 보트를 요구한다.

링컨을 붙잡아 둔 마혼은 자신이 배신을 당했으니 보트와 돈만 넘겨 주면 링컨을 돌려 보내겠다며 마이클을 설득한다. 마이클은 결국 파나마시티로 가기로 하고, 새라에게 메시지를 남긴다. 켈러맨의 증언으로 검찰은 새라에 대한 기소를 취하하고, 링컨과 마이클의 혐의도 모두 풀리게 된다.