Michael og gruppen tvinger Bellick til at overgive kontrollen til FBI. Specialagent Mahone opdager Michaels flugtplaner, og T-Bag tager drastiske metoder i brug for at få sin hånd tilbage.

Mahone bruger LJ som lokkemad for at fange Lincoln og Michael, T-Bag får sin afhuggede hånd tilbage, og en desperat redning på målstregen bringer brødrene ansigt til ansigt med deres forfølger.

Michaels vigtigste aktiv ender i Mahones hænder. Guvernøren giver Sara en chokerende nyhed, og Sucre og C-Note forsøger at blive genforenet med deres familier for hver en pris.

Bellick fanger Michael og resten af gruppen, men det er ikke politiets dusør han er ude efter. Nika laver en fælde, men vi ved ikke for hvem.

Brødrene ankommer endelig til Utah, men de er ikke alene. Sucre bliver forladt ved alteret. C-Note kæmper for sit liv, og Double K Ranch afslører ikke sine hemmeligheder uden kamp.

Millionerne er gemt et sted under et hus, så Michael må lokke kortet ud af T-Bag for at finde ud af, hvordan han får pengene ud. Mahone nærmer sig sit bytte, og en af de flygtende nærmer sig enden.

Flugtfangerne finder skatten, men Sucre har sine egne planer. Lincoln risikerer alt for at finde LJ. The Company retter deres opmærksomhed mod Sara, og Mahone sætter Tweener på den ultimative prøve.

Sucre forråder gruppen og flygter med de nyfundne fem millioner dollars, hvilket giver Michael problemer.

Michael besøger Mahones ekskone og regner hans mørke hemmelighed ud. Bellick angriber T-Bag og helmer ikke, før han får at vide, hvor pengene er. Lincoln og LJ kommer til vejs ende.

For at blive genforenet med Michael må Lincoln efterlade LJ. Michaels planer om at skaffe et flugtfly mislykkes. T-Bag flygter fra politiet, men må betale en høj pris.

Sara flygter fra sin plageånd. Aldo slutter fred med Michael, men må betale den ultimative pris. Michael og Lincoln beslutter sig for at holde op med at flygte.

T-Bag tager kreative metoder i brug for at finde Mrs. Hollander.

Kellerman arrangerer et møde mellem Michael, Lincoln og Steadman, men det går ikke helt som planlagt. Bellick bliver uvenner med den forkerte fange i Fox River.

Michael og Lincoln fortæller deres historie på landsdækkende tv, mens de er på flugt sammen med Kellerman.

Endnu en fange bukker under, men først går Michael, Lincoln, Kellerman og Sara ombord på et tog mod Chicago, og Bellick får en særdeles velkommen gæst på besøg i Fox River.

Michael og Sara henvender sig til Henry Pope for at få de informationer, der kan vælte The Company. En flugtfange må vælge mellem sin datter og sine venner.

Michael, Lincoln og Sara finder endelig det bevismateriale, de har brug for, for at rense Lincoln, men de har brug for en hjælpende hånd indefra for at få sandheden frem.

Michael møder endelig præsidenten ansigt til ansigt. En uventet alliance opstår mellem Bellick og Sucre. T-Bag mister sine penge, og C-Note får et godt tilbud.

Mens brødrene forbereder sig på et liv i frihed, er Sara tvunget til at ofre sig selv for at bevare deres sikkerhed. T-Bag myrder på livet løs syd for grænsen.

Sara er i retten, Michael er fast besluttet på at få de fem millioner og på at standse T-Bags terrorregime. Kellerman ser sine dæmoner i øjnene, og Lincoln og Mahone ender i en konfrontation.

Michael forsøger at redde sig selv og Lincoln fra Mahone. Et uventet vidne ændrer alt ved Saras retssag. Sucre risikerer alt for at finde Maricruz, og T-bag vælger den forkerte side.