Майкл Скофилд грабит банк, чтобы попасть в тюрьму, где содержится его брат Линкольн Барроуз. В тюрьме он заводит нужные знакомства и начинает подготовку к невероятному побегу.

Вероника Донован узнает о планах Майкла по спасению брата. Она пытается найти доказательства непричастности Линкольна к убийству Терренса Стедмана. Майкл ищет на тюремном дворе болт — первую деталь в его плане побега.

Майкл устраивает проверку, чтобы узнать умеет ли его сокамерник Сукре хранить секреты. Ти-Бэг планирует месть.

В камеру Майкла переводят заключённого Чарльза Патошика. Выясняется, что его только что выпустили из психиатрического отделения. И напрасно... Но Сукре, узнавший о том, что его невеста собралась замуж за другого, решает вернуться к Майклу и принять участие в побеге. Майкл готовит едкий химический состав.

Агент Келлерман пытается устроить перевод Майкла в другую тюрьму. Майкл забирается на крышу тюрьмы, чтобы выяснить по какой из трёх улиц не приедет полиция.

Майкл ломает систему кондиционирования, чтобы саботировать бунт. Заключённые пытаются взять в заложницы Сару Танкреди. Линкольна пытаются убить.

Сукре и Абруцци сверлят стену, а Майкл отправляется на помощь Саре. Вероника и Ник продолжают расследование.

Майкл узнает, что в тюрьме произошла перепланировка. Чтобы попасть в комнату отдыха охраны, он решает пригласить в группу беглецов Чарльза Весморленда. Нику и Веронике угрожают.

Абруцци теряет своё место руководителя тюремных работ. Майкл пытается защитить молодого заключённого по прозвищу Изгой. Си Ноут наводит справки о Майкле.

Тюремные работы снова в руках Абруцци — Майклу удался ловкий трюк. Си-Ноут присоединяется к беглецам. Вероника, Ник и Эл-Джей прячутся от «агентов».

В тюрьме Майкла навещает его жена. Вестморлен решает присоединится к Майклу.

Майкл понимает, что группа беглецов слишком велика. Он готовит последний этап побега. Абруцци готовится исключить Ти Бэга, но Ти Бэг опережает его.

Все готово для побега, но Майклу теперь нужно вызволить брата, попавшего в одиночную камеру.

До казни Линкольна остается всего один час. Майкл уговаривает Сару попросить помилования у её отца-губернатора и подкладывает в электрический стул крысу. Вероника и Ник собираются эксгумировать тело Стедмана.

Казнь отменена в последнюю секунду из-за новых улик, предоставленных суду. Линкольну кажется, что в камере смертников он видел своего отца. Майкл придумывает новый план.

Серия флешбеков показывает, как попали в тюрьму Линкольн, Сукрэ, Ти-Бэг и Си-Ноут, как Майкл придумал план побега и как попала на работу в Фокс Ривер доктор Сара Танкреди.

За отказ сообщить начальнику тюрьмы о происхождении ожога Майкла отправляют в одиночку. Сукрэ должен убедиться, что план побега не был обнаружен. Вероника, Ник и Эл Джей возвращаются в Нью-Гларус в поисках информации. Эл Джей решает отомстить.

В психиатрическом отделении тюрьмы Майкл пытается восстановить потерянную часть татуировки. Гари выставляет на аукцион пустующую камеру Майкла и Сукре, оставшимся членам команды придётся сделать максимальную ставку, чтобы о плане побега никто не узнал.

Линкольна из автомобильной аварии спасает отец, ранее считавшийся пропавшим. Также Линкольн узнает о причинах, по которым на него повесили убийство Стедмена. Для окончания плана побега Майклу требуется ключ от лазарета, но ему не удаётся украсть его у Сары. Абруцци возвращается в тюрьму.

Майкл предает Поупа, заставив выпустить Линкольна из одиночки. Сара стоит перед выбором — помочь Майклу с побегом или нет. Ника принуждают предать Веронику. Команда бежит из тюрьмы. По дороге Манче задерживают, а Вестморленд умирает от полученной раны. Перед смертью он говорит Майклу где спрятал свои 5 миллионов. Этот разговор подслушивают Сукрэ, Ти-Бэг, Си-Ноут и Изгой.

За стенами тюрьмы Майкл, Линкольн и шестеро других бежавших ведут гонку за свободу с властями, идущими по пятам. Отвергнутая Компанией Кэролайн решает взять всё в свои руки. Вероника приезжает в Монтану и находит главное доказательство невиновности Линкольна. Абруцци отрубает руку Ти-Бэгу, чтоб освободить Майкла. Ти-Бэга бросают на складе. Изгоя и Психа также отшили. Оставшиеся беглецы добираются до аэродрома, но самолёт уже взлетел. Они убегают в темноту.