En mand sender sig selv i fængsel for at befri sin bror, der sidder på dødsgangen og påstår, at han er uskyldig.

Mens racespændingerne ulmer inde i fængslet og Veronica arbejder med Lincolns sag, forsøger Michael at få fingre i et stof, der vil få ham til at teste positiv for diabetes.

Michael får problemer, da han indvier Abruzzi og Sucre i sin plan. Veronica får fat i en udtalelse fra Leticia, men hun slipper væk.

Michael får fat i nogle kemikalier til sin flugtplan. Haywire udvikler en ubehagelig fascination af Michaels tatovering, og Veronica får yderligere juridisk assistance i sin efterforskning.

Mens Kellerman og Hale presser Michaels overflytning igennem, forsøger Michael at trække tiden ud for at teste den første del af sin flugtplan.

Michaels planer om at købe sig tid ved at forårsage en nedlukning af afdelingen fører til et kæmpe fængselsoprør. Nick overbeviser Veronica om, at han virkelig gerne vil hjælpe hende.

Under fængselsoprøret redder Michael Sara, lejemorderen forsøger at myrde Lincoln, og Bellick udfordrer Pope til at tale med guvernøren.

Michael forsøger at finde ud af, hvordan han skal føre en tunnel gennem bygningen med vagternes pauserum. Kellerman og Hale forsøger at dræbe Veronica og LJ.

T-Bag mister en slave og udser sig en anden. Kellerman og Hale fortsætter med at forfølge LJ, der forsøger at kontakte Veronica for hjælp.

For at få Abruzzi tilbage på toppen i fængselshierakiet, og flugtplanen tilbage på sporet, må Michael afsløre for Philly Falzone, hvor Fibonacci befinder sig.

Quinn terroriserer Veronica, Nick og LJ. Michael bygger et apparat, der hjælper ham med at regne ud, hvor lang tid gruppen har til deres flugt.

Der opstår en anspændt stemning, efter Lincoln advarer Michael om, at et medlem af flugtgruppen må blive tilbage. Abruzzi truer med at dræbe T-Bag, hvis han ikke frivilligt forlader gruppen.

Da Lincolns henrettelse rykker nærmere, sætter Michael skub i flugtplanen. Veronica bruger nyhedsmedierne til at komme med en erklæring om en udvikling, der kan bevise Lincolns uskyld.

Michael forsøger at forsinke Lincolns henrettelse ved at pille ved den elektriske stol, men han fejler, og tiden er ved at løbe ud.

Lincoln, som tror han ser sin far til henrettelsen, vinder to ugers ekstra tid, da en dommer beslutter, at Terence Steadmans lig skal graves op.

Tilbageblik kaster lys over, hvordan Michael, Lincoln, Sucre, C-Note og T-Bag endte i fængsel, og hvordan Sara begyndte at arbejde der.

Michael er på psykiatrisk afdeling, hvor han forsøger at få Haywire til at huske den manglende del af hans tatovering.

Michael forsøger at regne ud, hvordan han får fingre i Saras nøgle til ambulatoriet. Lincoln hører om sin fars rolle i de begivenheder, der har ødelagt hans liv.

Westmoreland bruger Bellick til at sætte en stopper for flugtplanen, hvilket tvinger Michael til at rykke flugtdatoen nærmere.

Michael tvinger Pope til at flytte Lincoln til ambulatoriet. De flygtende når sikkert frem til Saras ulåste kontor og Westmoreland afslører sin store hemmelighed.

Flugten er blevet opdaget, og Bellick leder en storstilet jagt på de flygtede. Viceinspektør Reynolds bruger sin magt, og en vild flugt mod landingsbanen får en dramatisk afslutning.