Michael Scofield internet vasıtasıyla bir bankayı soyar ve polislerin gelerek kendisini almasını bekler. Savunma avukatı Veronica Donovan’ın bütün çabalarına karşın Michael soygunla ilgili herhangi bir açıklama yapmaz. Yargıç, Michael’ı Wallens Ridge Eyalet Hapishanesi’ne gönderecektir. Michael’ın bütün amacı masum olduğu halde tuzağa düşürülerek idama mahkûm edilen abisinin cezaevinden firar etmesine yardımcı olmaktır.

Hapishanede ırkçı gerilim içten içe kaynamaktayken, Veronica, Lincoln’un davasını araştırmaya devam etmektedir. Bu arada Sara, Michael’ı diabet testine çağırır. Michael, C-Note’dan kan şekerini kontrol etmesini sağlayacak hapları tedarik etmesini ister. Testin pozitif sonuç vermesini sağlayarak kaçış planı için açık bir kapı bırakmayı düşünmektedir

Michael, Abruzzi ve Sucre’yi kaçış planına dahil etme konusunda sorunlar yaşamaktadır. Leticia’nın ifadesine başvuran Veronica daha sonra kadını kaybedecektir. Lincoln ise aile üyelerinin idamında olup olmayacakları konusunda düşüncelidir.

Kendini elektrikli sandalyeye doğru yürürken gördüğü kabusundan ter içinde uyanan Lincoln, idamına bir aydan az bir süre kaldığını fark eder. Michael kaçışı için kullanabileceği bazı aşındırıcı kimyasallar edinmiştir. Veronica ise araştırmasında bir hayli yol kat eder. Bu sırada Michael’a dövmesinin anlamını soran Haywire’ın içinde genç adamın soruyu geçiştirmesi üzerine rahatsızlık veren bir merak uyanır.

Kellerman ve Hale, Michael’ın transfer edilmesini sağlamaya çalışmaktadır. Pope’un kendisine transfer edileceğini söylemesi üzerine bir an için afallayan Michael, hızlı düşünerek Lincoln’un kardeşi olduğunu itiraf eder ve en azından idama kadar beklemelerini ister. Michael planının ilk kısmını devreye soktuğunda Lincoln, tam artık umut etmekten vazgeçmişken kendisini tekrar heveslendirdiği için kardeşini azarlar. Bu arada Veronica ve Nick, Lincoln’u aklayacak bir video kaseti üzerinde çalışmaktadır.

Michael'ın biraz daha fazla zaman kazanmak amacıyla yaptığı hücre bloğunu kapama eylemi, beklemediği bir şekilde büyür ve bütün hapishaneyi içine alan tam teşekküllü bir ayaklanmaya dönüşür. Nick, Veronica'yı kendisine gerçekten yardımcı olmak istediği konusunda ikna etmeye çalışmaktadır. Diğer yandan Kellerman, Lincoln'u öldürmesi için mahkûmlardan birine para öder.

Hapishanedeki ayaklanma sırasında Michael, Sara'yı zorlukla Stroker'ın elinden kurtarır. Bu sırada Bellick, Pope'a valiyle konuşması için meydan okumaktadır. Veronica ve Nick ise köstebeğin açtığı telefonu takip etmek için Washington D.C.'ye uçar.

Michael, içinde gardiyanların mola odasının bulunduğu bir binaya tünel kazmanın yollarını düşünmektedir. Kellerman ve Hale, Veronica ve LJ'i öldürmeye kalkışır. Diğer tarafta T-Bag, Bob'un cinayetinden sorumlu olmadığını iddia etmektedir. Ancak bir sorumlu bulunmalıdır.

T-Bag kölelerinden biri Cherry'i kaybeder ve hemen ardından bir başkasına, yeni hedefi olan Tweener'a yönelir. Kellerman ve Hale geçen bölümde kaçmayı başaran LJ'i takip etmeyi sürdürür. Bu sırada LJ yardım istemek için Veronica'ya ulaşmaya çalışmaktadır. Abruzzi'nin, gangsterlerin taleplerine karşılık vermekteki yetersizliği bütün kaçış planını risk etmektedir.

Çalışma takımının kontrolünü yeniden ele geçirebilmek ve kaçış şanslarını arttırabilmek için Abruzzi, Michael’ı, Falzone’a Fibonacci’yi nerede bulabileceğini söylemesi konusunda ikna eder. Diğer taraftan Nick ve Veronica, Steadman’in parasının nereye kaybolduğunu merak ederken; başkan yardımcısı, Kellerman ve Hale’in yerine geçmesi için FBI’dan eski bir arkadaşını getirir.

Quinn; Nick, Veronica ve LJ’yi tehdit eder. Michael, gruplarının kaçışını tamamlamak için ne kadar zamana ihtiyaçları olduğunu gösteren bir makina yapar. Ve en sonunda Westmoreland de kaçış takımına katılmayı kabul eder.

Lincoln’ün idam tarihi yaklaştığı için, Michael kaçış planını artık uygulamaya karar verir. Kellerman, Hale’i teselli etmektedir. Diğer taraftan Veronica basın aracılığıyla Lincoln’ün suçsuzluğunu ispatlayacak bir takım delilleri gözler önüne sermektedir.

Lincoln’un idamını engelleyebilmek için elektrikli sandalyeyi bozmaya çalışan Michael başarısız olur. Veronica ve Nick ise Terence Steadman’in cesedinin yeniden incelenmesi için mezarın açılması emrini çıkarttırmaya çalışmaktadır, ancak Lincoln için zaman azalmaktadır.

İdam sırasında babasını gördüğünü zanneden Lincoln, Terence Steadman’ın mezarının açılıp cesedin yeniden incelenmesi talebinin hakim tarafından onaylanması ile iki haftalık bir süre daha kazanır. Bu arada Michael da hapishanenin revirine çıkan yeni bir yol üzerinde çalışmaktadır.

Dizinin bu bölümünde, geçmişe uzanılıyor; Michael, Lincoln, Sucre, C-Note, ve T-Bag’in Fox River Hapishanesi’ne nasıl geldiklerine göz atılıyor ve Sara’nın orada çalışmaya başladığı ilk günlere dönülüyor.

Hücre hapsiyle cezalandırılan Michael orada tek başına umutsuzluğa kapılır. Gardiyanların odasındaki kaçış deliği ile ilgilenme görevi Sucre’a kalmıştır. Bu arada LJ nihayet Kellerman’ı bulur.

Michael psikiyatri koğuşundayken, dövmesindeki eksik kısmı hatırlaması için Haywire’la görüşür. Bu arada diğerleri de, Bellick’in Michael ve Sucre’ın boşalmış olan hücrelerini açık arttırmaya çıkarmasını engellemeye çalışmaktadır.

Michael revirin anahtarını ele geçirmek zorundadır, bunun için de eski bir tanıdığın yardımı gerekmektedir. Öte yandan Lincoln kendisini kaçıranın kimliğini nihayet öğrenir. Bu arada mahkûmlardan biri daha kaçış planından haberdar olunca işler iyice karışır.

Westmoreland, Michael’ın kaçış planını hızlandırmasını istemektedir. Planın ortaya çıkması an meselesidir. Öte yandan Michael, Sara’yı da plana karıştırıp karıştırmamak konusunda kararsız kalmıştır. Tweener’ın güvenilirliği ve sadakati test edilecektir. Bu arada Veronica kendisi ile işbirliği yapan kişinin Fox River hapishanesi mahkûmlarından biriyle bağlantısı olduğunu öğrenir.

Beklenen gece gelip çatmıştır. Yüksekteki teli kullanarak kaçmak için herkes artık hazırdır. Öte yandan Veronica ve Nick’in endişeleri vardır. Bu arada Ajan Kellerman, görüşme öncesi sakinleşmesi için başkan yardımcısı Reynolds’a yardım edecektir.

Kaçış süreci ilerledikçe tehlikeler de onları beklemektedir. Gardiyan Pope ve Bellick kaçanları yakalamak için arama başlatır. Bu arada Michael ve diğer mahkûmlar uçağa yetişmek zorundadır ve peşlerinde de polisler vardır. Veronica, Lincoln’un masumiyetini kanıtlayabilecek çok önemli bir delil ele geçirir. Bu arada Reynolds da otoritesini kaybetmekten korkmaktadır.