Michael Scofield látszólag rablást követ el, hogy bekerüljön a Fox River Állami Fegyintézetbe, ahol bátyját, Lincoln Burrowst hamarosan kivégzik egy bűncselekmény miatt, amit Michael szerint nem követett el. Michael terve az, hogy mindketten meg fognak szökni. A börtönön kívül Linc ex-barátnője, Veronica Donovan kezd nyomozni.

Charles Westmoreland szerint lázadás van előkészületben faji alapon a fehérek és a feketék között. Michael egy csavart akar megszerezni egy lelátóról, de problémája akad. Veronica kap egy biztonsági másolatot arról a szalagról, amin Lincoln lelövi Steadmant.

Michael beavatja cellatársát, Fernando Sucret a szökési tervébe, ám az nem akar részese lenni, így másik cellát kér. Zsebes bosszút fogad Michael ellen. John Abruzzi megzsarolja Michaelt.

Michael új cellatársat kap, Zakkantat, aki akadályozza a szökési terv megvalósításában. Sucre fél, hogy elveszti barátnőjét, ezért elhatározza, hogy ő is kijut a börtönből. Egy Nick Savrinn nevű férfi a segítségét ajánlja Veronicának.

Kellerman és Hale ügynök átszállítási utasítást ad Henry Popenak, hogy Michaelt egy másik börtönbe helyezzék át. Abruzzi is csatlakozik a szökésbe, és segítségével Michael tovább szövögeti tervét.

Mivel nincs elég ideje a fal kifúrására, Michael lázadást szít a rabok közt. Még Zsebes elfog egy őrt, Lincolnt Westmoreland menti meg a fegyencektől. Abruzzi és Sucre folytatják a fal kifúrását.

A lázadás a gyengélkedőre is átterjed, így Dr. Sara Tancredi is bajba kerül. Lincolnt egy kormány által megbízott rab próbálja megölni. Veronica, Nick, LJ és annak családjának élete is veszélyben forog. Zsebes és a túszul ejtett őr meglátja Michael cellájában a lyukat.

Bellick és Pope átvizsgál minden cellát a meggyilkolt őr miatt. Zsebes is bekerül a leendő szökevények közé. Michael nagy szívességet kér Westmorelandtől.

Egy fiatal rab érkezik a börtönbe, Tweener, akire Zsebes egyszerre "rászáll". Nick, LJ és Veronica bujkálni kényszerül. Abruzzi elveszíti Philly Falzone támogatását, és ezzel együtt a börtönmunka vezetését is. C-Note gyanút fog Michaelékkel kapcsolatban.

C-Note megtudja, mire készül a csapat, így Michael kénytelen bevenni őt is a szökésbe. Kellermant és Hale-t egy Quinn nevű ügynök váltja le, hogy megkeresse Veronicáékat. Michael elárulja Abruzzinak, hol van Otto Fibonacci így újra ők "uralhatják" a BM-et.

Michael kap egy tárgyat feleségétől, ami elengedhetetlen a szökéshez. Tweener segít Michaelnek. Westmoreland is csatlakozni akar a szökevényekhez, ugyanis megtudja, lánya rákos lett. Quinn megtalálja Veronicáékat.

Lincoln magánzárkába kerül, így Michaelnek változtatni kell a szökési tervén. Kellerman végez társával, Hale ügynökkel. Veronica a médiához fordul segítségért. Michael és csapata belevág a szökésbe.

A szökést le kell fújniuk, Lincoln kivégzése pedig egyre közeledik. Michael megbabrálja a villamosszéket, ám Bellick megtalálja a hibát. Veronica és Nick kérvényt nyújt be Terence Steadman testének exhumálásáért. Sara megkéri apját hogy tekintse át Lincoln ügyét.

Néhány új információ miatt Lincoln kivégzését az utolsó pillanatban elhalasztják. Michael új tervet kénytelen készíteni, látva a korábbi kivitelezhetetlenségét. Lincoln egy rég nem látott arcot próbál beazonosítani, akit kivégzése közben látott: apját.

Ebben a visszaemlékezős részben megtudhatjuk, hogy a különböző szereplők hogyan kötöttek ki a Fox River Állami Fegyintézetben: Zsebest az új szerelme, Susan Hollander, míg Sucrét bolti rablás miatt saját kuzinja adja fel, mivel féltékeny Sucre barátnőjére. C-Note illegális csempészetér, Lincoln pedig egy el nem követett gyilkosság miatt kerül börtönbe, mivel állítólag megölte az alelnök öccsét.

Michael nem árulja el, hogyan szerezte égési sérülését, ezért magánzárkába küldi Pope. Sucrét megbízza Michael, fedje be a "BM-lyukat", ám elkapják az őrök, így a két fivér mellé kerül – magánzárkába. Sucre unokatestvére, Manche is beszáll a szökésbe. Nick, LJ és Veronica visszatér New Glarusba, ahol LJ – egy kis magánnyomozás során – rátalál Kellermanra. Michael "átküldeti" magát Sarával az elmegyógyintézetbe.

Michael megpróbálja rávenni Zakkantat, pótolja tetoválása hiányzó részét. Geary ki akarja árusítani Scofield és Sucre celláját a legtöbbet kínálónak, ám mivel a leendő szökevényeknek nincs pénzük, Zsebes és C-Note egy pókerpartin próbál szerencsét. Lincolnnak megengedik, hogy beszéljen az elfogott LJ-vel.

Lincolnt apja, Aldo megmenti Kellerman karmai közül. Aldo elmondja, hogy egy bizonyos Cég áll a Steadman-gyilkosság hátterében. Michaelnek szüksége van a betegszoba kulcsára, így ismét felesége segítségét kéri. Abruzzi visszatér. Tweener felfedi Bellick előtt, mire készülnek Scofield-ék.

A megkötözött Bellick miatt Michael kénytelen előre hozni a szökést, ám idő és alternatívák nélkül belekeveri Sarát is. Tweener is csatlakozik a csapathoz. Veronica talál egy bizonyítékot, ami a montanai Blackfoothoz vezet.

Sara segít a szökés előkészületeiben. Michael megfenyegeti Pope-ot, küldje Lincolnt a gyengélkedőre. Nicket és apját megölik. Miután Lincoln is csatlakozott, a csapat belevág a szökésbe, ám csak nyolcan jutnak ki: Manche alatt leszakad a vezeték és elfogják, Westmoreland pedig belehal Bellicktől szerzett sérüléseibe, ám előtte elmondja, hová rejtett el 5 millió dollárt. Zakkant is megszökik a csapattal.

Veronica rátalál a teljesen egészséges Terrence Steadmanre. Az eddigi alelnököt, Steadman nővérét választják meg elnöknek. A börtönön kívül Abruzzi levágja Zsebes kezét, majd Zakkantat és Tweenert is hátrahagyva Lincoln, Michael, Sucre, Abruzzi és C-Note a repülőtérre siet – hiába: a repülőt lekésik, így menekülni kényszerülnek az őket üldöző hatóságok elől. Sara kómába esik a beszedett drogai miatt.