Майкъл Скофийлд, архитект-инженер, инсценира опит да ограби банка, за да влезе в държавния затвор Фокс Ривър, където неговият брат Линкълн Бъроус очаква да бъде екзекутиран заради обвинение в убийство, което не е извършил. Във Фокс Ривър Майкъл среща много затворници, които играят изключително важна роля в плана му да освободи брат си. Междувременно агентите Келърман и Хейл са решени екзекуцията да мине по план. Синът на Линкълн - Ел Джей, се забърква в неприятности в училище.

За да осъществи своя план за бягство, Майкъл търси подкрепа от затворниците със стабилни връзки. Планирано е бягството да се извърши по тръби от старата канализация на затвора. Скофийлд трябва да осъществи контакт с брат си, който е в съвсем друго и строго наблюдавано крило на затвора. Междувременно адвокатката Вероника Донован се опитва да разследва убийството на брата на Вицепрезидента и да разясни на себе си и на света - натопен ли е Линкълн в политически заговор и ако да, кой стои зад всичко това? 

Финалната част от плана за бягство на Майкъл Скофийлд е лазарета. Майкъл изобретява начин, по който редовно да посещава крилото. Там той се запознава с докторката Сара Танкреди, която започва да играе все по-голяма роля в затворническият му живот, а и извън него. Майкъл претърпява инцидент с Абруци. Все повече хора ще бъдат замесени в бягството, което излага планът на риск. Пътищата на Скофийлд се преплитат непрекъснато със затворникът Ти-Бег и надзирателят Белик. Сукре не желае да е в една килия с Майкъл, защото не иска да става съучастник в толкова рисковано начинание. 

Вероника Донован решава да стигне до края на историята "Линкълн Бъроуз”. Тя няма представа в какво се забърква и има нужда от помощ. Всеки един свидетел, който може да помогне за разкриването на случая изчезва, всеки запознат отказва съдействие. За това Вероника се обръща към организация, бореща се срещу смъртното наказание. В разкриването на случая се включва и Ник Саврин. Двамата посещават Линкълн в затвора. Майкъл има нов съкилийник - нова потенциална опасност планът му да бъде разкрит. 

Агентите Келерман и Хейл изнудват директора на “Fox River” - Поуп. Те желаят Линкълн Бъроуз да бъде преместен в друг затвор. Майкъл предвкусва свободата, но неговият план трябва да бъде отложен. Той трябва да направи всичко възможно да задържи брат си в затвора, защото иначе няма начин да го спаси от изпълнението на смъртната присъда, която наближава. Вероника Донован е загрижена за своята безопасност и безопасността на хората около нея. Разкритията започват!

В затвора се надига недоволство от страна на затворниците. И най-малкото спречкване е способно да създаде напрежение и да пресече границата на мира. За да избяга от затвора Майкъл трябва да премине през стара и неизползваема канализация, но между тръбата на канализацията и дупката в килията му го дели една стена. Планът на Скофийлд за разбиване на тази стена, води до затворнически бунт. Надзирателите не могат да се справят срещу затворническото недоволство. Цели отсеци на “Fox River” са завзети от закононарушителите. Директорът трябва да взима бързи и правилни решения. В опасност е доктор Сара Танкреди и Майкъл се впуска да я спасява от обезумелите затворници. Линкълн Бъроуз е в смъртна опасност. 

Бунтът продължава. Затворниците са заловили надзирател, който става става свидетел на плана за бягство на Майкъл. Ти-Бег иска кръв. Абруци помага на Сукре за доразбиването на стената. Скофийлд спасява доктор Танкреди и се опитва да я защити от все още преследващите я затворници. Губернаторът настоява в затвора да нахлуят специалните части, а Белик критикува начина на управление на директора Поуп. Вероника Донован прави нови разкрития, заради които страдат близките ѝ.

Майкъл продължава със следващият етап на бягството. Планът трябва да се осъществи, като част от затворниците преминат през дупка в стаята на надзирателите. Как ще успеят да минат от там, без значките да ги видят? Как ще изкопаят цяла дупка, без никои да ги чуе? За целта Майкъл ще използва собственият си ум и помощта на Уестморлaнд. Вероника Донован и Ник Саврин търсят укритие от агентите Келeрман и Хейл. ЕлДжей е в опасност, обвинен и издирван за убийство, което не е извършил.

Абруци е заплашен от Белик с това, че повече няма да управлява екипа по поддръжката. Ако Абруци не управлява екипа, плана за бягство на Майкъл се проваля. Белик иска пари, а за да има тези пари Абруци трябва да разбере къде е човека заради когото лежи в затвора - Фибоначи. Само Скофийлд знае къде е Фибоначи. Ти-Бег прави затворническият живот на своята нова "риба” (нов затворник) непоносим. Новото момче е на прага на самоубийството и моли Майкъл за помощ. Ако Скофийлд обаче се намеси в работите на Ти-Бег, дълго планираното бягство ще бъде издадено на надзирателите.

Абруци прави всичко възможно за да си върне екипа по поддръжката. Майкъл е поставен между това да избира: да предаде невинният Фибоначи в ръцете на мафията или да провали бягството на себе си и брат си. Вероника и Ник стигат до впечатляващи разкрития за произхода и значението на парите на Стедман - човекът, заради когото Линкълн е осъден на смъртна присъда. Агентите Келерман и Хейл са принудени в работата им да се включи още един човек, чиято помощ според тях е ненужна.

Майкъл има интимно посещение от своята жена, привилегия на всеки женен затворник. Целта на посещението е тя да му даде тайно кредитна карта, на пръв поглед обикновена. Белик забелязва съпругата на Майкъл и тя му изглежда някак си много позната. Скофийлд научава, че един от надзирателите е откраднал часовникът му и той трябва да намери помощ за да си го върне обратно. Вероника, Ник и ЕлДжей са заловени от агент Куин (помощникът на Келерман и Хейл). Той се опитва да разбере от тях, кой друг знае за политическата конспирация, чиято жертва е Линкълн Бъроуз.

Кървящият Абруци е транспортиран от доктор Сара Танкреди до болницата. Екзекуцията на Линкълн трябва да се извърши по разписание след ден. Вероника Донован решава да излезе от прикритието си и да покаже на света, че е жива. За нея се появява нова надежда да оневини Линкълн, като представи публично доказателствата, които е събирала до сега. Агент Келерман прави крайна жертва за да запази конспирацията в тайна.

Майкъл и останалите затворници от групата са принудени да се върнат по своите килии. Планът е провален. Металната тръба, през която Майкъл планира да стигне до лазарета е поправена. Вероника и Ник апелират към съдията, смъртната присъда на Линкълн да бъде отменена. Майкъл замисля план за отлагането на присъдата на брат си. Сара се обръща за помощ към баща си, губернатора, и го осведомява за "случая Бъроуз”. Ако губернаторът намери присъдата на Линкълн за крайна, той може я отмени. Майкъл се опитва да се пребори с отчаянието и да присъства на предстоящата екзекуция.

Малко преди екзекуцията на Линкълн да бъде извършена, той вижда баща си в стаята за наблюдение. Секунди по-късно, телефона позвънява и екзекуцията е отменена. Отменя я съдията - Кеслър, който намира доказателство по случая, подхвърлено от неизвестно лице. Съдията нарежда ексхумация на тялото на Стедман. Майкъл създава нов, още по-опасен план за бягство, част от който включва преминаване през двора на затвора. Инцидент поставя Майкъл и планът му на сериозна опасност.

Ретроспекция - показва какво се е случило с Майкъл, Линкълн, Сукре, Ти-Бег и Си-Ноут преди да влязат в затвора, и накратко - какви престъпления са извършили, с какво са се занимавали, какво се е случило с Линкълн във вечерта преди да стане жертва на конспирацията, как Майкъл създава плана за бягство и какви са отношенията с брат му. Научаваме още, защо доктор Сара Танкреди решава да постъпи на работа във “Fox River”. 

Майкъл е пострадал сериозно. Част от картата за бягство върху гърба му е унищожена. Ако картата не бъде възстановена, плана за бягство не може да бъде осъществен. Майкъл отказва да даде обяснение на Поуп за инцидента, при който е ранен и затова е заключен в карцера докато не реши да говори. Сукре трябва да запълни дупката в стаята на надзирателите за да не бъде открита. 

За да си спомни липсващата част от своята татуировка, Майкъл се мести в психиатричното отделение за да потърси помощ от бившият си съкилийник - Хаиуайър. Сукре е в карцера. Линкълн напуска стените на затвора за да се види със сина си чрез ескорт от надзиратели, Келерман решава да се възползва от това. Си-Ноут и Ти-Бег трябва да направят всичко възможно, планираното бягство да не бъде разкрито.

Майкъл се опитва да вземе ключът от лазарета, защото пътят за бягството минава оттам. Линкълн е отвлечен от човека, когото е смятал за мъртъв – баща си, агент Келерман се опитва да ги открие преди полицията за да ги убие. Абруци се завръща в затвора за изненада на останалите от групата за бягство. Ти-Бег е притеснен за живота си. Майкъл се сближава още повече с доктор Сара Танкреди, и двамата изпитват чувства един към друг. Белик настоява лично да се заеме с търсенето и залавянето на Линкълн.

Белик научава от своя доносник, че Майкъл и екипът по поддръжката ( ЗИ ) бягат. Уестморланд напада Белик, за да не издаде надзирателят всичко, което знае. Майкъл и екипът по поддръжката трябва да избягат по рано от предвиденото, той е принуден да разкрие плана на доктор Сара Танкреди, за да я обеди да остави вратата на лазарета отключена в нощта на бягството. Абруци няма намерение да осигури превоз за всички от групата след бягството, той иска Фибоначи. Ник насочва оръжие срещу Вероника, и я принуждава да остане с него за да я предаде на хората, за които работи.

Всички са готови за финалният спринт - да минат през лазарета и оттам през стените на затвора. Към групата на Майкъл се присъединяват и някои доста нежелани затворници, които биха изложили бягството на риск. Вероника се опитва да убеди Ник, че това което прави за хората на Абруци е неправилно. Стедман е жив и ако Вероника бъде освободена ще се опита да стигне до него. Агент Келерман се опитва да успокои Вицепрезидент Рейнолдс, защото и предстои важен дебат, поста и е силно застрашен.

Бягството на Майкъл и останалите е в прогрес. Обстановката е допълнително усложнена от своеволностите на Ти-Бег и присъствието на Хаиуайър. Директорът на Fox River, Уордън Поуп и Капитан Брад Белик са по следите на бегълците. Нарушителите трябва да стигнат по-бързо до самолета които ги чака, защото полицията ги преследва. Вероника Донован пристига на място, за което се предполага, че е жилище на Терънс Стедман. Вице Президент Рейнолдс се тревожи от факта, че губи своята власт и авторитет.