În penitenciarul Sona, Michael se pune rău cu regele închisorii. Căutarea Sarei de către Lincoln are repercusiuni grave.

Michael încearcă să îl apere pe James Whistler, coleg de suferință, care îi poate deschide calea către libertate lui Michael. Între timp, Lincoln o verifică pe Sofia.

După ce intră într-un impas, Michael află mai multe despre Whistler, care îi spune acestuia adevărul. Între timp, Lincoln încearcă să îi salveze pe Sara și LJ.

Mahone începe să aibă halucinații, iar T-Bag urcă în ierarhia închisorii. Michael pune în mișcare planul de evadare.

Michael încearcă să evadeze ca la carte. În penitenciar sosește un nou deținut care ar putea ști câte ceva despre trecutul lui Whistler.

Whistler e acuzat de crimă exact înainte de evadare. Mahone primește o ofertă mai bună, iar Lincoln și Sofia trebuie să-l adoarmă pe gardian.

Loialitatea nu e eternă, iar Michael și Whistler sunt nevoiți să lupte până la moarte. Puterea lui Lechero este compromisă.

Susan face o încercare disperată de a-l scoate pe Whistler din Sona cât mai curând, iar planul îi face pe toți ceilalți dispensabili.

Noul director de la Sona îl bagă pe Michael la carceră, însă îi oferă și o rază de speranță. Mahone și T-Bag se alătură grupului care vrea să evadeze prin tunel.

Michael, Mahone, Whistler și Lechero încearcă să scape prin tunel. Sofia descoperă un portofel ascuns în geanta lui Whistler.

Michael aduce ultimele retușuri planului de evadare, însă camarazii săi încep să dea înapoi. Whistler ia în calcul o trădare când Sofia este amenințată.

Michael, Whistler și McGrady evadează din închisoare, însă planul ia o turnură proastă, iar schimbul este compromis.

În finalul sezonului al treilea, LJ și Whistler sunt schimbați, însă surprizele se țin lanț. Uneltirile lui T-Bag dau în sfârșit roade.

Căutând să răzbune moartea Sarei, Michael primește vești incredibile. T-Bag este abandonat în Mexic în timpul fugii sale pentru a-și găsi libertatea.

Grupul trebuie să pătrundă în casa bine păzită a lui Stuart Tuxhorn, un om al Companiei. T-Bag trebuie să facă totul pentru a supraviețui.

Michael și echipa au o zi la dispoziție pentru a găsi următorul posesor de card. Mahone vrea să se răzbune pe Wyatt.

Pentru a găsi următorul card, Michael, Lincoln și Sucre trebuie să se strecoare la un eveniment caritabil al poliției. T-Bag trezește suspiciuni în prima zi de muncă.

Cu ajutorul lui Don, grupul trebuie să pătrundă în Trezorerie pentru a găsi următorul card Scylla. Gretchen reușește să scape.

Mahone este arestat, punând în pericol tot grupul și îndreptând atenția lui Wyatt spre el. Minciunile lui T-Bag ies la iveală.

Lincoln, Sucre, Sara și Roland urmăresc un deținător de card în Las Vegas, unde dispozitivul lui Roland este confiscat după ce este prins folosindu-l la jocuri de noroc.

Este pus la cale un plan pentru a obține ultimul card de la general, ajungându-se astfel la o alianță nedorită cu Gretchen. Însă există un trădător printre ei.

Grupul trebuie să treacă printr-o conductă principală de apă de mare capacitate pentru a ajunge la Scylla. Între timp, T-Bag este interogat.

Michael leșină și este dus la spital, iar Sucre calcă pe o mină. Secretul surprinzător al lui Trishanne iese la iveală.

Grupul își continuă planul de a fura Scylla, în ciuda stării lui Michael. Între timp, Gretchen are probleme când vrea să pună mâna pe al șaselea card.

Michael și ceilalți reușesc să obțină ultimul card Scylla chiar din sediul Companiei. Aceștia au parte însă de o surpriză teribilă.

Grupul încearcă să facă față trădării lui Don, iar Lincoln e capturat. Don le ține pe fiica și pe sora lui Gretchen ostatice, astfel obligând-o pe aceasta să îl ajute.

Don și Gretchen, dar și Michael și Compania caută dispozitivul Scylla. T-Bag ține ostatică familia lui Gretchen și e nevoit să ia o decizie dificilă.

În timpul operației, Michael are viziuni cu Westmoreland. Lincoln și Sucre încearcă să recupereze Scylla înainte ca Don și Gretchen să vândă dispozitivul.

Lincoln, Don, Gretchen și T-Bag merg la Miami pentru a recupera Scylla. Michael face o descoperire șocantă despre mama lui în timp ce e ținut captiv.

Compania îi pune pe Lincoln, Mahone, T-Bag și Don să concureze împotriva lui Michael și a Sarei pentru a recupera Scylla și toate drumurile duc la mama celor doi frați.

Michael și Lincoln se ceartă cu privire la Scylla, iar Christina își pune planul în aplicare. T-Bag face o scenă la ambasada indiană.

Michael are o revedere dificilă cu Christina, care îi dă o veste șocantă despre Lincoln, iar Lincoln încearcă să oprească planul mortal al Christinei.

La hotelul Panda Bay se instaurează haosul după ce are loc un asasinat la conferința despre energia globală.

Vechi prieteni revin în joc pentru a-l ajuta pe Michael să distrugă Compania, iar Lincoln face o descoperire despre relația sa cu Michael.

Generalul îi prinde pe cei doi frați și mărește miza răpindu-le și mai multe rude, dar Michael fuge cu tot cu dispozitivul Scylla.