Tại nhà tù Sona, Michael chống lại luật lệ của trùm tội phạm trong tù. Ở một diễn biến khác, việc tìm kiếm Sara của Lincoln có kết quả thật kinh khủng.

Michael cố gắng bảo đảm sự an toàn của gã bạn tù James Whistler, người nắm giữ chìa khóa cho sự tự do của Michael. Trong khi đó, Lincoln điều tra Sofia.

Michael thấy trước mắt toàn là ngõ cụt nhưng tìm hiểu thêm được nhiều điều về Whistler, người nói với Michael sự thật. Trong khi đó, Lincoln cố gắng giải cứu Sara và LJ.

Khi Mahone bắt đầu gặp ảo giác và T-Bag leo lên vị trí cao hơn trong nhà tù, Michael bắt đầu thực hiện kế hoạch vượt ngục.

Michael cố gắng thực hiện một cuộc vượt ngục thành công. Trong khi đó, một tù nhân mới đến có thể biết điều gì đó về quá khứ của Whistler.

Whistler bị buộc tội giết người ngay trước cuộc vượt ngục. Sau đó, Mahone được đề nghị một thỏa thuận tốt hơn còn Lincoln và Sofia phải chuốc thuốc gã lính canh.

Lòng dạ thay đổi rất nhiều khi Michael và Whistler bị buộc phải chiến đấu đến chết. Trong khi đó, sức mạnh của Lechero bị tổn hại.

Susan thực hiện nỗ lực một mất một còn để đưa Whistler ra khỏi Sona ngay lập tức – và kế hoạch này khiến mọi người khác phải thí mạng.

Một cai ngục mới ở Sona tống Michael vào khu biệt giam nhưng cuối cùng lại mang đến cho anh hy vọng. Sau đó, Mahone và T-Bag tham gia vào nhóm vượt ngục qua đường hầm.

Michael, Mahone, Whistler và Lechero cố gắng tẩu thoát qua đường hầm. Trong khi đó, Sofia phát hiện ra một chiếc ví được giấu trong túi của Whistler.

Khi Michael chốt kế hoạch vượt ngục, những kẻ đồng mưu của anh bắt đầu quay sang đâm chọc. Trong khi đó, Whistler cân nhắc ý định phản bội khi Sofia bị đe dọa.

Michael, Whistler và McGrady trốn thoát khỏi Sona – nhưng không phải mọi thứ đều diễn ra theo kế hoạch, và vụ trao đổi có nguy cơ xôi hỏng bỏng không.

Mùa ba kết thúc với việc LJ và Whistler được trao đổi, nhưng còn nhiều bất ngờ hơn đang chờ đón. Trong khi đó, âm mưu của T-Bag cuối cùng cũng được đền đáp.

Michael nhận được tin không thể tin được khi anh tìm cách trả thù cho cái chết của Sara. Trong khi đó, T-Bag bị bỏ lại một mình ở Mexico trong chuyến bay đến với tự do.

Cả nhóm phải đột nhập vào ngôi nhà được bảo vệ kỹ lưỡng của Stuart Tuxhorn, người của Công ty. Ở một diễn biến khác, T-Bag phải làm mọi cách để tồn tại.

Michael và cả nhóm có một ngày để xác định vị trí của người giữ thẻ tiếp theo, nếu không họ có thể phải quay trở lại nhà tù. Trong khi đó, Mahone tìm cách trả thù Wyatt.

Để có thẻ dữ liệu tiếp theo, Michael, Lincoln và Sucre trà trộn buổi từ thiện của cảnh sát. Trong khi đó, T-Bag khơi dậy sự nghi ngờ vào ngày đầu tiên làm công việc mới.

Cả nhóm, với sự giúp đỡ của Don, phải đột nhập vào két sắt tại Kho bạc để lấy tấm thẻ Scylla tiếp theo. Ở một diễn biến khác, Gretchen trốn thoát thành công.

Mahone bị bắt, khiến cả nhóm gặp nguy hiểm – và Mahone lọt thẳng vào tầm ngắm của Wyatt. Trong khi đó, màn kịch của T-Bag bị phát hiện.

Lincoln, Sucre, Sara và Roland lần theo một kẻ giữ thẻ Scylla đến Las Vegas, nơi thiết bị của Roland bị tịch thu sau khi anh ta bị bắt quả tang đang đánh bạc.

Một kế hoạch táo bạo được ấp ủ để lấy được tấm thẻ cuối cùng từ Pad Man và một liên minh bất đắc dĩ được thành lập với Gretchen – nhưng có một kẻ phản bội trong hàng ngũ.

Nhóm cần tìm đường xuyên qua một ống nước 113.000 lít để đến Scylla. Trong khi đó, T-Bag đang phải đối phó với một cuộc điều tra.

Michael ngã gục và phải đến bệnh viện. Ở một diễn biến khác, Sucre giẫm chân lên một chuỗi mìn và bí mật bất ngờ của Trishanne được khám phá.

Nhóm thực hiện kế hoạch đánh cắp Scylla, cùng với một Michael đang ốm yếu. Trong khi đó, Gretchen gặp thất bại trong việc lấy được tấm thẻ thứ sáu.

Michael và cả nhóm lấy được Scylla thành công từ sâu bên trong trụ sở Công ty – nhưng một bất ngờ khủng khiếp đang chờ đón họ.

Khi cả nhóm đối diện với sự phản bội của Don, Lincoln bị bắt. Trong khi đó, Don buộc Gretchen phải giúp anh ta bằng cách giữ con gái và chị gái cô làm con tin.

Don và Gretchen, Michael và Công ty đều theo đuổi Scylla. Ở một diễn biến khác, T-Bag phải đưa ra một quyết định khó khăn khi anh ta giữ gia đình Gretchen làm con tin.

Khi Michael trải qua phẫu thuật, anh hồi tưởng lại hình ảnh về Westmoreland. Trong khi đó, Lincoln và Sucre cố gắng lấy lại Scylla trước khi Don và Gretchen bán nó.

Lincoln, Don, Gretchen và T-Bag đến Miami để lấy lại Scylla. Ở một diễn biến khác, Michael biết được điều gì đó gây sốc về mẹ mình khi anh đang bị giam cầm.

Công ty ép Lincoln, Mahone, T-Bag và Don phải chống lại Michael và Sara trong cuộc đua giành lại Scylla – và mọi con đường đều dẫn đến chỗ mẹ của hai anh em.

Michael và Lincoln bất đồng vì Scylla khi Christina khởi động kế hoạch của mình. Trong khi đó, T-Bag gây náo loạn tại đại sứ quán Ấn Độ.

Michael có cuộc đoàn tụ không mấy thoải mái với Christina và bà có tin sốc về Lincoln. Ở một diễn biến khác, Lincoln nỗ lực ngăn chặn kế hoạch chết người của Christina.

Khách sạn Panda Bay trở nên hỗn loạn sau một vụ ám sát tại hội nghị năng lượng toàn cầu.

Khi những gương mặt quen thuộc quay trở lại để giúp Michael thực hiện sứ mệnh hạ bệ Công ty, Lincoln đã khám phá ra mối quan hệ của mình với Michael.

Sau khi đại tướng tóm được hai anh em và tăng thêm phần kịch tính bằng cách bắt cóc thêm người thân của họ, Michael đã trốn thoát cùng với Scylla.