Michael får fat i nogle kemikalier til sin flugtplan. Haywire udvikler en ubehagelig fascination af Michaels tatovering, og Veronica får yderligere juridisk assistance i sin efterforskning.

Michael forsøger at forsinke Lincolns henrettelse ved at pille ved den elektriske stol, men han fejler, og tiden er ved at løbe ud.

Michael forsøger at regne ud, hvordan han får fingre i Saras nøgle til ambulatoriet. Lincoln hører om sin fars rolle i de begivenheder, der har ødelagt hans liv.

Michael tvinger Pope til at flytte Lincoln til ambulatoriet. De flygtende når sikkert frem til Saras ulåste kontor og Westmoreland afslører sin store hemmelighed.

Mahone bruger LJ som lokkemad for at fange Lincoln og Michael, T-Bag får sin afhuggede hånd tilbage, og en desperat redning på målstregen bringer brødrene ansigt til ansigt med deres forfølger.

Kellerman arrangerer et møde mellem Michael, Lincoln og Steadman, men det går ikke helt som planlagt. Bellick bliver uvenner med den forkerte fange i Fox River.

Endnu en fange bukker under, men først går Michael, Lincoln, Kellerman og Sara ombord på et tog mod Chicago, og Bellick får en særdeles velkommen gæst på besøg i Fox River.

Sara er i retten, Michael er fast besluttet på at få de fem millioner og på at standse T-Bags terrorregime. Kellerman ser sine dæmoner i øjnene, og Lincoln og Mahone ender i en konfrontation.

Michael forsøger at beskytte Whistler, og Lincoln efterforsker Sophia.

Michael, Mahone, Whistler og Lechero forsøger at flygte gennem tunnellen, og Lincoln og Sucre undervurderer Susan.

LJ og Whistler bliver endelig udvekslet, men der er flere overraskelser i vente. T-bags planer giver endelig pote.

Michael falder over utrolige nyheder, da han søger hævn over Saras død. Michael og Lincoln får et uimodståeligt tilbud fra Homeland Security. Mahone lider et frygteligt tab.

Lincoln, Self, Gretchen og T-Bag tager til Florida for at få fat i Scylla. Michael, som bliver holdt fanget af The Company, får uventede oplysninger om sin mor.

Michael har en sidste konfrontation med sin mor, og modtager et tilbud om hjælp fra Kellermand, der måske er for godt til at være sandt.