Когда Окно Времени наконец отремонтировано, черепахи входят в него, чтобы отправиться домой. Вместо того, чтобы вернуться в логово, они оказываются с Вайрел, которая сбежала изнутри Серлинга. Вайрел берет под свой контроль временной портал, отправляя черепах в разные точки истории, надеясь, что они будут устранены. Тем не менее, Майк обманывает её, чтобы взять их в не слишком отдаленное будущее, где Тэнгу-Шреддер, Шреддер-Утром и неизвестный третий Шреддер сражаются за контроль с конкурирующими кланами Фут.

Черепахи воссоединяются с Кейси Джонсом и Эйприл О’Нил, которые сообщают им, что они пропали без вести в течение целого года. Все пытаются приспособиться к эпохе низких технологий, в то время как Донателло начинает строительство устройства для входа в киберпространство, чтобы получить биты данных мастера Сплинтера. Кейси посещал школу боевых искусств, возглавляемую Кханом, преданным оперативником клана Фут, который вербует и промывает мозги своим ученикам, чтобы восстановить Фут. Несмотря на вмешательство черепах, надежды Кхана возобновляются, когда Кибер-Шреддер вступает с ним в контакт из киберпространства.

Черепахи путешествуют в киберпространство, чтобы спасти как можно больше битов данных мастера Сплинтера, используя новые кибернетические доспехи и оружие, разработанное Донателло. Однако на их пути есть серьезное препятствие: Кибер-Шреддер. И он не намерен позволить своим самым ненавистным врагам вернуться домой, в реальный мир.

Примечание: Караи появляется в воспоминаниях вместе со своим приемным отцом, Утромом-Шреддером

Кейси и Рафаэль отправляются в Чайнатаун, чтобы найти обручальное кольцо для Эйприл. Однако, поскольку Хан ищет магическое кольцо, которое может вызывать монстров, в качестве меры предосторожности против Кибер-Шреддера, владелец магазина дает его Кейси. Кольцо заставляет зло расти в Эйприл, пока она не превращается в монстра; Хан сильно избит, заставляя его сдаваться. Сумев снять кольцо с Эйприл, Кейси удается спасти её. Владелец магазина дает ей настоящее обручальное кольцо, и они с Кейси обручены.

В то время как Донателло фокусируется на сборе битов данных Сплинтера, его братья оказываются втянутыми в войну между Футами и Пурпурными драконами; Бакстер Стокман взломал финансирование Футов для Пурпурных драконов. Кибер-Шреддер захватывает роботизированное тело Стокмана. Стокман покидает тело, научившись никогда не устраиваться в нём слишком удобно. Тело Стокмана оказывается грозным под контролем Кибер-Шреддера, принимая все атаки, которые они бросают на него. Стокман связывается с Донателло, информируя его о ситуации; Донни временно отказывается от извлечения битов данных Сплинтера и отвлекает Кибер-Шреддера, позволяя Бакстеру загружать брандмауэр, чтобы удержать Шреддера в ловушке в киберпространстве.

Serling, desperate to return to his own time, builds a makeshift Time Window.

Кибер-Шреддер создает прототип киберпортала, чтобы сбежать из киберпространства. Он посылает животных, которые мутируют и атакуют Нью-Йорк, заставляя черепах устранить беспорядок и остановить Кибер-Шреддера от становления реальным ещё раз. Когда кажется, что Кибер-Шреддер усовершенствовал портал, Донателло взламывает его, заставляя Шреддера расти и искажать момент, когда он материализуется в реальном мире. В конце концов, Кибер-Шреддер изгнан обратно в киберпространство.

The Turtles find more of Splinter's lost data bits, but they are embedded in the interface of Mikey's favorite online video game, SuperQuest.

Shredder makes the turtles believe they have left cyberspace, when they are really still there giving him important information about how to build a portal.

Кибер-Шреддер взламывает компьютерную инфраструктуру Нью-Йорка, беря под контроль все электронные устройства в городе и эффективно завоевывая его. Тем временем черепахи обнаруживают, что Хан и Пурпурные драконы подверглись нападению. Как только они поняли, что Фут стоит за всем этим, черепахи сражаются по всему Нью-Йорку, чтобы восстановить компьютерную инфраструктуру. Они борются с Кибер-Шреддером и преуспевают в том, чтобы убить его, заставляя Футов бежать. Однако, оказавшись в одиночестве, тело Шреддера выступает из шипа, пронзая провод и выпуская в него электрический ток.

The Justice Force asks Raph to join their ranks after he gets a cape that gives him super powers.

Черепахам удается собрать все данные мастера Сплинтера и реконструировать его в реальности. Неведомо для них, Кибер-Шреддер поместил вирус в биты данных, в результате чего в ухе Сплинтера появился маячок, позволяющий ему отслеживать черепах на ферму Эйприл. Там и Эйприл, и Кейси счастливы, что Мастер Сплинтер вернулся, сделав их день свадьбы завтра ещё лучшим днем, пока Шреддер и Фут не решат испортить вечеринку. После обнаружения, что цифровое ядро Вайрел все ещё существует в нём, Кибер-Шреддера убивают декомпилятором, заставив Кхана и Фут бежать. Свадьба возобновляется с гостями из разных измерений, миров и времен. Крысиный Король, агент Бишоп, Коди Джонс, Даймио и Великий Ниндзя, и Ренет все смотрят издалека или с помощью технологических или магических средств.