После финальной битвы со Шреддером, черепашки идут на поправку, но они всё ещё сильно ранены. У кого то сломаны ноги, у кого то руки, а у кого и плечи. Но кто-то вообще поджарен. Но тем не менее у черепашек появился редкий момент отдохнуть. А не тут то было. К Кейси приезжает некий Кузен Сид, который связался с пурпурными драконами. И который пообещал им наследство дома Джонсов. Черепашки за исключением Рафа, даже раненные расправляются с драконами. Но в итоге оказывается что наследства не было.

Черепашки идут на поправку, они уже могут ходить, и бегать. Они встречают девушку то ли из другой реальности, то ли с другой планеты. Но она тут не одна, и черепашкам придётся сразится с силами стихий.

В городе объявляются какие то то ли ангелы, то ли архангелы, один из них хороший, а другой плохой, можно сказать демон. Между их народами идёт война, и он просит у черепашек помощь. Черепашки идут примерять новые костюмы.

Эйприл начинает чувствовать что-то странное. Какие то видения преследуют её повсюду, и люди-рыбы. Которые живут в озере рядом с домом.

Пурпурные драконы находят мутанта, который был моряком, и отправляют его в «свободное плавание», черепашки гонятся за ним, он постепенно вспоминает прошлую жизнь. В итоге Лео говорит отпустить его.

Тот самый гамбит Бишопа не погиб. Он потерял память, но частично воспоминания проскальзывают в голове в виде видений. Он стал управлять крысами, и можно сказать стал Крысиным королём. Черепашки решили прогуляться и поиграть в прятки, в местностях где обитает крысиный король. Последний ловит Майки и натравливает на него крыс, но черепашка спасается. Братья решают разобраться во всём, и в итоге уходят. А король так и остаётся там, говоря что он ещё долго будет снится им в кошмарах, и что он-Монстр.

За Майки приходит тот кого он победил в битве Нексуса, и просит реванша. Но в прошлый раз Майки победил его случайно. А в этот раз случайность вряд ли произойдёт. Тем временем родственники противника пытаются украсть сына Даймио тем самым надавив на него в личных целях.

В Нью-Йорке Хэллоуин. Это единственный день в году, когда черепашки могут спокойно ходить по улицам днём, и не боятся что их раскроют ведь можно сказать что это костюмы. Но в этот раз в городе стали появляться не просто дети в костюмах, а настоящие монстры.

У Бишопа в лаборатории есть пришельцы пойманные аж в 40ых годах. И сейчас Бишоп их разбудил и использует в личных целях. А черепашки должны его остановить.

Хан проворачивает очередную операцию. Кейси с панцирными друзьями решает схватить его. Лео становится злее. Кейси устраивает с Ханом битву на грузовике, и решает отомстить за магазин отца.

Никто продолжает борьбу с преступностью.

К черепашкам приходит в гости Усаги со своим другом носорогом. Который спокойно выходит на улицы Нью-Йорка и сражается со злодеем.

На тренировке Лео сильно разозлился, и когда мастер Сплинтер сказал что в нём слишком много гнева, и ему нужно многому научится, Лео сказал что он уже всему научился, и Лео ранил сенсея. Сплинтер сказал что Лео прав, и что ему пора учится у другого учителя, кем является Старейший. Он учил мастера Йоши. И Лео отправился в длинный путь, в ходе которого он столкнётся с великанами, противным толстым и вонючим стариком, и в итоге Лео поймёт что он не смирился с тем что тогда во время последней битвы со Шреддером он не смог помочь братьям и сенсею, он ничего не мог сделать, но теперь он смирился с этим.

Прошло время, Лео всё ещё не вернулся. На дом черепашек нападает…Шреддер! На самом деле, это Караи, которая одела доспехи отца, и отомстила тем, кто разрушил все его планы. Она разбивает шар Сплинтера который ему подарили утромы, и ранит сенсея. Донни уезжает со Сплинтером на подлодке. Но воины Караи подбивают и взрывают их! Раф уезжает на броневездеходе черепах, но его подрывают воины Караи. А Майки уезжает на буре, с котёнком Кланком. Но воины Караи подрывают его бур, и окончательно разрушают дом черепашек. Караи уничтожила почти всех, остался Леонардо.

Леонардо возвращается домой и находит, что логово лежит в руинах, а его семья пропала без вести. Его поиск ответов и его семья в конечном итоге привели его к осознанию того, что Караи больше не является союзником.

После вторжения, организованного агентом Бишопом, генетический материал реплицированных пришельцев соединяется с обитателями канализации и окружающих водных путей, вызывая вспышку мутантов. Опасаясь распространения эпидемии, Бишоп посылает Бакстера Стокмана сдержать угрозу. Тем временем черепахи ищут предметы для обустройства своего нового логова, но теперь должны столкнуться с угрозой нападения мутантов, во время которого один из них задел Дона.

Эйприл находит одну вещь, и вспоминает о дяде Огги который бесследно пропал. Эйприл с Доном так же бесследно пропадают.

Лео рассказывает братьям историю о Мастере Йоши.

У Саванти Ромеро скипетр времени, и он решает отомстить черепашкам.

Рене помогает черепашкам. Битва с Саванти началась.

Черепахи продолжают бороться с, казалось бы, непреодолимой вспышкой мутантов, но они оставляют Донателло под присмотром Эйприл и Кейси, когда он становится очень больным. Однако болезнь Донателло — это не просто простуда; он находится на заключительной стадии вторичной мутации, которая превращает его в дикого зверя, для захвата которого другие черепахи и Кожеголовый должны работать вместе. Тем временем Бишоп поднимает мозг Стокмана со дна Ист-Ривер и воскрешает Стокмана в теле полумонстра-полукиборга.

Когда становится очевидно, что вторичная мутация Донателло вызывает дегенерацию его тела, черепахи и Кожеголовый соглашаются, что они должны пойти прямо в штаб-квартиру агента Бишопа, чтобы потребовать лекарство. Этот сценарий оказывается случайным, так как Бишоп предлагает помочь черепахам, если они извлекут древнюю технологию у Футов.

Черепахи соглашаются на предложение Бишопа в обмен на лекарство от вторичной мутации Донателло. Они участвуют в проникновении в штаб-квартиру Футов и извлечении сердца Тэнгу. Однако у Бишопа нет лекарства для Донателло, и возвращение сердца Тэнгу оказывается основой для плана, который даже Бишоп не понимает.

Черепашки гуляют по крышам зданий, чтобы Донателло смог ускорить восстановление после излечения от вторичной мутации. Неожиданно они понимают что за ними следят. На них напали какие то деревянные роботы-ниндзя. Братья дают сильный отпор, но ниндзя их вырубают. Сплинтер чувствует что-то неладное и встречается со старейшим. Черепашки очнулись в какой-то клетке. Выйдя из неё они нашли свои оружия, и взяли их. Они встретили группу людей которые тоже не понимают что происходит. Все они идут в какую то комнату. Там целых 5 Шреддеров. Оказывается что это легендарный Трибунал Ниндзя и что они хорошие ребята. Они просят черепах о помощи.