The Turtles find themselves teleported to the alien world of D'Hoonibb, where they immediately are caught up in a war between the Triceraton Republic and the Galactic Federation. The Turtles end up on the Triceraton home world, and after saving Honeycutt, are teleported back to Earth by the Utroms. The aliens reveal themselves to be benevolent and reunite the Turtles with Splinter. In the wake of the Shredder's defeat, a gang war erupts over control of his lost territory by the remainder of the Foot Clan, Hun and the Purple Dragons, and the New York mafia, aided by Baxter Stockman. Shredder is revealed to have survived yet again, and Karai's loyalty to her father conflicting with her honor becomes a critical dilemma for her.

忍者龜們發現自己被傳送到了 D'Hoonibb 的外星世界，在那裡他們立即陷入了三角共和國和銀河聯邦之間的戰爭。忍者龜們最終來到了三角龍的家鄉，在拯救了哈尼卡特之後，被烏特羅姆人傳送回了地球。外星人表現出自己的仁慈，並讓忍者龜們與史普林特重聚。碎紙機戰敗後，腳部族的剩餘成員、匈奴和紫龍以及紐約黑手黨在巴克斯特·斯托克曼的幫助下，爆發了一場幫派戰爭，爭奪他失去的領土的控制權。施萊德再次倖存下來，而卡萊對父親的忠誠與她的榮譽相衝突，成為她面臨的一個嚴重的困境。

У пошуках Сплінтера Черепашки Ніндзя знаходять лігво інопланетян і випадково вмикають телепорт, який переносить їх до іншої галактики. Вони опиняються в центрі боротьби між Федерацією та Імперією трицератонів. Дві раси намагаються захопити професора Ханікатта, чия свідомість опинилася в тілі робота. Ханікатт винайшов телепорт, володіння яким дасть велику військову перевагу. Трицератони захоплюють робота і їхній імператор прагне дізнатися секрет телепортації шантажем. Черепашки постають перед важким вибором, але останньої миті їх повертають на Землю утроми — дружні інопланетяни, що врятували Сплінтера. Як з'ясовується, в давнину зореліт утромів розбився в Японії, перевозячи злочинця. Той утік і сконструював собі механічне тіло, ставши Шреддером. Стокман, який існує тепер як голова на роботизованій платформі, саботує пристрої утромів, дозволяючи Шреддеру вдертися до сховку прибульців. Черепашки перемагають Шреддера і той, як здавалося, гине від вибуху.