한때, 아직 중학생이었던 시절, 요정 코코와 만나 코코를 돕기 위해 ′프리큐어′로 변신했던 유메하라 노조미. 동료들과 함께 적과 싸우고 그 안에서 꿈을 발견한다──. 그로부터 시간이 흘러...어른으로 성장한 노조미는 그 꿈을 이루어 초등학교 선생님이 되었다. 밝게, 긍정적으로 학생들과 마주하는 보람찬 나날이지만, 때로는 벽에 부딪치기도 했다...... 어느 날, 전학을 가게 된 학생 카타기리 루미의 힘이 되어주지 못해 낙담해 있던 노조미는 평소와 같이 소꿉친구인 나츠키 린과 만나 우는소리를 하고 있었다. 프리큐어였던 시절을 회상하며 자신을 격려하기 위해 변신 구호를 큰 소리로 외치는 노조미. 그러자 우연히 그 장소에 있었던 카스가노 우라라, 아키모토 코마치, 미나즈키 카렌과 만난다. 노조미와 친구들은 오랜만의 재회를 축하하며 함께 술을 마시러 가게 되는데 ′카페&바 Time′에 도착해 보니 그곳에는 미미노 쿠루미가 있었다. 뜻밖에 모이게 된 6명이었지만 이 우연에는 대체 어떤 의미가 있는 것일까.

어른이 된 6인은 각자의 길을 걸어가고 있었다. 우라라는 유명 연출가의 무대에 캐스팅되었고, 카렌은 의사로서 바쁜 나날을 보내고 있었다. 코마치는 소설 콩쿠르에 입상했고, 린은 주얼리 디자이너 겸 축구 선수가 되었다. 그리고 쿠루미는 파견직으로 비서 일을 하며 보좌 스킬을 갈고닦는 나날을 보내고 있었다. 모두 순조로운 인생을 걸어가고 있는 것처럼 보였지만 실제론 각자 말할 수 없는 고민을 안고 있었다...... 그런 운명적인 재회 다음 날, 노조미가 린을 약속 장소에서 기다리고 있을 때, 갑자기 ′섀도′라고 불리는 기분 나쁜 검은 그림자가 나타났다. 위험을 느낀 노조미와 린은 도망치려고 했지만 노조미는 그 자리에 있던 자신의 학생들을 감싸다 섀도에게 붙잡히고 말았다. 그대로 그림자에 삼켜져 깊은 잠에 빠져드는 노조미...... 하지만 루미와의 약속을 떠올린 노조미가 일어선 순간, 빛나는 나비가 나타났고 그 나비와 닿자 노조미는 다시 한번 큐어 드림으로 변신했는데.

중학생의 모습으로 돌아가서 프리큐어로 변신해 날뛰는 섀도를 물리친 노조미. 소동은 해결됐지만 섀도의 목적이 무엇인지, 어째서 다시 프리큐어로 변신한 건지, 몸에 이상은 없는지...... 모르는 것투성이인 노조미 일행. 한편, 의사인 카렌은 최근 시노자키 나나라는 환자가 재활 치료를 거부하고 있는 것을 고민하고 있었다. 이유를 물어봐도 나나는 아무것도 말하려고 하지 않았고, 이를 해결하지 못하는 것에 답답함을 느끼던 카렌. 그러던 중, 카렌은 퇴근하는 길에 쿠루미를 만나 함께 식사를 하게 된다. 술에 취한 쿠루미의 말에서 카렌은 자신의 원점을 떠올리고 나나와 소통할 실마리를 찾게 된다. 그 후 카렌이 밤에 병원에서 당직을 서고 있을 때, 갑자기 섀도가 나타난다. 나나와 환자들을 지키기 위해 섀도를 막아선 카렌. 그러자 빛나는 나비가 나타나 카렌은 큐어 아쿠아로 변신한다. 게다가 카렌의 위기를 감지하고 병원으로 달려온 쿠루미도 밀키 로즈로 변신했고 두 사람은 힘을 합쳐 섀도를 물리치는 데 성공했는데.

카페&바 Time에서 휴가 사키&미쇼 마이와 만난 노조미 일행. 집에서 운영하는 빵 가게에서 일하는 사키는 현재 약혼 중이었고 마이는 대형 광고 기획사에서 그래픽 디자이너로 일하고 있었다. 친구들은 재회를 기뻐하며, 소란스러운 밤을 보냈다. 그날 마이의 이야기를 들어주지 못한 사키는 다음 날 빵 가게 이동 판매에 마이의 도움을 받게 된다. 두 사람이 찾아간 곳은 낡은 단지였다. 손님을 기다리며 잡담을 시작하자 마이는 조금씩 고민들 털어놓기 시작했다. 남자친구에게서 이별을 통보받은 것. 하지만 슬프지는 않다는 것. 결혼과 출산, 커리어에 대해서 주위 사람들처럼 생각하지 못하겠다는 것...... 막연한 불안을 느끼는 마이에게 사키는 ′너는 네가 생각한 대로 하면 돼′라고 말해줬다. 그런데 그때, 두 사람의 앞에 섀도가 나타나 사키와 마이는 마침 그곳에 나와 있었던 건물 관리 회사에 재직 중인 분비와 함께 단지 안에서 도망친다. 이젠 끝이라고 생각한 순간, 두 사람이 위험하다는 연락을 받은 노조미가 시럽을 타고 도착해 두 사람을 궁지에서 구해냈고, 섀도를 쓰러뜨리기 위해 8명이서 다시 팀 프리큐어를 결성한다.

주얼리 디자이너인 린은 최근 사내 공모전에서 결과를 내지 못해 초조해하고 있었다. 그러던 중 중요한 발표가 있는 날 늦잠을 자버린 린은 택시로 회사로 출근하던 도중 큰 개 형태의 섀도를 목격한다. 섀도를 뒤쫓을까 고민하다가 회사에 가는 것을 선택한 린. 하지만 결국 발표에 집중하지 못해서 발표는 대실패로 끝이 났는데. 회사 일도 잘되지 않고 섀도를 못 본 척한 자신의 나약함 때문에 자기혐오에 빠진 린은 다음 날, 카렌의 집으로 찾아가 함께 다크 나이트 라이트의 동향을 쫓다가 동영상에 나온 사키네 빵집 'PANPAKA 빵'을 보고 사키네 빵집으로 갔지만 다크 나이트 라이트의 정체는 알 수 없었다. '창공의 나무'가 있는 산으로 가서 카렌에게 고민을 털어놓는 린. 카렌은 그런 린을 다정하게 위로해 주었다. 하지만 그때, 두 사람의 앞에 섀도가 나타났다. 카렌은 프리큐어로 변신해서 싸웠지만 다른 섀도들을 흡수해서 파워 업한 대형 섀도에 의해 궁지에 몰렸다. 카렌의 말에 고민을 털어버린 린은 큐어 루즈로 변신했고 두사람은 힘을 합쳐 섀도를 물리치는 데 성공했다.

저명한 연출가 타키가와 마리코가 연출하는 무대 출연을 앞둔 우라라. 마리코의 기대에 부응하지 못한 우라라는 연습을 일주일간 쉬라는 말을 듣는다. 강판이라는 글자가 머리를 스치며 좌절하고 있을 때 시럽이 우라라를 찾아왔다. 오랜만에 함께 놀러 나간 두 사람. 처음은 무대에 대한 생각으로 내키지 않아 하던 우라라였지만 시럽의 격려를 받고 조금씩 명랑함을 되찾기 시작했다. 우라라는 시럽에게 함께 노래를 만들자고 제안한다. 시럽이 연주하는 기타 음색에 맞추어 노래하는 우라라. 그 노랫소리는 예전과 똑같이 듣는 사람을 기분 좋게 만들어 주는 것이었다. 다크 나이트 라이트 채널에 소개되면서 두 사람의 노래는 많은 사람들의 마음에 전해진다. 제일 좋아하는 노래를 통해서 초심으로 돌아갈 수 있었던 우라라는 섀도가 나타나자 이에 맞서기로 결심하고 큐어 레모네이드로 변신해 섀도를 격파했다. 휴가가 끝나고 연습장으로 돌아간 뒤에도 우라라는 자신다운 연기로 한 번 더 마리코의 연습을 버텨내 보기로 결심했다.

섀도의 발생 장소를 조사하다 이 마을과 그 주변에서만 섀도가 나타났다는 사실을 알게 된 코마치. 섀도 사건은 지금 막 시작된 게 아닐지도 모른다.그런 가설을 세운 그녀는 노조미, 코코와 함께 이웃 주민 야마구치 아주머니가 소개해 주신 마을의 역사를 잘 알고 있는 사나에 할머니를 찾아가 이야기를 들어보기로 했다. 사나에 할머니는 마을의 옛날이야기를 해줬다.옛날 이 마을은 전쟁의 불길에 모든 것이 불에 타서 아무것도 없는 땅이 됐다는 것. 하지만 시계탑만은 타지 않고 남아서 그 종소리가 사람들을 격려해 주었다는 것. 시계탑의 종에는 천사의 그림이 그려져 있다는 것. 그 천사의 이름은 벨, 노조미의 앞에 나타났던 검은 천사와 같은 이름이었다. 코마치 일행은 바로 종을 조사하기 위해 시계탑으로 향했지만 사건과의 연관성은 알 수 없었다. 하지만 시계탑에서 돌아가려고 할 때, 마을에 대량의 섀도가 나타난다. 섀도로부터 이 마을을 지키고 싶다고 강하게 바란 코마치는 큐어 민트로 변신해서 큐어 드림과 함께 마을을 파괴하려는 섀도를 물리치고 이 마을을 살아간 모두의 이야기를 쓰기로 결심했다.

다크 나이트 라이트의 동영상에 소개된 이후로 대성황인 PANPAKA 빵. 사키도 많이 바빠진 가게 일을 도왔고 그렇게 일하는 모습을 본 사키의 부모님은 딸이 가게를 물려주려고 생각하고 있었다. 사키의 약혼자도 그녀가 가게를 잇는 것을 응원했다. 하지만 마이는 사키의 마음에 응어리가 있다는 것을 눈치챘다. 마이는 사키를 창공의 나무로 데려가 사키의 본심을 묻는다. 그러자 사키는 프랑스로 유학을 가서 빵에 대한 것을 더 공부하고 싶은 본심을 털어놓았다. 부모님과 약혼자를 생각해서 본심을 말하지 못한 사키를 다정하게 격려해주는 마이. 그때, 사키와 마이의 앞에 식물형 섀도가 나타나 습격해 왔다. 그런 두 사람을 위기에서 구한 것은 미치루와 카오루였다. 섀도와 싸우는 미치루와 카오루를 보고 마이는 사키에게 손을 내밀었다. 마이의 말에 용기를 얻은 사키는 마이와 둘이서 프리큐어로 변신해 뛰어난 팀워크로 섀도를 물리쳤다. 전투가 끝난 뒤 사키는 부모님과 약혼자에게 유학에 대한 마음을 전하는데 성공했다.

갑자기 정신을 잃고 쓰러져 버린 노조미. 원인은 프리큐어로 변신했기 때문인 것 같았다. 이대로 변신을 계속하면 노조미와 친구들의 목숨이 위험해진다──라고 말한 너츠의 말을 들은 코코는 노조미에게 더 이상 변신하지 말라고 충고했다. 어떡하면 좋을지 결론이 나지 않은 채 모두가 주저하고 있는 가운데 또다시 마을에 대량의 섀도가 출현했다. 노조미는 마을을 그리고 이 마을에 사는 소중한 사람들을 지키기 위해 위험을 무릅쓰고 다시 한번 프리큐어로 변신하는 것을 선택했다. 그런 노조미의 마음을 이해한 코코는 복잡한 기분이 들었지만 반드시 돌아오라고 약속하고 노조미를 보내주기로 결심했다. 코코와 헤어져 섀도에게 달려간 큐어 드림은 동료들과 합류해 벨이 있는 시계탑으로 향했다. 시계탑의 종소리가 울려 퍼지는 가운데, 8명의 프리큐어는 최후의 결전에 나서는데!

머지않은 미래, 인간 때문에 이 마을은 폐허가 된다... 벨이 말하는 미래는 충격적인 것이었다. 그걸 알고 있었기 때문에 벨은 마을을 지키기 위해 섀도를 만들어서 인간들의 행동을 막아왔다고 말했는데. 섀도 사건의 진상을 알고 동요를 감추지 못하는 큐어 드림 일행. 어떻게든 벨을 설득하려고 했지만 인간에게 실망한 벨은 이야기를 들어주지 않았고 거대한 섀도로 프리큐어를 궁지에 몰았다. 하지만, 벨의 문노에 호응하듯이 계속 거대해진 섀도는 결국 폭주를 시작했고, 벨의 생각과는 다르게 마을의 건물을 차례로 파괴하기 시작했다. 이대로는 마을이 정말로 폐허가 되고 만다. 모두의 뇌리에 절망이라는 글자가 스쳐갔다. 하지만 큐어 드림만은 끝까지 포기하지 않았고, 벨이 가르쳐준 절망의 미래를 정면에서 마주하고 저항하겠다는 큐어 드림의 말이 동료들의 마음에 다시 한번 희망의 등불을 밝혔는데!

위기에 처한 큐어 드림 일행의 앞에 나타난 것은 큐어 블랙과 큐어 화이트, 그리고 샤이니 루미너스였다. 11명은 힘을 모아 거대 섀도에 맞서 싸웠다. 미치루와 카오루, 분비도 마을 사람들에게 미래를 바꾸기 위해서는 사람들 스스로가 행동해야 한다고 호소하며 프리큐어를 도왔다. 싸우는 프리큐어의 모습과 분비 일행의 호소에 사람들의 마음속에서 싹트기 시작한 작은 희망의 힘은 하나의 큰 물결로 변했고 큐어 드림 일행은 거대 섀도를 정화하는 데 성공했다. 프리큐어와 사람들의 모습을 보고 감화된 벨은 하얀 천사로 되돌아갔고 프리큐어와 미래를 약속하고 사라졌다. 싸움이 끝나고 마을은 완전히 원래대로 돌아갔고 의식 불명이었던 사람들도 깨어나면서 모두 다시 한번 미래를 향해 걸어나가기 시작했다. 하지만 노조미는 깨어나지 못했다. 그런 노조미에게 코코는 노조미가 돌아오면 해주려고 생각했던 말을 의식이 없는 노조미 앞에서 했고 그러자, 부름에 답하듯이 노조미는 의식을 되찾았다. 두 사람은 드디어 서로 마음이 통했고 영원히 함께 살아갈 것을 약속했다. 미래가 어떻게 될지는 지금을 살아가는 인간들에게 달려있다. 그렇기 때문에 노조미와 친구들은 더 좋은 미래를 만들기 위해서 지금부터 생각하고 계속 나아가갈 것이다.