かつて、まだ中学生だった頃に妖精のココと出会い、ココを助けるため、“プリキュア”に変身した夢原のぞみ。仲間と一緒に敵と戦い、その中で将来の夢を見つけ出した――。それから時は経ち…。オトナへと成長したのぞみは、その夢を叶えて小学校の先生になっていた。明るく、前向きに生徒たちと向き合う、充実の日々だが、ときには壁にぶつかることも……。ある日、転校することになった生徒・片桐るみの力になれずに落ち込んでいたのぞみは、いつものように幼なじみの夏木りんと会い、弱音をこぼしていた。プリキュアだった頃を思い返し、自分を奮い立たせるように変身の掛け声を大声で唱えるのぞみ。すると、偶然その場に居合わせた、春日野うらら、秋元こまち、水無月かれんが集う。のぞみたちは久々の再会を祝して一緒に飲みに行くことにするが、“カフェ＆バーTime”に着くと、そこには美々野くるみの姿がありー。期せずして集合することになった6人だったが、この偶然にはいったいどんな意味があるのだろうか。

オトナになった6人はそれぞれの道を進んでいた。うららは有名演出家が手掛ける舞台へ出演が決まり、かれんは医者として忙しい日々を送る。こまちは小説のコンクールで入賞し、りんはジュエリーデザイナー兼サッカー選手に。そして、くるみは派遣で秘書の仕事をしてお世話役としてのスキルを磨く日々。順風満帆な人生を歩んでいるように見える一同だったが、実はそれぞれ、みんなには言えない悩みも抱えているのだった……。そんな運命的な再会の後日、のぞみがりんと待ち合わせをしていると、街に“シャドウ”と呼ばれる不気味な黒い影が現れる。危険を感じたのぞみとりんは逃げようとするが、のぞみは居合わせた生徒をかばいシャドウに捕まってしまう。そのまま影に呑まれ、深い眠りに落ちていくのぞみ……。だが、るみとの約束を思い出したのぞみが立ち上がった瞬間、光輝く蝶が現れ、その蝶に触れると再びキュアドリームへと変身したのだった。

“カフェ＆バーTime”で、日向咲＆美翔舞に遭遇したのぞみたち。実家のパン店で働く咲は現在婚約中で、一方の舞は大手代理店のグラフィックデザイナーになっていた。一同は久々の再会を喜び、賑やかな夜を過ごす。その日は舞の話を聞きそびれてしまった咲は、後日、舞にパンの移動販売を手伝ってもらうことに。2人が訪れたのは古びた団地。お客さんを待ちながら雑談をしていると、舞は少しずつ悩みを話し始める。彼氏から別れを告げられたこと。でも、悲しくはないこと。結婚や出産、キャリアについて、周囲の人たちのように考えられないこと……。漠然とした不安を抱える舞に、咲は「舞は舞が思った通りにすればいい」と言葉をかける。するとそのとき、２人の前にシャドウが出現し、咲＆舞は居合わせた建物の管理会社を名乗るブンビーと共に団地の中を逃げ惑う。絶体絶命かと思われたが、2人のピンチを聞きつけたのぞみとくるみがシロップに乗って到着すると、2人を窮地から救い出し、シャドウを倒すために改めて8人でチームプリキュアを結成する。

くるみからシャドウについての知らせを受け取ったパルミエ王国のココとナッツ。さらにキュアローズガーデンにまた不吉な花「タイムフラワー」が咲いたことを知ったナッツは、急いでのぞみたちの街へと向かうことにする。しかし、なぜかココは一緒に行くことを渋っていた……。のぞみたちの街に着いたナッツは、謎の動画配信チャンネル「ダークナイトライト」を調べていたこまちとくるみ、そしてのぞみと合流し、さっそく四人でシャドウの気配を追跡する。そのさなか、のぞみはシャドウによって別空間へと連れ去られてしまった。のぞみの前に現れたのは、ベルと名乗る黒い天使。人間の心からシャドウを作りだしていた張本人だったベルは、のぞみの不安を煽り、心の闇を暴こうとする。のぞみが必死に抗っていると、そこにココが駆けつける。ベルは攻撃の矛先をココへと向けるが、プリキュアに変身したのぞみがベルを退け、無事に元の世界に戻ったのぞみは、ココとの再会に涙を流す。

ジュエリーデザイナーのりんは最近社内コンペで結果を出せず、焦りを募らせていた。そんななか、大事なプレゼンの日に寝坊したりんは、タクシーで会社へ向かう途中に大きな犬型のシャドウを目撃する。シャドウを追うか迷いながらも、会社に行くことを選択したりん。だが結局、集中できずプレゼンは大失敗に終わってしまった……。仕事もうまくいかず、シャドウを見て見ぬふりをした自分の弱さに、自己嫌悪に陥るりんは、翌日、かれんの家を訪れ、一緒にダークナイトライトの動向を追っていると、配信動画に咲のパン屋「パンパカパン」が映る。二人は咲の店に行くが、ダークナイトライトの正体は分からず仕舞いだった。「大空の樹」がある山へと向かい、かれんに弱音をこぼす。かれんはそんなりんを優しく慰めるのだった。そんなとき、二人の前にシャドウが現れる。かれんはプリキュアに変身し戦うが、ほかのシャドウを吸収してパワーアップした犬型シャドウに追い詰められてしまった。かれんの言葉で悩みを吹っ切ったりんは、キュアルージュに変身し、二人は力を合わせてシャドウを倒すことに成功する。

著名な演出家・滝川毱子の舞台への出演を控えるうらら。だが、毱子の求めるものに応えられず、うららは稽古を一週間休むように言い渡されてしまう。降板の文字が頭をよぎり落ち込んでいると、彼女の元にシロップがやって来た。久しぶりに一緒に遊びに行くことにする二人。最初は舞台のことで浮かない様子だったうららだったが、シロップに励まされるうちに少しずつ明るさを取り戻していく。うららはシロップと一緒に歌を作ろうと提案し、シロップが奏でるギターの音色に合わせて歌ううらら。その歌声は、かつてと変わらず、聴く人を明るい気持ちにするものだった。ダークナイトライトのチャンネルに紹介されたことで、二人の歌は多くの人の心に伝わっていく。大好きな歌を通じて初心に帰ることができたうららは、シャドウが現れると立ち向かうことを決意しキュアレモネードに変身して撃破し、休暇が明けて稽古場に戻った後も、自分らしさを盛り込んだ芝居でもう一度毱子の稽古に食らいついていくのだった。

シャドウの発生場所を調べ、この街とその周辺にしか現れていないことを突き止めたこまち。シャドウ事件は今に始まったことではないのかもしれない――そう仮説を立てた彼女は、のぞみやココと一緒に、ご近所の山口さんが紹介してくれた街の歴史に詳しいさなえというおばあさんの元へ話を聞きにいく。さなえは街の昔話を語ってくれた。かつてこの街は戦火で焼け野原となってしまったこと。だが、時計塔だけは焼け残り、その鐘の音が人々の背中を押してくれたこと。時計塔の鐘には天使の絵が描かれていること……。その天使の名前はベル――のぞみの前に現れた黒い天使と同じ名前だ。こまちたちはさっそく鐘を調べに時計塔へと向かうが、事件との繋がりはわからなかった。だがその帰り道、街に大量のシャドウが現れる。シャドウからこの街を守りたいと強く願ったこまちは、キュアミントに変身すると、キュアドリームと一緒に街を壊そうとするシャドウたちを一掃し、この街に住むみんなの物語を書くことを決意する。

ダークナイトライトの動画で紹介されて以来、大盛況のPANPAKAパン。咲も大忙しで店を手伝い、その働きぶりを見た両親は娘に店を任せようと考えていた。咲の婚約者もまた、彼女が実家の店を継ぐことに応援する。だが舞だけは、咲の心にしこりがあることに気づいていた……。舞は咲を大空の樹に誘い出し、本当の気持ちを尋ねると、咲はパンについて学びにフランスへ留学したいと思っていることを打ち明ける。両親や婚約者のことを想って本心を言い出せずにいる咲の背中を、優しく押す舞。そのとき、咲と舞の前に植物型のシャドウが現れ、襲い掛かってきた。そんなふたりのピンチを救ったのは満と薫だった。シャドウと戦う満と薫を見て、舞は力強く咲に手を差し出す。舞の言葉に勇気をもらった咲は、舞とふたりでプリキュアに変身し、抜群のチームワークでシャドウを退ける。その後、両親や婚約者に留学への思いを伝えることができたのだった。

突然気を失い、倒れてしまったのぞみ。原因はおそらくプリキュアに変身したこと。このまま変身し続けるとのぞみたちの命にかかわる――ナッツからそう聞いたココは、のぞみにこれ以上変身しないよう忠告する。だが、シャドウから街を守りたいのぞみは、ココとぶつかってしまった。どうすればいいのか結論を出せないままみんなが逡巡している中、またも街に大量のシャドウが現れる。のぞみは、街を、そしてこの街に住む大切な人たちを守るため、危険を承知で再びプリキュアに変身することを選択する。そんなのぞみの想いを理解したココは、複雑な気持ちを抱えながらも、必ず戻ることを約束し、のぞみを送り出すことを決意するのだった。ココに送り出されてシャドウの元へと駆け付けたキュアドリームは、仲間たちと合流すると、ベルがいるという時計塔へ向かう。時計塔の鐘が鳴り響く中、8人のプリキュアは最後の決戦に挑む！

遠くない未来、人間のせいでこの街は廃墟になる…ベルが語る未来は衝撃的なものだった。そのことを知っていたからこそ、ベルは街を救うため、シャドウを生み出すことで人間たちの行動を止めようとしていたという―。シャドウ事件の真相を知り、動揺を隠せないキュアドリームたち。なんとかベルを説得しようと試みるが、人間に失望するベルは聞く耳を持とうとせず、巨大なシャドウでプリキュアを追い詰める。だが、ベルの怒りに呼応するように巨大化を続けるシャドウは、やがて暴走を始め、ベルの想いとは裏腹に建物を次々に破壊していく。このままでは街が本当に滅んでしまう……全員の脳裏に絶望の文字がよぎる。しかし、キュアドリームだけは決して諦めず、ベルが教えてくれた絶望の未来に真っ向から立ち向かおうとするキュアドリームの言葉が、仲間たちの心に再び希望の灯をともす！

大ピンチの中、キュアドリームたちの前に現れたのは、キュアブラックとキュアホワイト、そしてシャイニールミナスだった。11人は力を合わせて巨大シャドウに立ち向かっていく。満と薫、ブンビーも街の人々に、未来を変えるためには自ら行動するようにと呼びかけて、プリキュアの戦いの後押しをする。戦うプリキュアの姿やブンビーたちの呼びかけにより、人々の心に芽生えた小さな希望の力を一つの大きなうねりに変え、キュアドリームたちは巨大シャドウを浄化することに成功した。プリキュアや人々の様子に心動かされたベルは白い天使の姿に戻り、プリキュアと未来を約束して消えていく――。戦いが終わると街はすっかり元通りになり、意識不明になっていた人々も目を覚まし、みんな再び未来へと向かって歩き始めた。だが、のぞみだけは目を覚まさなかった。そんなのぞみにココは戻ったら言おうと思っていた未来への言葉をこぼすと、呼びかけに答えるようにのぞみは意識を取り戻す。ふたりはついに互いの思いを通わせ、ずっと一緒に生きていくことを約束する――。未来がどうなるかは今を生きる人間たち次第。だからこそのぞみたちは、よりよい未来に作るために、これからも考え、進み続けていく――。