Dans un monde où les humains cohabitent avec des androïdes nommés Neans, Rouge, une jeune fille à la solde du gouvernement, doit traquer des Neans singuliers : les Neuf Immortels. Alors qu’un être mystérieux appelé Gladiateur sème le trouble en ville, Rouge rassemble des informations sur une certaine Sarah.

En route vers leur nouvelle mission, Rouge et Naomi voyagent incognito au milieu de civils. Le temps du trajet, elles font la connaissance d’une journaliste et d’un médecin. Leur bus est bientôt attaqué par des mercenaires…

Arrêtée par le Conseil des Neans libres après l’assassinat de Juval, Rouge est interrogée par l’un des chefs de rebelles. Pendant ce temps, les forces d’Ochrona prennent le campement d’assaut.

Toujours à la recherche de Rouge, Naomi croise le chemin d’Eden, qu’elle avait rencontré lors de l’attaque du bus. Prétendant savoir où se trouve sa partenaire, il la conduit au cirque itinérant, dans lequel travaille un étrange marionnettiste.

Sur le navire qui les conduit sur la planète Terre, Rouge et Naomi essaient de goûter à un peu de repos bien mérité, mais Rouge reste préoccupée par le Marionnettiste. Leur répit est toutefois de courte durée, car Giallon commence à sévir à bord du vaisseau.

Naomi rencontre Gene Junghardt alors que d'autres pièces du puzzle sont révélées. Pendant ce temps, Rouge, qui doit être transféré à Ochrona, a des retrouvailles inattendues.

Gene découvre un escalier dérobé dans la pièce de son piano, peu avant d’être rejoint par Rouge, Ash et Noid. En s’aventurant au sous-sol, ils trouvent une étrange bibliothèque.

Au siège d’Aletheia, l’affrontement fait rage entre Rouge et les Neuf. En mauvaise posture, Rouge a la surprise de voir finalement Naomi et Noir se ranger à ses côtés.

En route pour Vénus, Rouge, Naomi, Ash et Eden découvrent que Cyan s’est invitée à bord de leur vaisseau. Les autres membres des Neuf, de leur côté, se retrouvent autour d’un repas pour évoquer les souvenirs d’une époque plus douce, mais révolue.

Pendant que les origines de Silvia sont partiellement dévoilées et que les proto-Neans en apprennent plus sur les objectifs de Gene, Rouge et ses compagnons de route s’infiltrent dans le vaisseau du cirque pour trouver l’appareil qui permettra de déchiffrer le code Eve.

Alors que Grauphon et Eden se font face, Giallon conduit Rouge et Naomi à Silvia, qui compte bien s’emparer de l’ID de Rouge pour utiliser le code Eve. Ash essaie de retrouver ses alliés pour leur révéler l’identité du Marionnettiste.

Silvia, Rouge et les autres découvrent quels étaient les plans du docteur Jung. Prenant possession d’un de ses enfants, il s’oppose aux Neuf, qui s’engagent dans un combat décisif pour la survie des Neans.