Estonia är ett karaktärsdrivet händelsedrama om MS Estonias förlisning i september 1994 och utredningen som följde. I serien får man följa händelseutvecklingen och den efterföljande utredningen ur flera olika karaktärers perspektiv. Från räddningsarbetet till hur fartygets besättning och passagerare upplevde katastrofen och slutligen utredningskommissionens slutrapport och de reaktioner den orsakade bland offrens vänner och familjer.

Estonia ställer frågan om det är möjligt att hitta en uttömmande förklaring till en katastrof av denna kaliber? Eller måste alla hitta en egen sanning för att komma över detta fruktansvärda trauma? Vad händer om tillräckliga förklaringar inte kan hittas?