Cuenta la historia de Teito Klein, un huérfano y ex-esclavo que se convirtió en el mejor estudiante de la academia militar del Imperio de Barsburg debido a su manejo con el Zaiphon, un tipo de poder sobrenatural. Esta habilidad es muy rara de ver, por lo tanto es muy apreciada. Teito está amnésico, y sólo mediante unos sueños que tiene, puede averiguar algo de su pasado.

Después de estar un año en la academia, Teito tiene que hacer el examen de graduación, el cual aprueban 1 de cada 25 alumnos. La noche anterior al examen Teito y su mejor amigo Mikage, juran que siempre se ayudarán el uno al otro. Ambos logran aprobar el examen. Al día siguiente, Teito entrega unos documentos a un profesor cuando escucha a un hombre llamado Ayanami, aquel que mató a su padre en sus sueños. Teito trata de atacarlo, pero rápidamente es derribado por uno de los subordinados de Ayanami y enviado a prisión. Mikage viene a ayudarle a escapar, sólo para encontrar que Teito ha logrado combatir a los guardias por sí mismo. Los dos intentan huir del edificio, pero son acorralados en un balcón.