En 2307, pour conserver son économie et son prestige, chaque nation continue d'agir dans son propre intérêt. Les conflits armés perdurent depuis le 21e siècle. C'est lors d'une démonstration des Enact de l'AEU et de l'attaque d'une station orbitale que débarquent de nouveaux MS appelés « Gundam ». Ils permettent d'annoncer au monde entier, du fait de leur élégance et de leur puissance, l'éradication de la totalité des conflits mondiaux par une mystérieuse organisation nommée « Celestial Being ».

Les pilotes des Gundam de Celestial Being, les Gundam Meisters, se font connaître grâce leurs agissements à la station orbitale de la LRH. Une vidéo d'un mystérieux homme, Aeolia Schenberg, définit aux yeux du monde entier le rôle cette armée privée naissante : éviter tout conflit armé dans le monde, notamment dans l'ex-Sri Lanka où sévit un conflit datant du 20e siècle.

L'intervention dans l'ex-Sri Lanka tourne au vinaigre pour Setsuna, le pilote de l'Exia : il se fait attaquer par un Flag de l'Union piloté par Graham Aker, un pilote d'élite du MSWAD. Ce dernier est d'ailleurs sur le point d'intégrer un Groupe d'Investigation Anti-Gundam au sein de l'Union. La nouvelle intervention de Celestial Being va-t-elle pouvoir se dérouler comme prévu ?

La 3e intervention de Celestial Being sur l'île de Ceylan ayant causé la mort de nombreux soldats, les membres de Celestial Being sont très rapidement considérés comme des terroristes. Du côté de la LRH, une unité anti-Gundam se forme autour du lieutenant-colonel Sergeï Smirnov. Mais ce dernier se voit confier une jeune fille, Soma Périès, sortant tout droit de l'Institut de Recherches Surhumaines.

Soma Périès, le Super Soldat nº 1, va tester dans l'espace son nouveau MS, le Tieren Taozi. Cet essai va attirer l'attention de Celestial Being, qui envoie en première ligne Allelujah. C'était sans compter la présence de civils sur la station orbitale de la LRH et une réaction inattendue d'Allelujah.

L'AEU est à deux doigts d'attaquer la Moralie, un petit pays dont la principale puissance est celle de PMC, une entreprise militaire privée spécialisée dans le développement des armes. Celestial Being se prépare donc à une nouvelle intervention en s'équipant davantage…

Un mercenaire nommé Ali Al-Saachez a pour mission de capturer un Gundam lors de l'intervention de Celestial Being en Moralie. Setsuna, face au MS du mercenaire, semble reconnaître une voix bien familière… Le monde entier continue donc à observer les faits et gestes de cette armée privée et à agir en conséquence.

L'intervention de Celestial Being en République de Moralie ne s'est pas passée sans encombres : des dommages collatéraux tant humains que matériels, mais surtout, l'agissement imprévisible de Setsuna qui était à deux doigts de révéler son identité fragilise davantage les liens entre Gundam Meisters. Mais l'émergence d'un nouvel ennemi, des terroristes s'attaquant aux civils, les met face à un nouvel objectif. Setsuna rencontrera au cours de cette mission la princesse d'Azadistan, Marina Ismaïl.

Marina Ismaïl, princesse du Royaume d'Azadistan, se lance dans des pourparlers avec l'ONU dans l'espoir d'obtenir gain de cause concernant l'énergie solaire. Dans le même temps, Celestial Being se rassemble dans l'espace sur le Ptolémée, mais la LRH prépare une stratégie pour contrecarrer les particules GN brouillant les ondes radio et ainsi repérer le vaisseau.

Le vaisseau de Celestial Being est tombé dans le piège de la LRH : les particules GN ont désactivé une zone de modules interactifs disposés dans l'espace. Repérés, un combat entre le Ptolémée et la LRH s'engage, mais la cible de ces derniers est tout autre…

Suite au combat face à la LRH, Allelujah confirme ses doutes : la pilote du Tieren Taozi provient du même institut que lui et a été génétiquement modifiée jeune à l'aide d'ondes cérébrales quantiques. Après longue réflexion avec son alter ego Hallelujah, il propose une nouvelle mission à la tacticienne Sumeragi ciblant cet Institut de Recherches Surhumaines de la LRH.

Marina Ismaïl est la princesse du Royaume d'Azadistan, une nation qui ne bénéficie pas de l'énergie et souffre de la crise du pétrole. Suite aux précédents pourparlers, l'ONU accepte de venir installer une nouvelle antenne réceptrice solaire, mais le pays est déchiré entre Réformistes et Conservateurs qui décident, pour manifester leur opposition, d'enlever la figure spirituelle Massoud Rachmadi et déclenchent ainsi une guerre civile.

La guerre civile faisant rage en Azadistan, Celestial Being est amené à intervenir assez rapidement, ce qui étouffe le coup d'État qui se préparait. Reste maintenant à déterminer la localisation de Massoud Rachmadi en laissant Setsuna, originaire des environs, faire une reconnaissance du terrain…

Celestial Being a publiquement libéré l'otage d'Azadistan devant des caméras du monde entier. Les trois blocs nationaux décident donc de riposter via l'organisation d'un exercice militaire conjoint de grande ampleur. Flairant le piège, la tacticienne hésite à faire intervenir les Gundam Meisters.

Les quatre Gundam Meisters sont envoyés dans le désert du Taklamakan, là où a lieu l'exercice militaire conjoint de la LRH, l'AEU et l'Union. Des milliers de MS sont présents et profitent d'un leurre terroriste pour capturer des Gundam.

À la stupeur générale, les quatre Gundam qui étaient sur le point d'être capturés se font sauver par trois nouveaux appareils fonctionnant également aux particules GN. Ce retournement de situation sauvant les Meisters de justesse pousse chaque camp à faire le bilan de l'arrivée mondiale de Celestial Being.

Les pilotes des trois nouveaux Gundam, Johann, Nena et Mikhaïl, décident d'aller rencontrer les Gundam Meisters de Celestial Being. Ce face-à-face tendu permet à chacun de mesurer les intentions et les volontés de l'autre. Les nouveaux Meisters informent qu'ils sont prêts à agir de leur propre chef suite aux dernières interventions de Celestial Being qu'ils jugent mitigées.

Après avoir défié Celestial Being, les Trinity agissent en tant que Gundam Meisters et commettent de plus en plus d'atrocités vis-à-vis des civils : l'objectif d'éradication des guerres perd lourdement en crédibilité auprès de l'opinion publique. Les interventions s'enchaînent, jusqu'à ce qu'ils arrivent en Espagne où s'est rendue Louise Halévy pour un mariage.

Dépassé par les interventions de Trinity, Setsuna prend les commandes de l'Exia pour les exterminer. Il est rapidement rejoint par le Virtue et le Dynamès. Acculés et effrayés par les conséquences d'un tel combat, les Trinity décident de battre en retraite en faisant part de quelques révélations sur les Meisters. Dans le même temps, Saji Crossroad se rend en Espagne voir Louise qui aurait été victime d'un accident l'empêchant de revenir au Japon.

Les doutes de Tieria se confirment : Véda aurait été piraté par un traître au sein de Celestial Being, qui a également permis de livrer en catimini des réacteurs solaires aux trois blocs nationaux, ce qui explique la récente alliance militaire contractée sous l'égide de l'ONU. Comment les Gundam Meisters vont gérer ce changement radical d'équilibre des puissances mondiales ?

Saji, rentré au Japon après s'être séparé de Louise, découvre avec horreur que sa sœur Kinué, journaliste de JNN, a été assassinée. Dans l'espace, l'alliance tripartite nouvellement formée s'apprête à attaquer le vaisseau de Celestial Being qui prépare sa riposte en essayant de se détacher de Véda.

Lockon a été sévèrement blessé en protégeant Tieria lors de la confrontation avec les nouveaux MS à réacteurs solaires, les GN-X. Ceux-ci, après leur échec contre le Ptolémée, décident d'en découdre une bonne fois pour toutes avec les Trinity. Setsuna décide d'intervenir et découvre un nouveau système hérité d'Aeolia Schenberg lui-même.

Le système Trans-Am a permis à Setsuna de s'échapper sous les yeux ébahis d'Alejandro Corner, la taupe de Celestial Being. Toutefois, le Throne Zwei de Mikhaïl a bel et bien été capturé pour revenir aux mains d'Ali Al-Saachez, l'ennemi juré de Setsuna, mais aussi celui de Lockon Stratos, désormais déchu de son œil directeur. Une bataille décisive dans l'espace se prépare et s'annonce difficile pour le Ptolémée.

En utilisant le système Trans-Am, Celestial Being arrive à avoir quelques heures de répit. L'équipage a du mal à encaisser la mort de Lockon Stratos, en particulier la jeune Feldt. De leur côté, les Nations Unies attendent de repérer le Ptolémée pour riposter, mais se retrouvent nez-à-nez avec un Mobile Armor non identifié.

Un MS des Nations Unies parvient à abattre une partie de l'équipage du Ptolémée, notamment Chris et Lichty. Setsuna et Lassé, de leur côté, démarrent leur affrontement contre l'Alvatore, le Mobile Armor venu soutenir l'ONU et piloté par le traître de Celestial Being, Alejandro Corner. Cette bataille décisive apportera-t-elle les réponses que cherchait Setsuna ?

Quatre ans ont passé, et l'équipage de Celestial Being ne sait toujours pas si Setsuna est vivant. Une attaque sur la colonie Proud où se trouve Saji Crossroad se prépare, et laisse supposer que cet événement de grande ampleur fera revenir le pilote de l'Exia.

Setsuna, de retour parmi Celestial Being, décide d'aller recruter un nouveau « Lockon Stratos ». Il s'agit du frère jumeau de Neil Dylandy, Lyle. Il profite de son passage pour forcer Sumeragi Lee Noriega à retourner sur le Ptolémée, où ils essaient de mettre en place un nouveau système sur le Gundam 0.

Allelujah, seul Gundam Meister manquant, serait détenu depuis quatre ans dans une prison rassemblant toutes les forces antigouvernementales : plusieurs membres de Katharon, Allelujah, mais aussi Marina Ismaïl, à la grande surprise de Setsuna. Sumeragi doit donc élaborer un plan de sauvetage pour libérer leur camarade dans une zone très bien gardée par les A-Laws.

La mission de sauvetage est un succès : Setsuna et Tieria parviennent à libérer Allelujah et Marina Ismaïl. Mais malgré la victoire, Sumeragi Lee Noriega ne se résout pas à poursuivre le combat. Hésitante, elle va écouter les volontés de différentes personnes à bord du Ptolémée…

Les membres de Celestial Being décident de se rendre à la base de l'organisation de Katharon dans le Moyen-Orient d'une part pour rencontrer de potentiels alliés, d'autre part pour ramener Marina Ismaïl auprès d'une membre qui désirait la voir. Saji profite de l'occasion pour tenter de se séparer définitivement de Celestial Being.

L'opération de nettoyage au sein de la base de Katharon est terminée. Saji, conscient d'avoir causé ce massacre en tentant de fuir, se remet en question. Côté A-Laws, Louise Halévy passe sous les commandements du colonel Mannequin, qui prépare une nouvelle stratégie d'attaque sur la base de Katharon déjà décimée.

La bataille entre A-Laws et Celestial Being fait rage pour permettre à Katharon de fuir. Saji décide d'aider Celestial Being alors que Louise se trouve dans les troupes ennemies, Setsuna affronte Mister Bushido, et Allelujah engage son énième confrontation contre Soma Périès… les conduisant à un face-à-face hors de leurs MS.

Allelujah a ramené Marie Parfacy, anciennement Soma Périès, à bord du Ptolémée. Lors des recherches, Tiera Erde a fait face à un Innovator lui ressemblant comme deux gouttes d'eau, Regene Regetta. Cette rencontre l'encourage à se rendre à une réception où se trouveraient les pontes des A-Laws.

L'infiltration de Setsuna et Tieria tourne au vinaigre : ils sont démasqués par Billy Katagiri. De retour sur le Ptolémée, Sumeragi établit une nouvelle stratégie pour s'échapper des fonds marins : elle est persuadée que les A-Laws ne sauraient tarder à leur tendre un piège.

Parvenus à rejoindre l'espace tant bien que mal, Celestial Being se réfugie près de Lagrange 3. Mais Sumeragi sait déjà qu'il faut se préparer au pire et procéder au plus vite à l'assemblage du 00 avec le 0 Raiser : en effet, les A-Laws ont construit avec l'aide des Innovators le Memento Mori qui risque de confirmer l'hégémonie de la Fédération sur le Moyen-Orient.

Le premier tir d'essai du Memento Mori est une réussite : tout une zone de la Suille est annihilée en un instant. Face à la gravité de la situation, Tieria annonce l'existence des Innovators qui tirent les ficelles des A-Laws. Celestial Being poursuit donc son ravitaillement ainsi que l'assemblage du 0 Raiser et du 00 au sein de la base de Lagrange 3, mais le temps semble compté.

Le 00 Raiser est enfin actif avec pour pilotes Setsuna et Saji. Mais comme lors de l'essai d'assemblage, celui-ci déclenche un partage d'ondes cérébrales avec tous les MS se trouvant à proximité : Saji et Louise découvrent respectivement qu'ils sont ennemis. Malgré le choc, Setsuna arrive, grâce à ses nouvelles capacités, à repousser l'ennemi. Saji fera-t-il la même erreur qu'à la base de Katharon ?

La 2e flotte spatiale de Katharon, pourtant parée à détruire l'arme satellite ayant décimé deux zones du Moyen-Orient, se fait annihiler pas un 3e tir du Memento Mori. Celestial Being, également décidée à mettre hors d'état de nuire l'arme de destruction massive, s'apprête à élaborer une stratégie de destruction.

Le Memento Mori détruit, le Ptolémée échappe de justesse à un rayon et se réfugie sur Terre. Marina Ismaïl, constatant que les guerres continuent de plus belle, se résigne à chanter en faveur de la paix. Quant à Setsuna, séparé de ses camarades, va faire la rencontre de Ribbons Almark qui a plusieurs révélations à lui faire.

Sergeï Smirnov apprend que son ami et collègue Pang Hercury prépare un coup d'État contre la Fédération, en représailles aux actions barbares des A-Laws. Katharon, qui a vent de cette révolution, prend soin de Setsuna blessé à l'épaule suite à son altercation avec Ribbons et Ali Al-Saachez. Le coup d'État va sans doute permettre au pilote du 00 Raiser de retrouver le Ptolémée sur Terre.

Pang Hercury prend en otage 60 000 civils dans la tour d'Afrique pour dénoncer les actions d'A-Laws. Malgré la manipulation des informations dans les médias, il compte sur la réaction réelle des Forces Autonomes pour prouver aux yeux du monde entier les actions répréhensibles du gouvernement. Setsuna, lui, essaie de se rendre sur les lieux du coup d'État mais se retrouve nez à nez avec Mister Bushido, anciennement Graham Aker, dans son nouvel MS.

Autour de la tour d'Afrique, les forces qui s'opposent comprennent tous rapidement qu'une 2e arme satellite avait été construite et s'apprête maintenant à tirer sur la station suborbitale où a eu lieu le coup d'État, quitte à sacrifier des milliers de civils. Setsuna, pensant être le seul capable de détruire rapidement le 2e Memento Mori, décide de décoller malgré ses blessures avec le 00 Raiser.

Quatre mois après la chute de l'ascenseur orbital d'Afrique causé par le tir du Memento Mori 2, Celestial Being se lance à nouveau dans une expédition pour détruire l'arme satellite. Marie fait également partie des pilotes, mais cette dernière est très affectée par l'assassinat de son père adoptif, Sergeï Smirnov, au point de faire resurgir son ancienne personnalité.

Le Ptolémée est incessamment détecté par la présence d'Anew à bord. Un nouveau combat s'engage donc contre les A-Laws, et Saji est désormais résolu à convaincre Louise de le rejoindre. Il monte donc à bord du 00 Raiser avec Setsuna pour y parvenir. Marie, elle, veut trouver Andrei Smirnov pour venger le colonel, et devient incontrôlable.

Revive, alors capturé par Tieria, subit un interrogatoire sur le Ptolémée. Mais il profite de la présence d'Anew, sa semblable, pour s'échapper du vaisseau avec le 0 Raiser. Anew révèle alors à tous qu'elle est un Innovator et quitte le Ptolémée en laissant Lyle, son amant, derrière elle.

Suite à la tragique mort d'Anew, l'équipage du Ptolémée estime qu'il faut retrouver Véda. Un message crypté arrive justement à point nommé et indique un rendez-vous à côté de Lagrange 5.

Lors de son combat contre Mister Bushido à proximité de Lagrange 5, Setsuna révèle qu'il commence peu à peu à devenir un Innovator. Il parvient grâce à ses nouvelles facultés à vaincre son adversaire et s'échappe avec la localisation de Véda donnée par Wang Liu Mei sur un bout de papier.

Celestial Being et Katharon sont aidés par l'armée régulière désormais commandée par Kati Mannequin, en représailles aux massacres des A-Laws. Ribbons, retranché dans sa base, montre aux troupes sur place qu'il dispose d'un rayon à particules capable de décimer toutes les troupes présentes. Mais les membres de Celestial Being sont prêts à tout pour récupérer Véda.

Celestial Being a réussi, par la force, à pénétrer le vaisseau caché des Innovators pour récupérer Véda. Tandis que Setsuna et Saji font face à Louise et Andrei, Sumeragi se retrouve nez à nez avec Billy Katagiri, et Tieria face à Ribbons au sein du centre de Véda. Grâce au pouvoir de son 00, Setsuna entend les différents fronts de la bataille et se rend compte que la plupart de ses camarades sont en très mauvaise posture.

La lumière de Setsuna a permis aux principaux conflits entre pilotes de se résoudre. En tant que véritable Innovator, il se dresse comme l'espoir de l'humanité et s'oppose une bonne fois pour toutes à Ribbons Almark, le grand responsable des derniers massacres perpétrés par les Forces Autonomes du Maintien de la Paix. Qui des deux incarne réellement le Projet d'Aeolia Schenberg ?