Quatre ans ont passé, et l'équipage de Celestial Being ne sait toujours pas si Setsuna est vivant. Une attaque sur la colonie Proud où se trouve Saji Crossroad se prépare, et laisse supposer que cet événement de grande ampleur fera revenir le pilote de l'Exia.

Setsuna, de retour parmi Celestial Being, décide d'aller recruter un nouveau « Lockon Stratos ». Il s'agit du frère jumeau de Neil Dylandy, Lyle. Il profite de son passage pour forcer Sumeragi Lee Noriega à retourner sur le Ptolémée, où ils essaient de mettre en place un nouveau système sur le Gundam 0.

Allelujah, seul Gundam Meister manquant, serait détenu depuis quatre ans dans une prison rassemblant toutes les forces antigouvernementales : plusieurs membres de Katharon, Allelujah, mais aussi Marina Ismaïl, à la grande surprise de Setsuna. Sumeragi doit donc élaborer un plan de sauvetage pour libérer leur camarade dans une zone très bien gardée par les A-Laws.

La mission de sauvetage est un succès : Setsuna et Tieria parviennent à libérer Allelujah et Marina Ismaïl. Mais malgré la victoire, Sumeragi Lee Noriega ne se résout pas à poursuivre le combat. Hésitante, elle va écouter les volontés de différentes personnes à bord du Ptolémée…

L'opération de nettoyage au sein de la base de Katharon est terminée. Saji, conscient d'avoir causé ce massacre en tentant de fuir, se remet en question. Côté A-Laws, Louise Halévy passe sous les commandements du colonel Mannequin, qui prépare une nouvelle stratégie d'attaque sur la base de Katharon déjà décimée.

La bataille entre A-Laws et Celestial Being fait rage pour permettre à Katharon de fuir. Saji décide d'aider Celestial Being alors que Louise se trouve dans les troupes ennemies, Setsuna affronte Mister Bushido, et Allelujah engage son énième confrontation contre Soma Périès… les conduisant à un face-à-face hors de leurs MS.

Allelujah a ramené Marie Parfacy, anciennement Soma Périès, à bord du Ptolémée. Lors des recherches, Tiera Erde a fait face à un Innovator lui ressemblant comme deux gouttes d'eau, Regene Regetta. Cette rencontre l'encourage à se rendre à une réception où se trouveraient les pontes des A-Laws.

L'infiltration de Setsuna et Tieria tourne au vinaigre : ils sont démasqués par Billy Katagiri. De retour sur le Ptolémée, Sumeragi établit une nouvelle stratégie pour s'échapper des fonds marins : elle est persuadée que les A-Laws ne sauraient tarder à leur tendre un piège.

Parvenus à rejoindre l'espace tant bien que mal, Celestial Being se réfugie près de Lagrange 3. Mais Sumeragi sait déjà qu'il faut se préparer au pire et procéder au plus vite à l'assemblage du 00 avec le 0 Raiser : en effet, les A-Laws ont construit avec l'aide des Innovators le Memento Mori qui risque de confirmer l'hégémonie de la Fédération sur le Moyen-Orient.

Le premier tir d'essai du Memento Mori est une réussite : tout une zone de la Suille est annihilée en un instant. Face à la gravité de la situation, Tieria annonce l'existence des Innovators qui tirent les ficelles des A-Laws. Celestial Being poursuit donc son ravitaillement ainsi que l'assemblage du 0 Raiser et du 00 au sein de la base de Lagrange 3, mais le temps semble compté.

Le 00 Raiser est enfin actif avec pour pilotes Setsuna et Saji. Mais comme lors de l'essai d'assemblage, celui-ci déclenche un partage d'ondes cérébrales avec tous les MS se trouvant à proximité : Saji et Louise découvrent respectivement qu'ils sont ennemis. Malgré le choc, Setsuna arrive, grâce à ses nouvelles capacités, à repousser l'ennemi. Saji fera-t-il la même erreur qu'à la base de Katharon ?

La 2e flotte spatiale de Katharon, pourtant parée à détruire l'arme satellite ayant décimé deux zones du Moyen-Orient, se fait annihiler pas un 3e tir du Memento Mori. Celestial Being, également décidée à mettre hors d'état de nuire l'arme de destruction massive, s'apprête à élaborer une stratégie de destruction.

Le Memento Mori détruit, le Ptolémée échappe de justesse à un rayon et se réfugie sur Terre. Marina Ismaïl, constatant que les guerres continuent de plus belle, se résigne à chanter en faveur de la paix. Quant à Setsuna, séparé de ses camarades, va faire la rencontre de Ribbons Almark qui a plusieurs révélations à lui faire.

Sergeï Smirnov apprend que son ami et collègue Pang Hercury prépare un coup d'État contre la Fédération, en représailles aux actions barbares des A-Laws. Katharon, qui a vent de cette révolution, prend soin de Setsuna blessé à l'épaule suite à son altercation avec Ribbons et Ali Al-Saachez. Le coup d'État va sans doute permettre au pilote du 00 Raiser de retrouver le Ptolémée sur Terre.

Pang Hercury prend en otage 60 000 civils dans la tour d'Afrique pour dénoncer les actions d'A-Laws. Malgré la manipulation des informations dans les médias, il compte sur la réaction réelle des Forces Autonomes pour prouver aux yeux du monde entier les actions répréhensibles du gouvernement. Setsuna, lui, essaie de se rendre sur les lieux du coup d'État mais se retrouve nez à nez avec Mister Bushido, anciennement Graham Aker, dans son nouvel MS.

Autour de la tour d'Afrique, les forces qui s'opposent comprennent tous rapidement qu'une 2e arme satellite avait été construite et s'apprête maintenant à tirer sur la station suborbitale où a eu lieu le coup d'État, quitte à sacrifier des milliers de civils. Setsuna, pensant être le seul capable de détruire rapidement le 2e Memento Mori, décide de décoller malgré ses blessures avec le 00 Raiser.

Quatre mois après la chute de l'ascenseur orbital d'Afrique causé par le tir du Memento Mori 2, Celestial Being se lance à nouveau dans une expédition pour détruire l'arme satellite. Marie fait également partie des pilotes, mais cette dernière est très affectée par l'assassinat de son père adoptif, Sergeï Smirnov, au point de faire resurgir son ancienne personnalité.

Le Ptolémée est incessamment détecté par la présence d'Anew à bord. Un nouveau combat s'engage donc contre les A-Laws, et Saji est désormais résolu à convaincre Louise de le rejoindre. Il monte donc à bord du 00 Raiser avec Setsuna pour y parvenir. Marie, elle, veut trouver Andrei Smirnov pour venger le colonel, et devient incontrôlable.

Revive, alors capturé par Tieria, subit un interrogatoire sur le Ptolémée. Mais il profite de la présence d'Anew, sa semblable, pour s'échapper du vaisseau avec le 0 Raiser. Anew révèle alors à tous qu'elle est un Innovator et quitte le Ptolémée en laissant Lyle, son amant, derrière elle.

Suite à la tragique mort d'Anew, l'équipage du Ptolémée estime qu'il faut retrouver Véda. Un message crypté arrive justement à point nommé et indique un rendez-vous à côté de Lagrange 5.

Lors de son combat contre Mister Bushido à proximité de Lagrange 5, Setsuna révèle qu'il commence peu à peu à devenir un Innovator. Il parvient grâce à ses nouvelles facultés à vaincre son adversaire et s'échappe avec la localisation de Véda donnée par Wang Liu Mei sur un bout de papier.

Celestial Being et Katharon sont aidés par l'armée régulière désormais commandée par Kati Mannequin, en représailles aux massacres des A-Laws. Ribbons, retranché dans sa base, montre aux troupes sur place qu'il dispose d'un rayon à particules capable de décimer toutes les troupes présentes. Mais les membres de Celestial Being sont prêts à tout pour récupérer Véda.

Celestial Being a réussi, par la force, à pénétrer le vaisseau caché des Innovators pour récupérer Véda. Tandis que Setsuna et Saji font face à Louise et Andrei, Sumeragi se retrouve nez à nez avec Billy Katagiri, et Tieria face à Ribbons au sein du centre de Véda. Grâce au pouvoir de son 00, Setsuna entend les différents fronts de la bataille et se rend compte que la plupart de ses camarades sont en très mauvaise posture.

La lumière de Setsuna a permis aux principaux conflits entre pilotes de se résoudre. En tant que véritable Innovator, il se dresse comme l'espoir de l'humanité et s'oppose une bonne fois pour toutes à Ribbons Almark, le grand responsable des derniers massacres perpétrés par les Forces Autonomes du Maintien de la Paix. Qui des deux incarne réellement le Projet d'Aeolia Schenberg ?