Frente a um mundo perplexo com o anúncio da Celestial Being, os quatro Gundam Meisters se preparam para uma segunda intervenção armada, agora na Ilha de Ceilão, que esclarecerá suas intenções.

Após uma dura batalha no Ceilão contra o Gundam de Setsuna, o piloto Graham Aker, ás da Union, é realocado ao lado do engenheiro Billy Katagiri para uma nova força-tarefa anti-Gundam.

De luto pelos soldados perdidos nas incursões, a Liga da Reforma Humana reafirma sua oposição à Celestial Being. O Coronel Sergei Smirnov é designado para comandar a equipe cuja função é eliminar os Gundams.

A Princesa Marina deixa o Azadistão e inicia um tour diplomático pelo mundo todo em busca de ajuda para sua nação. Enquanto isso, Saji, irmão de Kinue Crossroad, viaja para o espaço com o elevador orbital da Liga da Reforma Humana.

As atividades da Celestial Being reduziram os conflitos pelo mundo, mas nem todos veem essa mudança com bons olhos. Dentre eles, a Morália, um país no sul da Europa, cuja economia se baseia na indústria bélica e em companhias militares privadas (PMCs).

Durante a intervenção da Celestial Being em Morália, Setsuna acredita ter encontrado uma figura que teve grande impacto em seu passado e se coloca em risco para confirmar suas suspeitas.

Uma rede terrorista realiza ataques para forçar os Gundam a interromper suas incursões. Wang Liu-Mei e outros agentes da Celestial Being investigam essa rede enquanto os Gundam Meisters ficam de prontidão no aguardo de novos ataques.

Quatro meses após os inícios das intervenções da Celestial Being, o mundo segue em frente. A mãe de Louise Halevy visita Tokyo e insiste que ela volte para a Espanha; Kinue Crossroad continua com a investigação sobre o misterioso Aeolia Schenberg; e Alejandro Corner, embaixador da ONU, promete ajuda ao Azadistão.

Na órbita terrestre, a equipe de Sergei ataca a base de operações dos Gundam. Os Meisters defendem sua nave-mãe, mas podem estar caindo numa armadilha.

Após o combate na órbita terrestre, os cientistas da Liga da Reforma Humana percebem que um dos Gundam Meisters tem ligação com o Instituto de Super-Humanos, e Allelujah descobre algo que o choca.

Apesar da Princesa Marina ter garantido o auxílio da ONU para sua turbulenta terra natal, o Reino do Azadistão continua em crise. A introdução de energia solar no país causa controvérsias.

O líder conservador Massoud Rachmadi continua desaparecido, e a situação no Reino do Azadistão piora. Para descobrir quem está por trás da crise, Setsuna visita as instalações da antena solar.

Os três blocos de nações iniciam um exercício militar conjunto para desafiar a Celestial Being, e a tripulação do Ptolemaios desce à Terra para uma intervenção armada.

A Union, a Liga da Reforma Humana e a AEU iniciam o exercício militar no Deserto de Taklamakan. A Celestial Being intervém para impedir um desastre nuclear.

Os Gundam Meisters usam todas as suas forças para vencer o combate, mas uma reviravolta muda toda a batalha.

A tripulação do Ptolemaios retorna ao espaço para uma reunião com a Equipe Trinity. No entanto, o encontro não se desenrola como eles imaginavam...

A Equipe Trinity continua com sua campanha de intervenções armadas, mas seus métodos são mais controversos do que os da Celestial Being.

Os Gundam Meisters se unem para deixar clara a posição da Celestial Being para a Equipe Trinity.

Uma fonte misteriosa entrega novas armas aos blocos de nações, e uma força de elite é organizada para fazer frente aos Gundams.

A ONU faz uso de novos métodos para os combates. Sergei Smirnov e Soma Peries lideram uma equipe em busca dos Gundam Thrones.

A ONU revela suas novas armas ao mundo e anuncia uma nova operação. A Equipe Trinity se vê frente a um exército extremamente poderoso.

Veda tem uma resposta inesperada frente a um ataque.

Apesar das perdas irreparáveis, a tripulação da Celestial Being continua lutando, mas o inimigo não dá trégua.

Em meio a um cenário desolador, Setsuna continua lutando contra Alvatore.