Num campo de testes militares próximo ao seu elevador orbital, a AEU realiza uma apresentação de seu novo mobile suit, o Enact, sob o olhar de um piloto e um engenheiro da Union. Mas a demonstração é interrompida por um poderoso mobile suit desconhecido.

Frente a um mundo perplexo com o anúncio da Celestial Being, os quatro Gundam Meisters se preparam para uma segunda intervenção armada, agora na Ilha de Ceilão, que esclarecerá suas intenções.

Após uma dura batalha no Ceilão contra o Gundam de Setsuna, o piloto Graham Aker, ás da Union, é realocado ao lado do engenheiro Billy Katagiri para uma nova força-tarefa anti-Gundam.

De luto pelos soldados perdidos nas incursões, a Liga da Reforma Humana reafirma sua oposição à Celestial Being. O Coronel Sergei Smirnov é designado para comandar a equipe cuja função é eliminar os Gundams.

A Princesa Marina deixa o Azadistão e inicia um tour diplomático pelo mundo todo em busca de ajuda para sua nação. Enquanto isso, Saji, irmão de Kinue Crossroad, viaja para o espaço com o elevador orbital da Liga da Reforma Humana.

As atividades da Celestial Being reduziram os conflitos pelo mundo, mas nem todos veem essa mudança com bons olhos. Dentre eles, a Morália, um país no sul da Europa, cuja economia se baseia na indústria bélica e em companhias militares privadas (PMCs).

Durante a intervenção da Celestial Being em Morália, Setsuna acredita ter encontrado uma figura que teve grande impacto em seu passado e se coloca em risco para confirmar suas suspeitas.

Uma rede terrorista realiza ataques para forçar os Gundam a interromper suas incursões. Wang Liu-Mei e outros agentes da Celestial Being investigam essa rede enquanto os Gundam Meisters ficam de prontidão no aguardo de novos ataques.

Quatro meses após os inícios das intervenções da Celestial Being, o mundo segue em frente. A mãe de Louise Halevy visita Tokyo e insiste que ela volte para a Espanha; Kinue Crossroad continua com a investigação sobre o misterioso Aeolia Schenberg; e Alejandro Corner, embaixador da ONU, promete ajuda ao Azadistão.

Na órbita terrestre, a equipe de Sergei ataca a base de operações dos Gundam. Os Meisters defendem sua nave-mãe, mas podem estar caindo numa armadilha.

Após o combate na órbita terrestre, os cientistas da Liga da Reforma Humana percebem que um dos Gundam Meisters tem ligação com o Instituto de Super-Humanos, e Allelujah descobre algo que o choca.

Apesar da Princesa Marina ter garantido o auxílio da ONU para sua turbulenta terra natal, o Reino do Azadistão continua em crise. A introdução de energia solar no país causa controvérsias.

O líder conservador Massoud Rachmadi continua desaparecido, e a situação no Reino do Azadistão piora. Para descobrir quem está por trás da crise, Setsuna visita as instalações da antena solar.

Os três blocos de nações iniciam um exercício militar conjunto para desafiar a Celestial Being, e a tripulação do Ptolemaios desce à Terra para uma intervenção armada.

A Union, a Liga da Reforma Humana e a AEU iniciam o exercício militar no Deserto de Taklamakan. A Celestial Being intervém para impedir um desastre nuclear.

Os Gundam Meisters usam todas as suas forças para vencer o combate, mas uma reviravolta muda toda a batalha.

A tripulação do Ptolemaios retorna ao espaço para uma reunião com a Equipe Trinity. No entanto, o encontro não se desenrola como eles imaginavam...

A Equipe Trinity continua com sua campanha de intervenções armadas, mas seus métodos são mais controversos do que os da Celestial Being.

Os Gundam Meisters se unem para deixar clara a posição da Celestial Being para a Equipe Trinity.

Uma fonte misteriosa entrega novas armas aos blocos de nações, e uma força de elite é organizada para fazer frente aos Gundams.

A ONU faz uso de novos métodos para os combates. Sergei Smirnov e Soma Peries lideram uma equipe em busca dos Gundam Thrones.

A ONU revela suas novas armas ao mundo e anuncia uma nova operação. A Equipe Trinity se vê frente a um exército extremamente poderoso.

Veda tem uma resposta inesperada frente a um ataque.

Apesar das perdas irreparáveis, a tripulação da Celestial Being continua lutando, mas o inimigo não dá trégua.

Em meio a um cenário desolador, Setsuna continua lutando contra Alvatore.

Included on the final DVD of the first season, a tongue-in-cheek sneak peek at the coming second season.

A recap of the first season, from Setsuna point of view.

O ano é 2312 d. C., cinco anos após a primeira aparição da Celestial Being, e quatro anos após o grande combate com as tropas ONU. Graças aos Gundam Meisters, o mundo se encontra em união... mas não do modo que eles esperavam.

A A-LAWS começa a recrutar novos membros. Kati Mannequin e Soma Peries se inquietam com a nova organização.

A A-LAWS tenta prever os movimentos seguintes da Celestial Being e prepara uma armadilha. Os Meisters tentam resgatar Allelujah.

Após um duro combate cheio de encontros inesperados, todos reavaliam suas razões para lutar. Setsuna e Marina retornam a um lugar que lhes é muito caro.

Depois de ser surpreendido pela Katharon, o Ptolemaios se refugia no Deserto da Arábia. Klaus Grad, líder da Katharon, tem uma proposta para a Celestial Being.

A A-LAWS ataca novamente. As últimas palavras de um soldado em seu leito de morte transportam Sumeragi de volta a um momento trágico de seu passado.

Sumeragi retorna ao comando do Ptolemaios, mas o embate entre Allelujah e Soma Peries tem um desfecho inesperado, com graves implicações para todos ao seu redor.

Tieria fica chocado ao encontrar alguém igual a ele e descobrir ser parte de algo muito maior do que imaginava.

Quando Tieria tenta fazer Ali al-Saachez pagar pelo que fez, Lyle descobre a verdade sobre seu irmão.

O Reino de Suille se opõe ao plano da Federação de reorganizar o Oriente Médio, mas a Federação não aceita dissidências. Sergei Smirnov é enviado para a fronteira do país.

Enquanto Ian Vashti e os outros mecânicos da Celestial Being preparam uma máquina para dar suporte ao 00 Gundam de Setsuna, a A-LAWS traz à tona uma nova arma. Tieria fica furioso com Ribbons Almark e a A-LAWS.

O Ptolemaios tenta escapar dos ataques da A-LAWS, mas é encurralado pelas táticas de Kati Mannequin e pelos mobile suits inimigos.

A frota espacial da Katharon enfrenta enorme resistência ao realizar um ataque contra a A-LAWS. Os Gundam Meisters se juntam ao combate, mas podem estar caindo numa armadilha.

O Ptolemaios desce à Terra. Setsuna vai atrás dele, mas é surpreendido por outro Gundam.

O Ptolemaios recebe suprimentos da Katharon para realizar reparos, mas precisa de Setsuna para continuar o combate. A Federação sofre um golpe inesperado.

A A-LAWS muda seus planos após receber as notícias sobre o golpe contra a Federação. Setsuna direciona o 00 para a África na esperança de retornar à nave, mas reencontra um antigo inimigo, mais perigoso do que nunca.

Sem ter terminado os reparos, o Ptolemaios fica num impasse com a crise que se inicia. Setsuna tenta retornar à batalha e pede a ajuda de Saji.

Quatro meses se passam desde o incidente no elevador orbital. Os líderes da A-LAWS recebem notícias sobre a Celestial Being.

Enquanto Saji Crossroad busca Louise Halevy em meios ao caos do combate, Soma Peries vai atrás de Andrei Smirnov. Setsuna confronta Hiling Care, e o poder do 00 Raiser se propaga por todo o campo de batalha.

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Um Innovator é capturado pelo Ptolemaios, mas interrogá-lo é mais difícil do que a Celestial Being supunha. Mileina é vítima de um inimigo inesperado.

Coordenadas misteriosas chegam ao Ptolemaios. Setsuna e Ian têm razões distintas para ir até lá, mas a tripulação desconfia que algo está errado.

As tropas da A-LAWS e da Federação continuam determinadas a destruir a Celestial Being, e seus líderes preveem uma batalha decisiva. A bordo do Ptolemaios, Setsuna e seus companheiros se enchem de determinação para o combate.

As forças da Katharon e da Federação são envolvidas no combate feroz entre a A-LAWS e a Celestial Being. De repente, o campo de batalha é envolto numa explosão de luz.

Tieria entra na nave inimiga e fica chocado com o que descobre. O Ptolemaios tenta combater o ataque implacável do inimigo, mas os heróis vão caindo um a um.

Setsuna inicia o duelo final. As intenções de Lyle, as esperanças de Allelujah e os pensamentos de Tieria vagueiam pela escuridão do espaço. As partículas do 00 Raiser envolvem a área ao seu redor...

Included on the final DVD of the second season, a tongue-in-cheek preview of Gundam 00's upcoming feature film.