Три зионских пилота в мобильных доспехах серии MS-06F Zaku II («Заку») шпионят за колонией Сторона 7, которая выглядит опустевшей. Фрау Боу прибегает в своему соседу Амуро Рэю и велит ему собираться, так как весь сектор подлежит эвакуации. Они уезжают и прячутся в убежище. В то же время в доках стоит новый космический авианосец «Белая база» (SCV-70 White Base), который должен стать новым секретным оружием Земной федерации вместе с новым управляемым боевым роботом RX-78-2 Gundam («Гандамом», также называемым «мобильным доспехом»). Федерация надеется, что благодаря им сможет получить большое преимущество в войне. На борту «Базы» энсин Брайт Ноа обсуждает с отцом Амуро, Тэмом Рэем, возможность массового производства Гандамов. Шпионы Зиона, нарушая приказ, нападают на Сторону 7. Амуро в убежище слышит взрывы и убегает на поиски своего отца. Тэм Рэй велит велит эвакуироваться на борту «Белой базы», а сам отправляется, чтобы погрузить на корабль Гандам.

Ракета с корабля «Мусаи» Чара Азнабля ранит капитана «Белой базы» Паоло Кассиуса. Зионские шпионы передают Чару информацию о новом мощном оружии Федерации — Гандаме. Тот воспринимает её скептически, но докладывает своему командиру, Дозулу Заби — адмиралу Космического флота Зиона и члену правящей Зионом семьи Заби. На Стороне 7 Фрау Боу помогает эвакуироваться гражданским, в частности, трем осиротевшим детям. Практически весь персонал «Базы» убит в бою, в живых осталось лишь десять человек. Появляется Мирай Ясима, которая имеет небольшой опыт управления кораблем, и вызывается пилотировать «Белую базу». Паоло Кассиусу удается, наконец, связаться с Амуро в Гандаме. Они с Брайтом Ноа шокированы тем фактом, что робота пилотирует ребёнок, но заменить его некем. Между тем, Чар и несколько других пилотов в своих космических скафандрах отбывают к Стороне 7, где Фрау Боу с помощью девушки по имени Сайлы Масс ищут выживших.

«Белая база» направляется на астероид Луна II, используемый Федерацией для добычи ресурсов. Там они планируют воссоединиться с войсками Земной федерации. Команда волнуется, так как их преследует «Мусаи» Чара Азнабля, и ждут новой атаки. Тем временем, Чар не получает запрашиваемых поставок от адмирала Дозула — лишь два Заку вместо трех. Брайт Ноа и Мирай Ясима видят судно снабжения «Папуа», приближающееся к «Мусаи». Команда Брайта решает атаковать. «Белая база» разворачивается для нападения. Амуро в Гандаме и Рю Хосе в «Кор Файтере» подкрадываются сзади. Они начинают обстрел. На них нападают Заку. Чар в мобильном доспехе снова бьется с Амуро и снова оказывается слишком быстрым, но «База» начинает обстрел «Мусаи», и Чар отступает. Судно снабжения «Папуа» уничтожено, но поставки уже переданы на «Мусаи». «Белая база» продолжает путь к Луне II.

«Белая база» добирается до Луны II. Адмирал Ваккейн глава штаба Федерации на Луне II, сообщает, что беженцев он принять не может, а команда «Базы» попадет под военный трибунал как получившая контроль над совершенно секретной военной технологией (в частности, Гандамом) без надлежащих полномочий. Корабль «Белая база» и Гандам конфискованы, а Брайт с командой оказываются в тюремной камере. Брайт Ноа просит Ваккейна не дезактивировать Гандам, ведь за «Базой» следовал зионский «Мусаи», но адмирал его не слушает. «Мусаи» действительно какое-то время выжидает, выбирая подходящее время для нападения. Чар и большая группа солдат в скафандрах проникают внутрь Луны II и добираются до ангара. Однако из-за взрыва выключается энергия, двери камеры открываются и команда «Белой базы» возвращается на корабль. С мобильным доспехом Чара Азнабля снова сражается Гандам, а прикрывающих его Заку берет на себя Рю в «Кор Файтере». Когда оба Заку выходят из строя, оставшийся без поддержки Чар отступает.

«База» в сопровождении корабля «Саламин» с Луны II приближается к Земле. «Мусаи» снова получает дополнительные поставки в виде трех Заку. Чар решает снова атаковать — до вхождения в атмосферу Земли осталось двадцать минут, как раз достаточно, чтобы начать атаку, при этом команда будет отвлечена посадкой и станет легкой добычей. Лейтенант Рид с «Саламина» считает, что раз «Мусаи» понадобились новые поставки, значит, корабль не готов к сражению и не посмеет атаковать, но Брайт не согласен. Он готовит команду к сражению. Вскоре действительно появляется Чар в сопровождении трех Заку. У них осталось четыре минуты для атаки (до вхождения «Базы» в атмосферу Земли). Заку посылают ракеты в «Белую базу», Гандам снова сражается с Чаром. Амуро удается вывести из строя его оружие, в результате чего Чар отступает на «Мусаи», но в ходе битвы два мобильных доспеха — Гандам Амуро и Заку одного из подчиненных Чара — попадают в атмосферу, где их ждет неминуемая смерть.

Гарма Заби приветствуют старого друга Чара Азнабля на «Гау», своем корабле. Ему не терпится проявить себя перед старшей сестрой Кисилией. На «Белой базе» все готовятся к сражению, за исключением Хаято Кобаяси, который тренируется на симуляторе, и издевающегося над ним Кая Сидэна. На мостике спорят Брайт Ноа и лейтенант Рид. По мнению Рида, Гандам нужно отправить на прорыв зионского отряда, а Брайт считает, что Амуро нужен отдых. Атака Зиона прерывает дискуссию. Несмотря на уговоры, Амуро отказывается отдыхать и выводит Гантанк, которым обычно управляет Хаято. Зионцы впервые видят это новое оружие. Гарма решает, что это и есть тот мобильный доспех, о котором он столько слышал, и посылает несколько Заку в бой. Амуро возвращается на «Базу» и садится в Гандам, а Хаято занимает место в Гантанке. Чар осознает ошибку Гармы, но радуется ей, так как поражение Гармы заставит его собственные ошибки выглядеть столь значительными в глазах адмирала Дозула.

Лейтенант Рид предлагает выпустить беженцев, но Брайт не согласен высаживать их на территории Зиона. Некоторые беженцы крайне недовольны ситуацией, считая, что им ничего не рассказывают и не принимают всерьез. Гарма обдумывает новую стратегию, изучая накопленные данные о Гандаме. Он поражен увиденным и понимает, что с такой силой Зион ещё не сталкивался. Он планирует новую атаку, прежде чем «База» сможет перегруппироваться. Тем временем, Брайт и Амуро пытаются осуществить собственный план: Амуро в «Кор Файтере» в одиночку пытается прорваться сквозь отряд Зиона на территорию Федерации.

Прекращение огня объявляется между силами Зеона и Федерации, когда беженцы на борту Белой базы решают спрыгнуть с корабля.

Амуро больше не желает пилотировать Гандам, в то время как Гарма Заби планирует лично возглавить нападение на Белую базу.

Илелина Эсконбах просит офицера Зеона возглавить специальную миссию по уничтожению Белой базы, ответственной за смерть ее бойфренда Гармы.

Гирен Заби использует смерть своего брата Гармы в качестве точки сплотния для дела Зеона, в то время как новая целевая группа во главе с Рамбой Ралом и его мобильным костюмом Гуф преследует Белую базу.

Амуро Рэй воссоединяется со своей матерью Камарией, когда команда Белой базы по совпадению решает отдохнуть недалеко от места, где он родился.

Время для Амуро истекает, когда небольшая эскадрилья солдат Зеона в писящих велосипедах заводит бомбы замедленного действия по всей раме Гандам.

Когда сигнал бедствия обнаруживается на небольшом острове в Тихом океане, Амуро отправляется с основным истребителем для расследования источника.

Сейла выходит с Гандам без разрешения в надежде выяснить, является ли Чар ее давно потерянным братом.

Брайт Ноа решает освободить Амуро в качестве пилота Гандам после того, как тактическая неудача, сделанная последним на поле боя, почти приводит к поражению.

Экипаж Белой базы ищет Амуро и Гандам; Амуро надеется положить конец войне, напав на шахту, которая, как считается, является основным источником железной руды для военной промышленности Зеона.

Мобильная эскадрилья костюмов во главе с Рамбой Ралом и его Гуф атакуют Белую базу, в то время как Амуро и Гандам возвращаются как раз вовремя, чтобы помочь.

Внутри Белой базы вспыхивает тотальная битва, когда Рамба Рал и его солдаты проникают на корабль в надежде захватить или уничтожить его.

Кроули Хэмон возглавляет одно последнее самоубийстве на Белую базу с тем, что осталось от войск, когда-то возглавляемых Рамбой Ралом.

По мере приближения операции "Одесса" полковник М'Куве заманивает Белую базу в ловушку, в то время как Брайт Ноа не может стать капитаном корабля.

Корпус снабжения лейтенанта Матильды подвергается нападению Зеон, когда они пытаются отправить модули модернизации для Гандам и поставки и ремонтные детали для Белой базы.

Крот внутри Федерации уходит от штаб-квартиры Зеон, которая затем отправляет специальную команду Блэк Тристар с приказом уничтожить Белую базу и ее прототип мобильных костюмов.

Амуро обнаруживает крота Зеона, останавливает ядерную бомбу и сталкивается с двумя оставшимися членами Блэк Тристара, пока битва в Одессе продолжается.

Под командованием Чара новые мобильные костюмы-амфибии Зеона атакуют Белую базу, пришвартованную на базе Федерации в Белфасте.

Кай Шиден дружит с местной девушкой Михару Ратоки, в то время как Чар готовит вторую амфибийную атаку на Федерацию в Белфасте.

Благодаря разведке, полученной от Михару, Фланаган Бун и его эскадрилья Безумных рыболовов атакуют Белую базу по пути в штаб-квартиру Джабуро в Южной Америке.

Белая база, наконец, достигает штаба генерала Джабуро; затем Зеон начинает массовое вторжение на базу во главе с Чаром и его обычаем З'Гоком.

Чар проникает в Джабуро с эскадрильей мобильных костюмов Агай и заводит бомбы замедленного действия на новые серийные GM Федерации, но не раньше, чем они были обнаружены Кацем, Киккой и Летцем.

Белая база и Гундам противостоят крейсеру Занзибар во главе с Чаром и мобильной броней под названием Бигро на низкой околоземной орбите.

Целевая группа крейсеров Мусаи и Рика Домса во главе с Дреном пытается уничтожить Белую базу, направляясь к нейтральной колонии Шестой Стороны.

Нудаясь в ремонте, Белая база атакована за пределами нейтральной Шестой стороны флотом во главе с капитаном Консконом.

Внутри шестой стороны Амуро встречает красивую девушку по имени Лалах Суне, и напряженность нарастает, когда корабль Занзибара во главе с Чаром Азнайблом причаливается рядом с Белой базой.

Огромный объединенный космический флот Федерации атакует Соломонову крепость Княжества Зеона под командованием Дозле Заби.

По мере продолжения битвы громоздкая мобильная броня, пилотируемая Дозле Заби, наносет большие потери Федерации; Амуро и Слеггар придумывают план, чтобы остановить ее натиск.

Дуэль Гандам Амуро Рэя с Гьяном полковника М'Кува в заброшенной и пониженной колонии Техаса, в то время как Чар и Лала наблюдают издалека.

Чар берет на себя М’Кува, чтобы сразиться с Гандам, в то время как Белая база входит в техасскую колонию и отправляет Сайлу Масс и Джоба Джона на поиски Амуро.

Гирен Заби отправляет Чара в Ньютайп, чтобы пилотировать новый Брав; собственные способности Амуро в Ньютайп растут по мере того, как он чувствует присутствие Лалы.

Гандам модернизирован, и Элмет Лалы впервые вступает в бой; Амуро и Лала снова пересекаются, но на этот раз в качестве врагов.

Амуро и Лала сражаются друг с другом во второй раз и общаются телепатически, в то время как Гирен Заби проверяет конструкцию Солнечного луча.

Силы Федерации, включая Белую базу, продолжают вторгаться в крепость А-Баоа-Ку, несмотря на потерю половины своего объединенного флота, вызванного Солнечным лучом Зеона; Амуро и Чар, которые теперь пилотируют Зонг, снова вступают в бой.

Битва при А-Баоа-Ку достигает критической точки; Белая база находится глубоко на территории противника, неустанная дуэль Амуро и Чара продолжается, а Кисилия Заби борется в командовании.