En 1966, le « SS Americana » effectuait sa dernière traversée de l'Atlantique. Darcy Curtis, une ravissante jeune femme, faisait partie des passagers et se réjouissait de pouvoir effectuer ce voyage... De nos jours, le cadavre de Darcy Curtis est découvert, alors que le nouveau propriétaire du bateau a décidé d'entreprendre des travaux de rénovation. En 1966, tout le monde avait pensé que Darcy s'était suicidée en se jetant par-dessus bord. Ses chaussures avaient effectivement été découvertes à proximité de la rambarde de protection. Mais en examinant son corps, on découvre que la malheureuse a été assassinée. L'équipe de Lilly Rush prend l'affaire en main et s'intéresse tout particulièrement à Grace Stearns, sa meilleure amie, et compagne de voyage à l'époque.

Alors que le service des affaires classées subit des restrictions budgétaires, Lilly Rush et son équipe effectuent une plongée dans l'univers du skateboard. Ils doivent enquêter sur la disparition, en 1995, d'un jeune prodige de la discipline. Dans le même temps, Scotty reçoit la visite de son père. Ce dernier s'inquiète des nouvelles lubies de la mère de Scotty, qui s'est récemment mise à pratiquer le tai-chi.

Un délinquant fait des révélations au sujet de la mort, officiellement accidentelle, d'un de ses anciens codétenus. Alors que Scotty, qui connaissait bien la victime, et Lilly progressent rapidement, les supérieurs de Stillman insistent pour que le dossier soit refermé en l'état. En marge de l'enquête, Lilly reçoit sur son portable des photographies de la part d'un correspondant qui masque son identité.

En décembre 1970, le fils d'un pasteur est retrouvé mort dans les rues de Philadelphie, aux alentours d'un club de jazz clandestin. Près de quarante ans plus tard, son fils, né huit mois après sa mort, fait rouvrir l'enquête. Il s'avère que la victime était aussi un musicien accompli. Parallèlement, un adolescent demande à parler à Lilly Rush mais il se volatilise juste avant qu'elle ne vienne à sa rencontre.

Au fond d'un lac artificiel proche de Philadelphie, un squelette est retrouvé dans la carcasse d'un vieil appareil de la Seconde Guerre mondiale. La dépouille est celle de l'une des premières femmes pilotes de l'armée de l'air américaine. Lilly voit son enquête perturbée par la contre-attaque de Moe Kitchener, l'homme qui avait tenté de la tuer. Scotty doit à nouveau faire le médiateur entre son père et sa mère.

À l'occasion de travaux de terrassement, le squelette d'un jockey est retrouvé dans un cimetière pour chevaux, situé juste derrière l'ancien hippodrome. Après examen de sa casaque et des quelques objets figurants parmi les ossements, Lilly et son équipe parviennent à déterminer l'identité du défunt. Il s'agit de Sonny Sandoval, d'origine mexicaine, grande vedette des courses hippiques dans les années 1980.

Un détenu révèle à Lilly et Scotty qu'il avait trouvé, en 1991, le cadavre d'une jeune fille de 14 ans dans la cave de sa boîte de nuit. Il s'était ensuite débarrassé du corps dans une décharge. L'enquête révèle qu'il s'agissait d'une adolescente adoptée, qui était sur le point de s'imposer comme chanteuse de rap. Pour mener à bien cette affaire, le service peut compter sur le retour de Kat Miller.

L'équipe reprend un dossier de 1983 que John, alors chargé de l'enquête, n'avait pu élucider. La victime, un jeune homme d'origine chinoise, menait à l'époque ses propres investigations pour venger la mort de sa petite amie, tuée par une balle perdue quelques mois plus tôt. La mort du patriarche de la famille met un terme à la loi du silence. Lilly, de son côté, hésite à se lier davantage avec Eddie.

En 1999, Luke, boursier et l'un des meilleurs orateurs de son lycée, est retrouvé mort d'une balle dans la tête. Rien ne contredit la thèse du suicide jusqu'à ce que, dix ans plus tard, un élève découvre, dans les archives, une menace de mort cryptée datée du jour du décès. De son côté, Scotty poursuit ses recherches sur les cachoteries de sa mère. Nick, lui, trouve finalement un médecin complaisant.

En 1980, un jeune joueur de hockey est retrouvé gisant dans une mare de sang, au centre de la patinoire où évolue son équipe. Un ancien adversaire demande à Lilly Rush de reprendre l'affaire. Accusé au moment des faits, il a depuis retrouvé la preuve de son innocence. Mais en l'absence du vrai coupable, il est toujours considéré comme le tueur. Scotty, lui, cherche à savoir ce qui est arrivé à sa mère.

Quatre ans après les faits, le témoignage d'un membre des forces spéciales conduit à rouvrir l'enquête sur le meurtre de son sergent recruteur. Ce dernier avait été retrouvé dans une ruelle, en possession du butin d'un cambriolage. Dans le même temps, Lilly apprend que son petit frère a fait une fugue et entreprend de le ramener chez lui. Cet événement lui permet enfin de renouer avec sa famille.

Lilly et Scotty sont appelés sur un chantier après la découverte d'ossements dans les fondations d'un immeuble. L'homme, identifié grâce à son revolver, était un ancien policier reconverti en détective privé. Il a été tué d'une balle dans le dos. Sa mort remonte à 1974. Lilly et ses collègues réalisent que les clients du détective de l'époque, tout comme ses amis, constituent autant de suspects.

Lilly et Scotty sont contactés par la mère d'un jeune graffeur, Carlos Espinosa, retrouvé mort en 1982, le crâne fracturé et la bouche remplie de peinture. Leur enquête les amène à pénétrer le monde des tagueurs. Ils soupçonnent un certain Tut, leader d'un petit gang dont Carlos aurait souillé l'une des œuvres. Dans le même temps, Scotty poursuit son enquête sur l'attaque dont a été victime sa mère.

Lilly apprend que Moe Kitchener, son ennemi de toujours, a été tué. Elle fait partie des suspects et doit être entendue. Dans le même temps, elle conduit avec Scotty une enquête sur la mort d'une acrobate de cirque, survenue au début des années 1970. Déguisé en accident, le crime a visiblement été commis par un membre de la troupe. L'équipe commence par interroger le clown, père adoptif de la victime.

À la veille de son mariage avec la riche Anna Coulson, Dan Palmer décide de tout annuler. Quelques heures après, son corps est retrouvé au pied d'un balcon. Deux ans plus tard, Anna s'apprête à épouser Louie Amante, l'un des collègues de Lilly, Scotty, Nick et Will. Ces derniers sont conviés à la cérémonie et décident d'élucider la mort de Palmer. Chacun a sa petite idée sur l'identité du coupable.

Après la réapparition d'un pistolet ayant causé la mort d'un homme, Mick Malone, en 1986, Lilly et l'équipe décident de rouvrir le dossier. Docker, Mick était aussi l'une des stars d'une ligue indépendante de catch. Les suspects ne manquent pas, notamment parmi ses concurrents de l'époque. Parallèllement, Scotty fait une avancée déterminante dans son enquête sur l'agression et le viol de sa mère.

Victime d'un accident de voiture alors qu'il conduisait ivre, Nick appelle Lilly pour qu'elle vienne le chercher. Une fois sur place, elle s'aperçoit que son collègue n'est plus là. L'équipe comprend bientôt que Nick s'est replongé dans l'une de ses anciennes affaires. Quatre ans plus tôt, il avait arrêté un homme qu'il suspectait d'avoir incendié volontairement sa maison, causant la mort de ses deux fils.

Diane Yates, agent du FBI et ancienne connaissance de John, demande qu'une de ses anciennes affaires soit réexaminée. Il s'agit du meurtre inexpliqué d'un homme qui promenait son chien dans un parc. Mais Yates semble en savoir plus qu'elle ne veut bien le dire. Pour elle, ce crime est lié à un autre, qui remonte aux années 1980, date à laquelle un homme avait été abattu sans raison dans un drive-in.

L'équipe a compris que le tueur en série n'était pas Bill, mais son fils Paul. Diane, qui a pris en charge cette enquête sans en avertir ses supérieurs, risque d'être mise aux arrêts. Grâce à Lilly, elle échappe à la vigilance de l'un d'eux, Ryan Cavanaugh. Bientôt, une nouvelle victime est retrouvée. Il devient clair que Paul débute un nouveau cycle de meurtres, que les enquêteurs doivent au plus vite stopper.

À la demande de Ryan Cavanaugh, Lilly accepte d'enquêter avec lui pour le compte du FBI sur la mort d'un militaire, tué d'une balle dans le ventre pendant le concert de Woodstock, en 1969. L'une des dernières personnes à l'avoir vu vivant est Annabelle Bennet, alors militante pacifiste, devenue membre du Congrès. De son côté, Nick reçoit la visite d'une ancienne petite amie qui lui demande de l'aide.

Lilly se rend dans un motel où elle espère retrouver sa sœur Christina. Elle est assommée par un individu qui lui prend son arme de service. À son réveil, elle demande l'aide de Scotty. Ils interrogent un médecin douteux qui s'occupe de la jeune femme et tombent sur un réseau de pharmacies qui fournissent des médicaments à des drogués en échange d'argent liquide. De son côté, Jeffries rouvre une enquête non résolue sur le meurtre d'une jeune fille, 17 ans plus tôt...