Remise de la tuerie, Lilly tente de convaincre son patron qu'elle est prête à reprendre le travail. Apostrophée par Myrna, une mère qui accuse la police d'avoir causé la mort de son fils, Lilly et Scotty rouvrent un dossier datant de 1994. Cette année-là, Dylan Noakes et Teddy Nimmo, deux adolescents du quartier pauvre de Fishtown, ont été inculpés pour les meurtres de Sean, Georges et Jack, des garçons âgés d'une dizaine d'années, battus à mort. Seul Teddy a fini par avouer. Treize ans plus tard, il s'est pendu dans sa cellule, laissant une note d'aveux. Mais Myrna affirme que son fils ne savait ni lire, ni écrire...

Lilly Rush rouvre le dossier de Carrie Swett, une lycéenne délurée, retrouvée battue à mort dans un petit bois en 1998. Dix ans plus tard, un chemisier qui lui a appartenu a été retrouvé dans une camionnette abandonnée. Le propriétaire du véhicule n'est autre que le concierge de l'établissement que fréquentait la jeune fille.

Sarah Gunden, une jeune amish, contacte Lilly Rush car elle reste sans nouvelles de sa sœur aînée, Anna. Cette dernière est partie un an plus tôt à Philadelphie avec son amie Rachel, à l'occasion de leur rumspringa, un rite de passage durant lequel les adolescents de la communauté partent découvrir le monde extérieur.

En 1953, Bingo Zohar, orphelin, travaille au drugstore de son oncle. Comme ses cousins, il est passionné de musique. Mais la sienne est différente : il s'agit du rock'n'roll naissant. Un matin, Bingo est retrouvé mort dans une ruelle du quartier noir. La balle qui a traversé sa poitrine n'a jamais été retrouvée, pas plus que le meurtrier. Cinquante-quatre ans plus tard, un témoin se présente au bureau de Lilly Rush.

En 2002, le corps de Terrence, un adolescent, est découvert sur le toit d'un immeuble. Cinq ans plus tard, son père veut récupérer des papiers ayant appartenu à son fils. Or, les inspecteurs se rendent compte que son numéro de sécurité sociale a été utilisé après la mort du jeune garçon. Peu après, l'enquête révèle que Terrence était un génie en mathématiques et qu'il utilisait son don pour aider des joueurs de poker.

Le 30 octobre 1938, Orson Welles affole l'Amérique en adaptant pour la radio le roman de H.G. Wells, « La guerre des mondes », sous forme d'un flash d'infos fictif. Ce soir-là, Audrey W. Metz, son mari Felton et leur fils Robert s'apprêtent à fuir devant la supposée attaque martienne. Audrey sort chercher le chien et disparaît pour toujours. Les rumeurs racontent que les Martiens l'ont enlevée ou qu'elle est devenue espionne. En réalité, elle n'a jamais quitté la ville et la découverte de ses ossements au fond d'un puits lance Lilly Rush et ses coéquipiers dans une nouvelle enquête. Un ticket trouvé dans la poche de la victime, sur lequel trois lettres sont inscrites, « AYS », constitue le seul indice matériel, pour le moins énigmatique. Au moment de la mort d'Audrey, la Grande Dépression fait rage aux États-Unis. Felton, son époux, n'a plus de travail. Les enquêteurs découvrent que, pour pouvoir nourrir son fils, Audrey avait accepté un emploi de taxi-girl à la salle de bal Palomar...

L'odeur nauséabonde qui émane d'un box conduit les voisins à alerter le propriétaire. À l'intérieur, un congélateur en panne contient le corps de Shemar Reynolds, 12 ans, disparu depuis trois mois. L'équipe du lieutenant Stillman est chargée de l'affaire. Les policiers apprennent que, sous le même nom d'emprunt, l'occupant du box en a loué trois autres. Comme ils le craignaient, les enquêteurs découvrent à ces adresses les corps de trois garçons. Ils ont entre 9 et 14 ans ; comme Shemar, ils sont noirs ; comme lui, ils ont eu la gorge tranchée, le visage lacéré et l'index gauche coupé post-mortem. Il n'y a pas de trace d'agression sexuelle mais les victimes ont été séquestrées un certain temps avant d'être tuées. La violence des meurtres, la rage qu'elle dénote, tout semble indiquer que le tueur en série connaissait ses victimes. Pourtant les gamins ne semblent pas avoir de point commun. Une vidéo tournée par le tueur et retrouvée par les policiers met ces derniers sur une piste. On y voit Shemar Reynolds après son enlèvement et on l'entend prononcer à plusieurs reprises le nom de Defector III.

En 1963, le corps d'une adolescente, maquillée et vêtue d'une robe rouge, était retrouvé dans une rivière. À l'époque, les enquêteurs avaient conclu à un suicide. La défunte, Samantha Randall, ne s'habillait qu'en garçon et était régulièrement la cible des moqueries d'un camarade de classe. Le témoignage d'un homme, sobre depuis six mois, pousse la police à rouvrir le dossier.

Les détectives Lilly et Scotty se retrouvent près de la tombe de Mike Delaney, qui vient d'être profanée. Sur la pierre, on a inscrit « violeur ». Étudiant séduisant et apprécié de ses proches, Mike a été tué voilà vingt-cinq ans et son meurtre n'a jamais été élucidé. Intriguée par l'inscription, Lilly fait faire des recherches sur les affaires de viol de l'époque. Une première est mise au jour. Maggie, l'agent qui reçut la déposition, est interrogée. Elle se souvient bien de l'affaire et met les détectives sur la piste de Tessie. Celle-ci reconnaît que Mike l'a violée, mais affirme ne pas l'avoir tué. Elle dit aussi qu'on lui avait déconseillé de porter plainte. Bientôt, il s'avère que le bel étudiant a fait d'autres victimes...

Ray Takahashi a été assassiné à Philadelphie à la fin de la Seconde Guerre mondiale alors qu'il venait de sortir d'un camp californien confinant les Américains d'origine japonaise. L'énigme de ce meurtre n'a jamais été résolue. Sa fille, Barbara, née dans le camp, sollicite l'équipe de détectives pour connaître la vérité et apporter l'apaisement à sa mère. Les témoignages révèlent que Ray, citoyen modèle, avait eu des relations difficiles avec un autre interné, et qu'il avait noué des liens étroits avec Mary Anne, le professeur qui faisait la classe à son fils Billy. C'est d'ailleurs parce que Billy les avait surpris échangeant un baiser qu'il s'était engagé dans l'armée. Ses parents, brisés, n'avaient plus reçu d'autre nouvelle que celle de sa mort. Stillman, en passe de prendre sa retraite, ne reste pas indifférent à l'affaire...

Une bombe ravage le vestiaire d'une salle de sport. L'équipe du lieutenant Stillman est sur le coup et découvre que trois explosions similaires ont eu lieu en 1999, 2001 et 2003 sans que les enquêtes n'aient été résolues. Bilan, en neuf ans : quatre explosions, quatre lieux publics, deux morts, six blessés et apparemment aucun lien entre les affaires. Mais le témoignage d'un clandestin mexicain présent dans la salle de sport fait avancer l'enquête. En nettoyant les casiers peu avant l'explosion, l'homme y a en effet découvert une mystérieuse boîte à musique en bois, celle-là même qui explosera quelques secondes plus tard. La description correspond à des produits fabriqués au début du XXème siècle et mène directement les enquêteurs à un certain Carl Baxter. L'homme, emprisonné pour trafic de drogue, aurait récemment passé plusieurs commandes, en demandant à chaque fois la même mélodie, « John Henry », entendue peu avant la dernière explosion. La boîte à musique conduira l'équipe vers un poseur de bombes à la personnalité complexe, dont la violence est liée aux événements marquants de sa vie...

Après avoir été, dix ans plus tôt, le principal suspect dans la mort de sa fille Tamyra, tuée à coups de marteau dans la tête, Sly Borden est de nouveau arrêté pour avoir battu sa belle-fille de 3 ans, plongée dans le coma. Cette nouvelle accusation pousse Lilly et son équipe à rouvrir l'enquête. À l'époque, Tamyra, âgée de 17 ans, avait porté plainte pour violences contre son père. Alcoolique, ce dernier la battait sans relâche mais il jurait l'avoir vue pour la dernière fois huit jours avant qu'elle ne soit sauvagement assassinée. Solitaire, Tamyra n'avait pas d'amis ; elle entretenait cependant, depuis quelque temps, une relation épistolaire avec un jeune détenu qui se faisait appeler « Spider ». Le jour de sa fugue, c'est avec lui que Tamyra s'était enfuie. En cherchant la trace de ce mystérieux garçon, les enquêteurs mettent au jour un réseau néonazi. Parallèlement, un homme ressurgi dans la vie de Kat. Tout juste sorti de prison, il cherche à prendre contact avec Véronica, la fille de l'agent Miller, dont il est le père.

Des traces de sang sont retrouvées dans une école pour malentendants : ce sont celles d'Andy Rierdan, un élève de l'institution, disparu en 2006. L'équipe des affaires classées rouvre le dossier. Devenu sourd à la suite d'une maladie, Andy avait fait sien ce monde du silence, sans chercher à rejoindre « l'autre ». Au fil des témoignages, il s'avère que sa rencontre avec Emma, la jeune femme chargée d'enseigner le piano, avait un peu changé les choses. Leur tendre amitié avait suscité des jalousies. De plus, Emma voulait convaincre Andy de tenter une opération pour récupérer l'ouïe. Une idée loin de faire l'unanimité...

Ce jour-là, à Philadelphie, Brenda fêtait ses fiançailles. Sortie chercher quelque chose dans sa voiture, elle n'est jamais revenue, laissant pour seul indice son bouquet de fleurs parsemé de gouttes de sang... Quelques mois plus tard, Lilly et Scotty sont envoyés en Virginie pour interroger un certain John Smith. Arrêté au volant d'une voiture volée, il a été trahi par son ADN, qui le lie au bouquet. Dans la voiture, Smith tente de déstabiliser les détectives en divulguant des détails sur l'enfance de Brenda. Mais comment la connaît-il si bien et pourquoi l'aurait-il enlevée ?

La découverte de la main de Pete Doyle, dans un congélateur, relance l'enquête sur le meurtre de cet ex-taulard. Surnommé à l'époque « le meilleur braqueur de Philadelphie », Pete avait écopé de vingt ans de prison après son dernier casse. Repenti, l'homme avait été libéré douze ans plus tard et n'avait qu'une idée en tête : reprendre contact avec son fils. Un ancien complice lui avait toutefois proposé un gros coup. Ne souhaitant plus d'une telle vie, Pete avait fait capoter le braquage. Les enquêteurs découvrent qu'un troisième complice se serait peut-être vengé...

Le dossier d'une femme qui se serait suicidée en 1962 est rouvert par l'équipe de Lilly Rush. La petite-fille de la défunte vient, en effet, d'apporter aux policiers un nouvel indice démontrant que sa grand-mère n'a pas mis fin à ses jours. La lettre d'adieux qui a été retrouvée sur le lieu du drame n'a pas été écrite par la victime. Les agents cherchent à savoir qui aurait bien pu masquer le crime en suicide. Ils fouillent dans le passé de la vieille dame et multiplient les interrogatoires de la petite-fille pour tenter de trouver un élément pertinent. Le temps passe, mais l'enquête n'avance pas autant que le souhaiteraient les agents...

Priscilla, dont le fils Max est mort dans l'incendie de son immeuble en 2005, prétend avoir vu le garçonnet dans un square. Son passé de droguée et le fait qu'à l'époque, le feu avait été provoqué par l'explosion d'une gazinière restée allumée dans son appartement, sont autant d'éléments qui font douter les inspecteurs de la fiabilité de ses déclarations. Ils examinent le dossier de plus près et découvrent que les flammes avaient pris dans la chambre de Max. Ils demandent l'exhumation du corps et découvrent, stupéfaits, les ossements d'un bébé de 4 mois. Or, Max était âgé de 8 ans lors de son décès présumé...