Tras la aparición de una camiseta en el hueco de la rueda de una camioneta abandonada, Rush y el equipo reabren el caso una chica de 15 años que fue asesinada a golpes en 1998, y cuyo cadáver apareció medio desnudo. En el instituto, la chica tenía fama de promiscua.

El caso del cadáver sin identificar de una joven languidece durante un año hasta que una chica pide al equipo que la ayude a encontrar a su hermana mayor. La chica, de la comunidad amish, desapareció unas semanas después de irse de casa rumbo a Philadelphia para conocer el mundo exterior dentro del Rumspringa, un rito de paso amish. Rush y los demás reabren el caso y cuando descubren que la chica fue asesinada, se disponen a buscar al culpable.

El equipo reabre un caso de asesinato de 1953 tras la aparición de nuevas pruebas que indican que la víctima no fue asesinada en el mismo lugar donde se encontró su cadáver. El muerto, un chico de 19 años aspirante a estrella del rock, murió en realidad en la tienda de su tío, a cierta distancia del callejón trasero del club de blues donde se encontró su cuerpo.

El equipo investiga el asesinato de una mujer sin identificar que acaba de fallecer y que estaba en coma desde 1989, a causa de un disparo. Descubren que la mujer era una timadora que tenía un socio y muchas víctimas ansiosas de venganza.

El equipo reabre el caso de 1992 de un chico de 14 años, genio de las matemáticas, que murió de un disparo. Su medio hermano, de 16 años, se había dedicado a aprovecharse de la habilidad del chico para contar cartas y abrir cajas de seguridad, para beneficiar a una pandilla del barrio.

El episodio número cien de la serie arranca con el hallazgo en el fondo de un pozo de los restos de un ama de casa desaparecida en 1938, la noche en que Orson Welles había emitido por la radio La guerra de los mundos. Mientras los miembros del equipo trabajan para intentar resolver el asesinato de esta mujer, descubren que su familia estaba intentando huir de los extraterrestres.

Rush y el resto del equipo buscan a un asesino en serie tras encontrar en un contenedor alquilado el cadáver de un niño que acababa de desaparecer. Los restos de otros tres niños desaparecidos entre 1999 y 2003 aparecen en otros contenedores alquilados a nombre de la misma persona.

En 1963, una adolescente causó un gran revuelo por vestirse y comportarse como un chico. Poco después apareció muerta, y desde entonces se había dado por sentado que se había suicidado. Sin embargo, tras la declaración de un supuesto testigo, el equipo empieza a sospechar que pudo tratarse de un asesinato. Mientras tanto, todos se preparan para el resultado de la investigación que Asuntos Internos está haciendo a Valens.

Cuando la palabra «violador» aparece escrita en la lápida de un chico que era muy popular en su instituto, asesinado de un disparo 25 años atrás, el equipo descubre que los profesores del instituto y la policía habían hecho caso omiso de varias alumnas que lo habían acusado de violarlas durante una cita, antes de su muerte. Ahora, esas mismas chicas son sospechosas de haberlo asesinado.

El equipo, intentando resolver el caso de un hombre asesinado en 1945, investiga si su liberación de un campo de internamiento japonés-estadounidense durante la Segunda Guerra Mundial (y que se mudase lejos de su familia, que vivía en California, poco después de su liberación) tuvo algo que ver con su muerte. Lilly también intenta conseguir que Stillman retire sus papeles de jubilación.

El equipo busca al responsable de varias bombas, cuyo último artefacto mutiló a la persona equivocada y cuyas tres bombas anteriores (en 1999, 2001 y 2003) dejaron ciego a un hombre y mataron a otros dos.

El equipo reabre un caso de 1998, el de una adolescente que fue asesinada después de que su padre fuese detenido por darle una paliza atroz a la hermanastra de la muerta, de solo 3 años. Al principio el padre es el principal sospechoso del equipo, pero pronto descubren que la víctima se había escapado con un ex presidiario neonazi poco antes de su muerte.

Tras el descubrimiento de nuevas pruebas en el caso de un chico sordo que desapareció en 2006 (restos de sangre del chico en el almacén del instituto para sordos al que asistía), el equipo intenta encontrar su cadáver y al asesino.

Lilly y Valens se dirigen a Virginia Occidental para recoger al principal sospechoso de un supuesto homicidio ocurrido en 2007, en el que una joven fue secuestrada del aparcamiento del lugar donde se celebrara su fiesta de compromiso.

Cuando en el congelador de un camello aparecen nuevas pruebas que confirman el asesinato en 1977 de un ex presidiario, el equipo decide intentar dar con el asesino.

Lilly y su equipo tratan de dar con el asesino de una mujer que supuestamente se había suicidado en 1962, ya que la nieta de la mujer les proporciona pruebas de que la nota de suicidio no había sido escrita por su abuela.

El equipo abre una investigación cuando una ex drogadicta insiste en que ha visto a su hijo en un parque, tres años después de que supuestamente falleciese en el incendio de un apartamento.