대도시 연쇄 익사 사건 연쇄 살인 사건을 수사 중인 경시청의 수사 1과. 젊은 형사 잇시키 토토마루, 일명 토토는 실수를 연발하는 바람에 상사 아마미야에게 집에 가서 쉬라는 명령을 받는다. 좌절에 빠진 토토에게 총무과의 키쿠는 한 탐정을 소개해 준다. 키쿠가 알려 준 집에 찾아간 토토는 덥수룩한 머리의 괴짜 탐정 카모노하시 론과 만나는데…

토토를 이용하면 탐정으로서 사건을 수사할 수 있다는 걸 알고 의욕이 넘치는 론. 하지만 아마미야에게 무시당하는 토토는 중요한 사건에는 관여하지 못한다. 토토는 자신이 맡은 작은 사건, 즉 저금통 도난 사건에 대해 론에게 말하고, 론은 모두가 내팽개친 사건을 해결하는 건 자신의 임무라며 흥미를 보인다.

우연히 참가한 추첨 이벤트에서 온천 여행 티켓에 당첨되어 여행을 떠나는 론과 토토. 한편, 론을 조사하던 BLUE의 추적학 교관 슈피츠 파이어도 그 소식을 듣고 온천으로 향한다. 론과 토토는 경치 좋은 여관에서 온천을 즐기며 느긋한 시간을 보내지만, 얼마 안 가 무시무시한 사건을 맞닥뜨린다.

여관 손님 중 한 명이 온천에서 시체로 발견되는 사건이 일어난다. 유일하게 알리바이가 없는 아마미야 형사가 범인으로 의심받자, 론은 추리를 통해 아마미야의 무죄를 밝히고 진범을 찾는다. 그리고 그 모습을 블루의 교관 슈피츠 파이어가 지켜본다.

손을 절단하는 엽기적인 연쇄 살인마, 핸드 컬렉터를 잡기 위해 아이치현경과 합동 수사 하게 된 수사 1과. 합동 수사에는 잇시키가 투입되는데, 현장에서 발견된 시신은 다름 아닌 핸드 컬렉터였다. 심지어 수법마저 동일한데...

생방송으로 진행되는 초능력자 대 뇌 신경 외과의의 대결. 뇌 신경 외과의로는 허당끼가 가득한 우사키 모후가 출전한다. 하지만 모후가 손쉽게 피험자와 초능력자가 한패임을 알아차리자, 이번엔 초능력자가 피험자를 죽게 만든다. 초능력이라고밖에 설명할 길이 없는 상황에서 과연 론과 잇시키는 사건을 해결할 수 있을까

외딴섬의 유성 감상회에 놀러 간 론과 토토. 천문대엔 이미 도착한 손님이 있었는데 그중엔 블루의 교관, 존 그리즐리도 있었다. 과거에 천문대에서 총 7명이 총살된 사건이 벌어져, 관장이 만전을 기하기 위해 형사인 토토와 탐정인 존 그리즐리를 초청했던 것이다. 하지만 관장의 노력에도 불구하고 또다시 살인 사건이 일어났다. 심지어 론이 범인으로 몰리는데…

밀실 살인 사건이 벌어진 한 천문대. 범인으로 몰린 론은 감금됐고, 토토와 그리즐리는 각자의 소신을 갖고 사건을 계속 조사한다. 한편, 그리즐리는 이내 진범이 있다는 걸 알아차리고, 더 철저한 수사를 진행하지만 결국 살해당하고 만다. 분노에 찬 론은 토토와 함께 재수사하며 이 모든 사건의 트릭과 범인을 알아낸다.

한 외딴섬의 천문대에서 벌어진 살인 사건. 우여곡절 끝에 론과 토토는 범인을 잡는 데 성공한다. 하지만 범인인 쥬몬지는 의미심장한 말을 남긴 채 자살하고, 날이 밝자 돔 안에 론의 흉터와 같은 무늬가 그려져 있던 걸 발견한다. 5년 전의 '피의 실습 사건'도 이번 사건도 모두 범죄의 일족, M가가 만든 함정이었던 것이다. 과연 그 흉터의 마크는 무슨 의미일까?

잇시키를 밀착 취재하러 온 사건기자, 치코리. 당황한 잇시키는 어떻게든 상황을 피하기 위해, 황급히 인터뷰를 끝내고자 치코리와 함께 카페를 찾는다. 그리고 그곳에선 마주친 론은 사건기자의 연줄을 얻기 위해 애를 쓴다. 그런데 그때 론이 만든 카페라테를 마신 한 손님이 갑자기 쓰러지는데, 부검 결과 청산가리에 의한 독살로 추정되고.

잇시키는 아이치에 출장을 가, 슬럼프에 빠진 카와세미를 만난다. 카와세미는 최근 범죄가 빈번히 발생하는 아이치의 한 상점가에 있었는데, 사람을 때리고 핸드폰을 빼앗는 묻지 마 범죄에 관련한 사건을 조사 중이었다. 사건의 범인은 늘 모습을 달리해서 일명 ′매드 카멜레온′이라고 불렸다. 그리고 우연히 그곳에서 두 사람은 매드 카멜레온의 소행으로 보이는 살인을 목격하는데...

슈피츠의 형을 찾아 '야다 마을'에 간 론과 잇시키, 슈피츠. 그런데 마을은 댐 건설로 방문한 공무원과 마을 사람들 간의 싸움으로 소란스럽다. 그리고 그날 밤, 세 사람은 강 건너 숙소에서 공무원이 뱀에게 휘감긴 모습을 목격하고 달려갔지만 밀실 상태의 숙소에는 아무도 없었고, 공무원은 폭포 밑에서 변사체로 발견된다. 마을 사람들은 그들이 숭배하는 뱀 신인 '야다가미 님'의 소행이라고 믿는데...