Mozzie y a Neal se encuentran en una isla del acaribe (tras huir de EE.UU). Peter investiga por su cuenta dónde pudo ir a parar Neal. Las cosas se complican cuando entra en escena el Agente Kyle Collins (de la Oficina de Asuntos Internacionales), un "caza recompensas" famoso por encontrar lo que busca vivo o muerto.

Peter viaja hasta la isla de Neal, tras el Agente Kyle Collins, con la idea de ayudar a Neal y Mozzie a "escapar" de vuelta a EE.UU.

El equipo investiga a David Cooke, un criminal (con características similares a Neal) a quien Peter ha estada rastreando desde que se unió al FBI, pero que ha sido muy meticuloso para ser capturado.

El equipo investigar a una viuda que está a punto de recibir su herencias, todo apunta a que es una "viuda negra".

Una ladrona de arte hace una oferta (casi un chantaje) a Neal: robar una obra de arte a cambio de información importante sobre el asesinato de Ellen.

Mozzie compra un "guardamuebles", que resulta tener varias piezas claves que apuntan a un secreto de una logia de la época de la independencia, supuestamente desaparecida. Neal y Peter lo ayunda a resolver el misterrio.

Un "arreglador" muy bueno es contratado para embarrar el juicio en su contra. Peter queda desarmado al dar testimonio, y todo apunta a que el criminal saldrá libre. Neal junto a Sara se proponen un plan para que prevalezca la justicia. Aparece Sam, quien revela que el asesinato de Ellen se trata de enterrar el pasado acerca de una organización de policías corruptos en altos puesto del poder.

Neal se pone en contacto de nuevo con Alex, quien está siendo investigada por el FBI en relación con un robo por el cual Neal es arrestado. Peter y su equipo una serie de robos de museos cuyos objetivos son raros objetos antiguos.

Con el fin de acabar con un CEO de una agencia de bolsa que trafica influencias e información privilegiada, Peter envía a Neal encubierto. Las cosas se complican cuando es en un ring de boxeo donde se traduce la supremacia física en premios financieros. Peter comete un error que lleva a revelar el escondite de Sam, quien huye, provocando el enojo de Neal que termina desahogandos en el ring.

Peter y Neal asisten a una conferencia del FBI en la que alguien está tratando de robar alta tecnología defensa (un nuevo super-chaleco), pero descubren que el plan del ladrón es en realidad secuestrar al ingeniero que lo diseñó. Reaparece Sam, el antiguo contaco de Ellen -dentro del marco del progrma de protección de testigos-. A la vez que Peter descubre que el verdadero Sam ha muerto, se descubre por -una prueba de ADN- que el nuevo Sam en realidad es el padre de Neal.

Neal y Peter buscan la verdad sobre el padre de Neal, mientras Neal va encubierto para capturar a un miembro de la mafia irlandesa.

Peter y Neal, teminan descubriendo que quien está tras Sam/James es el senador Pratts, quien trata de protegerse de un pasado como policía corrupto.

Gracias a Mozzie, Neal y Peter terminan investigando un caso de falsificación y lavado de dinero que los lleva a tratar con dos de las cosas más emblemáticas de Nueva York: los taxis y el jazz.

Peter y Elizabeth terminan secuestrados por una pareja de ladrones con estilo "Bone y Clide". Neal junto a Diana y Jones, trabajan desde diferentes ángulos en su intento rescatar a los Burke.

Se incorpora Amanda Callaway como la nueva directora de la división (tras la renuncia obligada de Reese Hughes). Se requiere del FBI para autenticar una escultura. Todo resulta en un complicado plan para a la vez de apresar al estafador (y darle a Peter una victoria para impresiona a su nueva jefa), poder avanzar en ubicar la caja de Ellen.

Neal y Peter cierran filas para ir de una vez por todas por la "caja", que está oculta en uno de los pisos del Edificio Empire State. Mientras tanto, el senador Pratt tiene sus propios planes y recursos para encontrar la caja antes o complicarle los planes a Neal. En un confuso episodio Peter queda incriminado como el asesino de Pratt, con varias evidencas físicas en su contra.