Luego del frustrado escape de Neal y la muerte de Kate, el trato de Neal con el FBI y el trabajo de Peter están en peligro. Con el Departamento de Justicia encima, Peter y Neal son encomendados a atrapar a un renombrado ladrón que se hace llamar "El Arquitecto", quien tiene en la mira a los bancos más prestigiosos de Nueva York. Dependerá de Peter y Neal impedir su próximo robo.

Peter le pide a Neal que trabaje encubierto en el ambiente de la política para atrapar a un senador corrupto llamado Gary Jennings, quien ideó una estafa con donantes. Mientras tanto, y sin el conocimiento de Neal, Peter y Diana intentan encontrar a uno de los responsables de la explosión de un avión.

Mozzie teme que la persona más importante de su vida haya sido secuestrada y le pide ayuda a Neal. Pero cuando las pistas los llevan a un mafioso colombiano, Peter se ve obligado a involucrarse y toma las riendas del asunto.

Mientras se hace una investigación de rutina sobre un robo de depósitos, Neal va de encubierto como un mensajero clandestino. Pero descubre que el hombre al que está personificando es en realidad un asesino contratado para matar a Sara Ellis, la investigadora de seguros a cargo del caso, que declaró en contra de Neal en su juicio. Neal y Peter deberán averiguar el motivo por el cual se le puso un precio a la cabeza de Sara.

El arresto de un ladrón de joyas lleva a Peter y Neal a un caso mucho más peligroso: un abogado de adopciones que extorsiona a sus clientes por miles de dólares. El caso se pone aún peor cuando se descubre que el abogado tiene contactos con un jefe de la mafia rusa.

Peter se convence que un compañero del FBI acusado de vender las ubicaciones de testigos es inocente. Cuando la evidencia deriva en filtraciones en la oficina de un alguacil, Peter se hace cargo del trabajo y se decide a limpiar el nombre del agente.

Peter debe ir de encubierto dentro del mundo del espionaje corporativo luego que el director de una empresa de tecnología sea asesinado. Por otra parte, Neal y Mozzie están forzados a confesar lo que saben sobre el vuelo de Kate y la caja negra.

Un escurridizo timador se alía con el agente que el detuvo y pone toda su pericia a disposición del FBI.

Neal usa sus contactos para ayudar a Peter a encontrar al que disparó a Mozzie: Julian Larssen. Peter y Neal le tienden una trampa, pero Larssen se las arregla para dar vuelta al escenario, haciendo parecer como que Peter falsificó las evidencias.

Cuando Peter descubre la conexión entre Neal y el hombre involucrado en la muerte de Kate, los dos hacen un trato. Por una noche, Peter le ofrece inmunidad total a cambio de la historia de Neal, para encontrar algunas respuestas.

Cuando el hijo de un diplomático estadounidense se encuentra detenido en Birmania por un crimen que no cometió, Peter y Neal profundizarán en el mundo exótico pero peligroso de contrabando de joyas para demostrar su inocencia.

Cuando un viejo amigo de June aparece frente a Neal, él sospecha que el hombre esconde algo turbio por lo que decide investigar con ayuda del equipo y lo que descubre es intrigante: "Ford" quiere dar su último golpe y piensa falsificar billetes de $100 dólares, Neal se lo cuenta a Peter y ambos buscan la manera de infiltrar a Neal en el plan.

Cuando Peter es secuestrado por un antiguo enemigo, Neal inicia una carrera contra reloj y desobedecer al FBI para salvar a su amigo.

Peter y Neal deberán tomar otras identidades para destapar una trama que está causando apagones en NY.

Neal está cerca de desenmascarar la verdad sobre la muerte de Kate... y a su vez de descubrir uno de los misterios más grandes de la historia.